PDB-4gtd: T. Maritima FDTS (E144R mutant) with FAD and dUMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gtd

タイトル

T. Maritima FDTS (E144R mutant) with FAD and dUMP

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / Flavin-dependent thymidylate synthase / TM0449 / E144R mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Lesley, S.A. / Kohen, A. / Prabhakar, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Folate binding site of flavin-dependent thymidylate synthase.
著者: Koehn, E.M. / Perissinotti, L.L. / Moghram, S. / Prabhakar, A. / Lesley, S.A. / Mathews, I.I. / Kohen, A.

履歴

登録	2012年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gtd.cif.gz	381.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gtd.ent.gz	315.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gtd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4gtd_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gtd_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	4gtd_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	4gtd_validation.cif.gz	53.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gt9C 4gtaC 4gtbC 4gtcC 4gteC 4gtfC 4gtlC 1o26S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o2b-d 4kas-d 4gte-d 1kq4-d 4gtc-d 1o24-d 4gtl-d 5ios-d 5iot-d 1o27-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.590, 117.390, 142.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27531.760 Da / 分子数: 4 / 変異: E144R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50-60% PEG 200 and 100mM Tris HCL (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9809 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→30 Å / Num. all: 91492 / Num. obs: 91492 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.76→1.81 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.988 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 6641 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.5.0110	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1O26

1o26

解像度: 1.76→29.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.358 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21466	4585	5 %	RANDOM
R_work	0.17948	-	-	-
obs	0.18123	86827	99.84 %	-
all	-	86827	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.474 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→29.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7154	0	292	373	7819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	7683
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.993	10442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.973	3	12752
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.244	5	844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.548	22.361	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.026	15	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.529	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.91	1.5	4264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.588	2	6922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.468	3	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.784	4.5	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	352	-
R_work	0.249	6262	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9701	0.1451	0.8272	1.3885	1.1039	5.9414	-0.0201	-0.0802	0.1011	0.1156	-0.0557	0.0806	-0.2638	-0.4533	0.0758	0.0375	0.022	0.0042	0.0368	-0.0036	0.0194	27.711	61.253	123.403
2	1.4238	0.924	0.6477	3.7251	1.9288	4.0104	-0.0437	0.0785	-0.0118	-0.3994	0.0792	-0.4489	0.042	0.1639	-0.0356	0.0648	0.0046	0.0679	0.0291	0.0125	0.0784	44.225	45.642	97.74
3	1.2389	-0.1275	-1.2374	2.1538	1.4474	5.8456	-0.0121	0.0666	-0.1182	-0.2125	-0.0074	0.0499	0.1068	-0.3622	0.0195	0.035	-0.0182	-0.0101	0.0267	0.0038	0.0186	24.783	28.516	107.059
4	0.9008	-0.421	-0.3803	3.9459	2.91	4.5575	-0.0336	-0.1054	-0.0695	0.4512	0.1546	-0.3013	0.1964	0.3232	-0.121	0.0621	-0.0036	-0.0471	0.0586	0.0243	0.0506	40.87	40.052	134.196

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	93 - 220
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 32
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	36 - 87
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	91 - 215

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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