PDB-4gtc: T. Maritima FDTS (E144R mutant) plus FAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gtc

タイトル

T. Maritima FDTS (E144R mutant) plus FAD

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / Flavin-dependent thymidylate synthase / TM0449

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Rigid Body refinement / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Lesley, S.A. / Kohen, A. / Prabhakar, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Folate binding site of flavin-dependent thymidylate synthase.
著者: Koehn, E.M. / Perissinotti, L.L. / Moghram, S. / Prabhakar, A. / Lesley, S.A. / Mathews, I.I. / Kohen, A.

履歴

登録	2012年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gtc.cif.gz	377.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gtc.ent.gz	312.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gtc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/4gtc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gt9C 4gtaC 4gtbC 4gtdC 4gteC 4gtfC 4gtlC 1o26S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gte-d 1o2a-d 4gtl-d 1o25-d 4kas-d 1o24-d 4gtd-d 1o2b-d 4kar-d 5iot-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.130, 117.060, 142.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27531.760 Da / 分子数: 4 / 変異: E144R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.81 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50-60% PEG 200 and 100mM Tris HCL (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9809 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→30 Å / Num. all: 63939 / Num. obs: 63939 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.97→2.02 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.886 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4737 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.5.0110	位相決定

精密化

構造決定の手法: Rigid Body refinement
開始モデル: PDB ENTRY 1O26

1o26

解像度: 1.97→29.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.487 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23573	3239	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19331	-	-	-
obs	0.19543	60636	98.72 %	-
all	-	60636	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.199 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7261	0	194	265	7720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	7669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.977	10403
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.966	3	12811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.379	5	856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.434	22.283	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.091	15	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.888	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.821	1.5	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.243	1.5	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.402	2	7013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	3	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.549	4.5	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	252	-
R_work	0.282	4468	-
obs	-	-	99.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7134	0.1714	0.6281	1.2373	0.9781	5.0083	0.001	-0.0267	0.0459	0.0549	-0.0346	0.0636	-0.2167	-0.3024	0.0336	0.0395	0.0076	0.0115	0.0261	0.0121	0.0833	27.8721	61.2716	122.9683
2	1.2656	0.7319	0.6691	2.6425	1.6402	3.5421	-0.0356	0.0899	-0.0463	-0.2563	0.1282	-0.3361	0.0525	0.2566	-0.0925	0.0587	0.0038	0.0672	0.067	0.0238	0.105	44.1465	45.6633	97.552
3	1.1344	-0.108	-1.0649	1.7412	1.201	4.6672	0.0056	0.0543	-0.1085	-0.2081	-0.0211	0.0287	0.0994	-0.2522	0.0155	0.0439	-0.0136	-0.0149	0.017	0.0144	0.106	24.9183	28.2587	106.3302
4	0.6812	-0.3472	-0.3839	2.8839	2.157	3.2797	-0.0126	-0.1071	-0.0752	0.2435	0.1509	-0.2721	0.1139	0.267	-0.1382	0.0375	-0.0058	-0.0451	0.0871	0.0417	0.094	40.323	39.8912	133.8763

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 89
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 32
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	35 - 220
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	36 - 218

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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