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万見
- PDB-4gt3: ATP-bound form of the ERK2 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gt3
タイトルATP-bound form of the ERK2 kinase
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / cellular response to toxic substance / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cellular response to methionine / response to epidermal growth factor / positive regulation of macrophage proliferation / response to alcohol / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / regulation of Golgi inheritance / labyrinthine layer blood vessel development / RAF/MAP kinase cascade / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / regulation of cytoskeleton organization / response to exogenous dsRNA / face development / lung morphogenesis / positive regulation of telomere maintenance / response to testosterone / pseudopodium / Bergmann glial cell differentiation / androgen receptor signaling pathway / thyroid gland development / steroid hormone receptor signaling pathway / decidualization / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / regulation of ossification / JUN kinase activity / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Schwann cell development / progesterone receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / estrous cycle / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cellular response to cAMP / sensory perception of pain / dendrite cytoplasm / phosphotyrosine residue binding / myelination / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to epidermal growth factor stimulus
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Pozharski, E. / Zhang, J. / Shapiro, P.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: ATP-bound form of the ERK2 kinase
著者: Pozharski, E. / Zhang, J. / Shapiro, P.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1748
ポリマ－42,2361
非ポリマー9387
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.629, 69.259, 59.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.030, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42235.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase

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非ポリマー , 5種, 207分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 5% PEG400, 2M ammonium sulfate, sitting drop vapor diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器日付: 2012年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.357→38.302 Å / Num. obs: 74850 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.357→1.43 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Num. measured all: 28600 / Num. unique all: 8625 / Rsym value: 0.26914 / % possible all: 73.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→38.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.2034 / WRfactor Rwork: 0.1666 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8712 / SU B: 4.331 / SU ML: 0.069 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / SU Rfree: 0.0988 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2001 2071 5 %RANDOM
Rwork0.1663 ---
obs0.1681 41255 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.85 Å2 / Biso mean: 38.7387 Å2 / Biso min: 14.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å2-0.43 Å2
2--2.39 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→38.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2779 0 58 200 3037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0193074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2921.9834204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.425386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7423.706143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5915511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2941520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212346
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 149 -
Rwork0.401 2895 -
all-3044 -
obs--96.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.00131.7982-2.40658.29470.24910.1613-0.02370.41130.9507-0.25940.59070.3581-1.5542-0.9317-0.5670.34470.18430.00230.36740.13860.2162-11.292418.11671.0977
227.47881.192-11.21113.4983-2.01545.25530.3104-0.56181.03610.6870.0385-0.1351-0.45380.1893-0.34890.4604-0.01250.02030.175-0.0980.265-1.01320.0286.9963
39.94720.6599-4.4092.9947-2.32976.0291-0.1180.31410.23460.07320.38560.2697-0.5514-0.8125-0.26760.20990.0375-0.02570.2490.03460.1158-8.440512.13022.9876
44.99264.937-1.1813.6793-2.58727.7798-0.0097-0.08320.1490.3782-0.0714-0.4111-0.40030.63290.08110.1257-0.0551-0.07040.19740.02230.10559.548310.37514.5938
50.1501-0.32110.71060.8182-1.32094.297-0.0014-0.0306-0.0191-0.10170.09730.1039-0.0135-0.1683-0.09590.138-0.0053-0.02950.12340.02430.0971-2.36576.50863.5921
63.0138-0.47510.13652.18860.59321.9360.0507-0.02170.2721-0.097-0.0530.142-0.1739-0.24770.00220.03570.02740.00950.0365-0.00260.060.0556.150722.2607
75.10626.34963.178312.27745.76254.9041-0.38640.55210.0062-0.45250.4485-0.0256-0.30250.1529-0.0620.1599-0.00330.00410.2042-0.06010.181124.8669.435620.1202
83.41190.73510.78831.47320.22412.5389-0.03540.07110.5621-0.0178-0.0086-0.0607-0.28540.01740.04390.0616-0.00730.01650.0163-0.00640.160412.395712.813227.3849
97.39893.19411.13031.5473-0.27923.69560.1475-0.38720.20810.0277-0.19960.07010.18870.06090.05220.1821-0.005-0.01050.1198-0.00690.161921.87479.318437.5709
102.37191.81210.84931.75050.01351.41260.1853-0.32460.06680.1828-0.23830.0260.0111-0.1280.0530.0968-0.00770.00760.0834-0.03650.067415.5339.683538.3349
117.31882.7909-0.36242.18641.02531.82020.1138-0.0983-0.35180.26710.0214-0.3120.2018-0.0245-0.13520.085-0.0058-0.03860.04650.00980.07119.8111-2.438731.9614
124.20323.7132-0.38474.5057-0.25262.39250.020.0837-0.4229-0.0639-0.00990.0330.1447-0.1206-0.01010.03750.0318-0.0240.0607-0.01790.18460.5648-8.089722.8362
1313.9994-16.88263.269128.9177-14.755114.42620.6330.57410.0464-1.0963-0.8112-0.15580.60470.32030.17820.2788-0.01220.04850.4283-0.00920.293516.86932.2614.8617
149.21271.22970.40724.58960.52246.194-0.05790.0532-0.4061-0.35910.0598-0.24490.21150.5058-0.00190.12080.0037-0.02530.11830.01350.06155.80665.6694-5.0783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 59
4X-RAY DIFFRACTION4A60 - 71
5X-RAY DIFFRACTION5A72 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6A108 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7A175 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8A186 - 236
9X-RAY DIFFRACTION9A237 - 252
10X-RAY DIFFRACTION10A253 - 294
11X-RAY DIFFRACTION11A295 - 310
12X-RAY DIFFRACTION12A311 - 328
13X-RAY DIFFRACTION13A329 - 334
14X-RAY DIFFRACTION14A335 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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