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万見
- PDB-4gs3: Dimeric structure of the N-terminal domain of PriB protein from T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gs3
タイトルDimeric structure of the N-terminal domain of PriB protein from Thermoanaerobacter tencongensis solved ab initio
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / primosome / oligonucleotide/oligosaccharide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA binding / DNA replication
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Liebschner, D. / Brzezinski, K. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Nowak, M. / Kur, J. / Olszewski, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Dimeric structure of the N-terminal domain of PriB protein from Thermoanaerobacter tengcongensis solved ab initio.
著者: Liebschner, D. / Brzezinski, K. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Nowak, M. / Kur, J. / Olszewski, M.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Refinement description
改定 1.22012年11月21日Group: Database references
改定 1.32013年1月23日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2121
ポリマ－12,2121
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Single-stranded DNA-binding protein

A: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4242
ポリマ－24,4242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.560, 41.180, 38.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Single-stranded DNA-binding protein


分子量: 12211.942 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-104 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / 遺伝子: Ssb, TTE0829 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8RBI8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.14 M ammonium acetate, 0.07 M acetate buffer pH 4.6, 21% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→30 Å / Num. obs: 38376 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 29.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
SHELXD位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.09→30 Å / 交差検証法: R free / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
all0.1544 --
obs0.1292 38376 -
Rfree-1830 5% random
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数737 0 0 96 833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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