PDB-4gr5: Crystal structure of SlgN1deltaAsub in complex with AMPcPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gr5

タイトル

Crystal structure of SlgN1deltaAsub in complex with AMPcPP

要素

Non-ribosomal peptide synthetase

キーワード

LIGASE / MbtH-like domain / adenylation domain / Rossmann fold / ATP Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin synthetase complex / enterobactin biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / phosphopantetheine binding / methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces lydicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Herbst, D.A. / Zocher, G. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural Basis of the Interaction of MbtH-like Proteins, Putative Regulators of Nonribosomal Peptide Biosynthesis, with Adenylating Enzymes.
著者: Herbst, D.A. / Boll, B. / Zocher, G. / Stehle, T. / Heide, L.

履歴

登録	2012年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月12日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4gr5.ent.gz	578 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4gr5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4gr4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gr4-4 4g0b-2 4gr4-1 5du9-1 3vvy-1 4gr4-3 7c6j-1 4lv7-1 4mrq-d 3op7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#78 - 2006年6月
ルシフェラーゼ (Luciferase)
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#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
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類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Non-ribosomal peptide synthetase

B: Non-ribosomal peptide synthetase

C: Non-ribosomal peptide synthetase

D: Non-ribosomal peptide synthetase

ヘテロ分子

243 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Non-ribosomal peptide synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Non-ribosomal peptide synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Non-ribosomal peptide synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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4

D: Non-ribosomal peptide synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.900, 147.790, 109.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Non-ribosomal peptide synthetase 分子量: 60109.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lydicus (バクテリア) 遺伝子: slgN1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) ybdz- / 参照: UniProt: D1GLU5
#2: 化合物	ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1061 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100 mM Tris-HCl, 0.2 M Li2SO4, 1.3 M K/Na tartrate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月15日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→47.85 Å / Num. obs: 195699 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 39.65 Å²
反射シェル	解像度: 1.92→2.008 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.37 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.92→29.832 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9546 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9498 / SU ML: 0.18 / SU R Cruickshank DPI: 0.128 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	5872	3 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.1589	195699	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0821 Å²	0 Å²	0.5039 Å²
2-	-	0.9877 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.0945 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.832 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13354	0	185	1061	14600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13909
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	18990
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.214	4903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	2107
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2512

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.9418	0.2927	195	0.2516	6307	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9418-1.9646	0.2776	196	0.2428	6312	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9646-1.9886	0.29	193	0.2278	6244	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9886-2.0138	0.2568	195	0.2199	6303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0138-2.0403	0.2616	196	0.2072	6351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0403-2.0682	0.2321	195	0.2018	6294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0682-2.0977	0.2431	195	0.1984	6309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.129	0.25	195	0.1989	6309	X-RAY DIFFRACTION	100
2.129-2.1623	0.2198	195	0.1931	6298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1623-2.1977	0.211	197	0.1829	6383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1977-2.2356	0.2141	194	0.1736	6270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.2763	0.2178	196	0.1698	6332	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2763-2.32	0.2128	196	0.1671	6352	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.3674	0.2255	196	0.177	6319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3674-2.4188	0.2169	195	0.1749	6323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4188-2.4751	0.2113	195	0.1709	6280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4751-2.5369	0.217	196	0.1716	6360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5369-2.6055	0.1898	197	0.1699	6361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6055-2.6821	0.2098	196	0.1813	6324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6821-2.7686	0.2495	195	0.1859	6322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7686-2.8675	0.2286	196	0.1894	6327	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8675-2.9822	0.2394	196	0.1892	6338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9822-3.1178	0.2216	195	0.1866	6323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1178-3.282	0.2138	196	0.1745	6337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.282-3.4873	0.1745	196	0.1616	6311	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4873-3.7561	0.1776	196	0.1407	6336	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7561-4.1332	0.1428	195	0.1267	6327	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1332-4.7292	0.1257	197	0.1093	6358	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7292-5.9506	0.146	197	0.1255	6377	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9506-29.8361	0.1285	200	0.1349	6440	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6704	-1.1201	-2.0512	1.4166	1.5712	3.513	0.0297	0.0783	0.1438	0.0579	-0.2036	0.2382	-0.1481	-0.5586	0.1495	0.213	-0.0116	-0.0368	0.2933	-0.0565	0.3394	-24.6866	33.0722	-24.2924
2	2.5185	0.4035	0.1834	1.9145	-0.2013	1.1766	0.0119	0.138	-0.0235	-0.1984	0.0437	0.113	0.0037	-0.1032	-0.0509	0.2259	-0.01	-0.0228	0.2306	-0.0077	0.2093	-19.2037	19.6056	-43.3983
3	0.9674	-0.342	-0.1589	1.7128	0.1929	1.4738	-0.039	-0.1397	-0.0451	0.2626	-0.0228	-0.0888	0.0904	-0.0003	0.0564	0.2223	-0.0309	-0.0332	0.2226	0.0106	0.2526	-10.1939	20.438	-20.2701
4	7.055	-0.7715	2.8646	1.0635	-1.8073	3.6451	-0.0779	-0.0341	0.0644	0.3074	0.0561	-0.5352	-0.1142	0.5795	0.045	0.399	-0.036	-0.0091	0.2989	0.0673	0.2987	20.1388	-25.3838	-1.7766
5	2.8636	-0.1089	-0.0461	2.4225	0.307	1.4922	0.0338	0.1897	-0.0474	-0.1674	-0.0618	-0.0177	0.046	0.0319	0.0256	0.228	0.0212	0.0294	0.1915	-0.0021	0.1951	3.71	-24.9179	-32.8023
6	5.2221	-0.7493	0.5739	0.6377	-0.2254	3.1263	0.1148	-0.2089	0.2839	0.0742	-0.1018	0.134	-0.0761	0.1611	-0.0264	0.3279	-0.0217	0.0435	0.1515	-0.0058	0.2596	1.4275	-23.037	-16.8587
7	1.4738	-0.4376	0.3981	1.454	0.1816	1.3747	-0.0974	-0.2829	0.0634	0.3533	0.0191	0.1844	-0.1137	-0.1524	0.0783	0.3421	0.0044	0.0641	0.2444	-0.0043	0.2666	-4.552	-14.1458	-10.5551
8	2.2284	-0.4994	-0.5912	1.8423	1.1205	2.6366	0.1004	0.4833	0.5104	-0.337	0.3085	-0.4939	-0.2011	0.6727	-0.3408	0.2789	-0.0567	0.0074	0.5443	0.025	0.3926	-30.5291	19.6631	-82.3764
9	3.1483	-0.5098	0.5662	1.8327	-0.2734	1.7857	0.0474	-0.0257	0.0098	0.1009	-0.0179	-0.0876	0.1392	0.1011	-0.0224	0.2909	-0.0007	-0.0425	0.1906	-0.0116	0.2502	-37.0749	15.8671	-62.3393
10	1.8246	-0.1456	0.1166	3.3751	0.8639	2.1406	-0.0489	0.2235	-0.0983	0.0634	-0.1285	0.3272	0.243	-0.1956	0.1853	0.2642	-0.0549	-0.0047	0.2606	-0.0116	0.3127	-54.5162	4.137	-72.1225
11	3.4993	0.8643	-0.7093	1.9436	0.4052	2.0725	-0.2669	0.7915	-0.0332	-0.6412	0.2665	0.0303	0.2035	0.0598	-0.0078	0.4486	-0.0166	-0.0668	0.4308	-0.0053	0.2182	-41.222	8.6341	-89.6416
12	3.0456	0.4534	1.0313	3.1914	1.2453	3.6488	0.1241	0.216	-0.8305	-0.4737	-0.032	0.7824	0.4001	-1.2113	-0.0699	0.4716	-0.174	-0.0977	0.7018	-0.1619	0.718	-74.052	-45.4958	-71.6194
13	2.7432	-0.8718	0.0555	2.618	-0.2195	1.9306	-0.1067	-0.1082	-0.0585	0.2315	0.0523	0.0899	-0.0537	0.0331	0.0477	0.181	0.0224	0.0249	0.1941	-0.0243	0.1849	-58.2832	-27.1001	-48.0129
14	3.0294	-3.0266	-1.3192	7.9608	0.9665	2.6515	-0.0528	-0.3175	0.1476	0.4819	0.2124	0.0558	-0.2622	-0.1321	-0.153	0.2196	-0.0122	0.05	0.2692	0.0348	0.2189	-64.1527	-27.1039	-44.399
15	1.0126	0.2713	-0.1585	2.3428	0.0324	2.1037	-0.0019	0.0751	0.0248	-0.3432	0.0043	-0.1984	-0.141	0.1756	-0.0038	0.2409	0.0119	0.0557	0.2445	-0.0202	0.2787	-48.6949	-24.9622	-66.7279
16	3.4419	0.8109	-1.2949	3.3329	0.2767	5.2107	-0.195	0.5732	-0.1853	-0.8582	-0.0077	0.1427	0.4964	-0.6332	0.1986	0.4751	0.0099	-0.0623	0.381	-0.0994	0.3004	-61.6887	-38.6285	-77.5671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2 : 95 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 96 : 212 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 213 : 464 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 0 : 73 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 74 : 208 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 209 : 252 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 253 : 464 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 2 : 95 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 96 : 240 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 241 : 346 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 347 : 464 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESID 3 : 73 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESID 74 : 175 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESID 176 : 212 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESID 213 : 394 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 395 : 464 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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