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万見
- PDB-4gqk: Structure of Native VgrG1-ACD with ADP (no cations) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gqk
タイトルStructure of Native VgrG1-ACD with ADP (no cations)
要素VgrG protein
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Alpha Beta / Actin cross-linking toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


isopeptide cross-linking via N6-(L-isoglutamyl)-L-lysine / isopeptide cross-linking / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / actin filament depolymerization / host cell cytosol / toxin activity / host cell cytoplasm / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Actin cross-linking domain / TerB-like / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain ...Actin cross-linking domain / TerB-like / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin cross-linking toxin VgrG1
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar el tor (コレラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Derrez, E. / Durand, E. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Native VgrG1-ACD with ADP (no cations)
著者: Nguyen, V.S. / Spinelli, S. / Derrez, E. / Durand, E. / Cambillau, C.
履歴
登録2012年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VgrG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3044
ポリマ－43,6851
非ポリマー6193
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: VgrG protein
ヘテロ分子

A: VgrG protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6098
ポリマ－87,3702
非ポリマー1,2396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/41
Buried area4560 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.710, 128.710, 76.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 VgrG protein


分子量: 43685.164 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 717-1111 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar el tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC_1416, VgrG1 / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KS45
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: mixing 300 nL of protein at 13mg/mL with 100 nL of 2.4 M AmSO4, 0.1 M Bi-Tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. all: 27021 / Num. obs: 27021 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.36→2.42 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1923 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4DTD

4dtd


解像度: 2.36→46.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9237 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8974 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 1348 5 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.19 26982 99.76 %-
all-26982 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0646 Å20 Å20 Å2
2---2.0646 Å20 Å2
3---4.1291 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→46.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2757 0 37 412 3206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092932HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.134003HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d01013SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes084HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0434HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it02932HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.26
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0393SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact03645SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.36→2.45 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 131 4.73 %
Rwork0.2008 2641 -
all0.2036 2772 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17890.29060.1210.2144-0.08720.0270.0005-0.0024-0.01360.00430.0034-0.01320.00160.0004-0.004-0.0135-0.01250.03190.01580.0038-0.007334.492589.439616.5335
22.0508-0.0901-0.53120.0020.01680.00380.00410.0282-0.02710.02-0.00010.01130.004-0.0068-0.004-0.0574-0.0210.00180.0677-0.0208-0.032546.100690.21976.1002
30.33890.31080.603300.37220.83330.00070.0153-0.0186-0.00880.00170.00490.00730.0035-0.0025-0.06110.0253-0.01130.0823-0.0388-0.023955.11288.284-7.2724
41.0127-0.07381.07850.20630.03310.875600.00470.01180.0284-0.01510.015-0.00160.01460.0151-0.051-0.04420.00260.0507-0.0301-0.035946.477298.828211.2597
51.02230.0337-0.204600.32050.0490.0016-0.0159-0.0031-0.0042-0.0057-0.02120.00330.01440.0041-0.0297-0.02090.00360.0687-0.0175-0.04654.200193.48199.3748
60.0958-0.09110.46460.1081-0.07270.58740.00410.02310.0106-0.015-0.02040.0205-0.01570.02430.0164-0.0317-0.02470.02180.00980.0193-0.023940.766299.35122.7687
70.9108-0.81960.128300.26990.47830.0037-0.02010.0114-0.0050.00570.0054-0.0229-0.0327-0.0094-0.1050.0482-0.00480.0853-0.03030.0059.341991.565213.1418
81.07210.14190.61440.0262-0.62360.09360.005-0.040.0111-0.0352-0.0108-0.01030.0006-0.01410.0058-0.07290.0083-0.02850.05690.01110.00112.434385.96583.9637
90.5810.468-0.97290-0.85231.1239-0.01310.01240.0087-0.00440.0188-0.01330.003-0.0057-0.0057-0.0111-0.0344-0.0130.03170.0147-0.037420.710385.8893-7.254
101.1439-0.1165-0.16110-0.64350.5660.0025-0.0094-0.0442-0.0117-0.00530.00710.0365-0.02990.0028-0.1043-0.0372-0.03540.07480.02220.02711.917178.41474.4089
110.33460.59540.92730.30170.67690.35170.0011-0.0022-0.00590.0015-0.00540.0007-0.0111-0.00550.0043-0.02190.0033-0.01060.03160.0293-0.021326.278886.713715.6763
120-0.00710.05520.17220.10010.08200.00090.0042-0.004-0.0022-0.002-0.01140.00440.0022-0.0092-0.00750.0161-0.0033-0.00760.009632.7739105.35210.6313
130.00270.03740.007300.01670.00390.0004-0.00090.0001-0.0022-0.0007-0.00140.00030.00030.0003-0.0086-0.0122-0.00870.0003-0.0036-0.006233.274788.993210.1456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|0 - A|17 }A0 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|18 - A|53 }A18 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|54 - A|78 }A54 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|79 - A|116 }A79 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|117 - A|143 }A117 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|144 - A|170 }A144 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|171 - A|206 }A171 - 206
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|207 - A|236 }A207 - 236
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|237 - A|269 }A237 - 269
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|270 - A|319 }A270 - 319
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|320 - A|343 }A320 - 343
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|344 - A|355 }A344 - 355
13X-RAY DIFFRACTION13{ A|401 - A|401 }A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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