PDB-4gnx: Structure of U. maydis Replication protein A bound to ssDNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gnx

タイトル

Structure of U. maydis Replication protein A bound to ssDNA

要素

(Putative uncharacterized protein) x 3
DNA (25-MER)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / ssDNA binding / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / DNA / DNA (> 10) / : / : / :

機能・相同性情報

生物種

Ustilago maydis (菌類)
synthetic (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Pavletich, N.P. / Fan, J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of
著者: Pavletich, N.P. / Fan, J.

履歴

登録	2012年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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-
関連構造データ

類似構造データ	4gop-1 4a7p-d 5mbt-d 1ek2-d 4z1i-1 5lwq-d 4m8r-d 6o1y-d 1s5j-d 4q5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

X: Putative uncharacterized protein

Y: Putative uncharacterized protein

Z: Putative uncharacterized protein

K: DNA (25-MER)

L: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

192 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein

C: Putative uncharacterized protein

K: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 4 ポリマー
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2

X: Putative uncharacterized protein

Y: Putative uncharacterized protein

Z: Putative uncharacterized protein

L: DNA (25-MER)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.100, 91.400, 114.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.800, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	3 - 67
2	1	1	2	X	3 - 67
1	2	1	2	A	74 - 79
2	2	1	2	X	74 - 79
1	1	2	2	A	92 - 112
2	1	2	2	X	92 - 112
1	1	3	2	B	46 - 60
2	1	3	2	Y	46 - 60
1	2	3	2	B	69 - 112
2	2	3	2	Y	69 - 112
1	1	4	2	B	153 - 175
2	1	4	2	Y	153 - 175
1	1	5	2	C	182 - 208
2	1	5	2	Z	182 - 208
1	2	5	2	C	219 - 297
2	2	5	2	Z	219 - 297
1	1	6	2	C	298 - 327
2	1	6	2	Z	298 - 327
1	2	6	2	C	341 - 431
2	2	6	2	Z	341 - 431
1	1	7	2	C	441 - 447
2	1	7	2	Z	441 - 447
1	1	8	2	C	448 - 486
2	1	8	2	Z	448 - 486
1	2	8	2	C	523 - 586
2	2	8	2	Z	523 - 586
1	3	8	2	C	596 - 606
2	3	8	2	Z	596 - 606
1	1	9	2	C	487 - 522
2	1	9	2	Z	487 - 522
1	2	9	2	C	701
2	2	9	2	Z	701
1	1	10	2	C	607 - 623
2	1	10	2	Z	607 - 623

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 12175.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 株: 521 / FGSC 9021 / 遺伝子: UM04165.1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q4P6U8
#2: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 15248.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 株: 521 / FGSC 9021 / 遺伝子: UM02579.1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q4PBD4
#3: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 49837.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 株: 521 / FGSC 9021 / 遺伝子: UM05156.1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q4P407
#4: DNA鎖	DNA (25-MER) 分子量: 18814.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.68 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→35 Å / Num. all: 39488 / Num. obs: 37317 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.065 / Χ²: 1.214 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.9	2.5	0.574	3776	1.474	1	97.4
2.9-3.02	2.5	0.391	3850	1.329	1	97.4
3.02-3.15	2.4	0.261	3839	1.249	1	97.5
3.15-3.32	2.4	0.172	3800	1.158	1	96.8
3.32-3.53	2.4	0.108	3812	1.189	1	96.5
3.53-3.8	2.4	0.076	3748	1.131	1	95.6
3.8-4.18	2.4	0.051	3689	1.122	1	93.4
4.18-4.78	2.3	0.036	3660	1.161	1	92.2
4.78-6.02	2.3	0.034	3599	1.178	1	90.6
6.02-35	2.4	0.025	3544	1.106	1	87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 39.566 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.479 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2783	1398	4 %	RANDOM
R_work	0.2193	-	-	-
obs	0.2217	34942	88.29 %	-
all	-	33544	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 207.34 Å² / B_iso mean: 70.016 Å² / B_iso min: 12.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.04 Å²	0 Å²	-1.11 Å²
2-	-	2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10448	900	2	0	11350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	11623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.893	15908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.665	5	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.955	24.44	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.016	15	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.872	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8566

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	68	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	245	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
1	A	284	TIGHT THERMAL	2.44	99
1	A	245	MEDIUM THERMAL	2.56	99
2	A	77	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
2	A	84	TIGHT THERMAL	1.26	99
2	A	77	MEDIUM THERMAL	1.41	99
3	B	224	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
3	B	236	TIGHT THERMAL	1.57	99
3	B	224	MEDIUM THERMAL	2.89	99
4	B	103	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
4	B	92	TIGHT THERMAL	1.87	99
4	B	103	MEDIUM THERMAL	1.88	99
5	C	437	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
5	C	424	TIGHT THERMAL	2.94	99
5	C	437	MEDIUM THERMAL	3.38	99
6	C	465	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
6	C	484	TIGHT THERMAL	9.15	99
6	C	465	MEDIUM THERMAL	10.24	99
7	C	6	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
7	C	28	TIGHT THERMAL	27.14	99
7	C	6	MEDIUM THERMAL	29.38	99
8	C	455	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
8	C	456	TIGHT THERMAL	3.83	99
8	C	455	MEDIUM THERMAL	3.79	99
9	C	152	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
9	C	144	TIGHT THERMAL	2.16	99
9	C	152	MEDIUM THERMAL	2.61	99
10	C	63	MEDIUM POSITIONAL	0.05	0.5
10	C	68	TIGHT THERMAL	0.97	99
10	C	63	MEDIUM THERMAL	2.05	99

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	76	-
R_work	0.316	2075	-
all	-	2151	-
obs	-	-	76.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6419	3.7556	-1.3755	6.6683	-0.8755	4.4864	-0.1721	-0.1632	-0.4042	-0.1599	-0.0413	0.1429	0.4731	-0.2275	0.2135	0.1277	0.0059	0.0119	0.0769	0.0537	0.1217	-6.82	-11.354	44.334
2	7.9901	0.8962	0.1521	5.923	0.0265	2.7214	-0.0314	0.0592	0.7159	-0.0097	-0.1109	0.5649	-0.3115	-0.3316	0.1422	0.0668	0.0138	-0.0195	0.1231	-0.0035	0.1144	-10.336	10.223	37.443
3	5.2565	2.035	-0.8833	4.915	-2.0764	8.2833	-0.0017	0.0756	0.0436	-0.0161	0.1023	-0.5478	-0.1951	0.8121	-0.1006	0.0197	0.0194	0.0212	0.329	-0.071	0.2133	34.645	0.114	38.259
4	6.0101	0.8091	-0.9722	6.0131	-0.3811	4.7335	0.3006	0.499	-0.3081	-0.6302	-0.4738	-0.2	0.4118	0.045	0.1733	0.6076	0.0548	0.0827	0.4604	0.0183	0.3091	29.105	-3.69	11.682
5	3.5896	-0.3074	2.0295	1.4683	-1.0531	4.5425	-0.0613	0.4024	0.1634	-0.6694	0.0321	-0.0072	0.0334	0.0519	0.0293	0.3683	-0.0448	-0.006	0.1225	0.006	0.0691	-3.858	11.031	15.257
6	15.7024	-1.4111	2.97	2.9346	-0.7002	7.3928	0.8162	1.2163	-0.337	-0.8319	-0.1381	-0.2524	0.7756	0.5006	-0.678	0.4967	0.087	-0.0587	0.411	-0.0123	0.126	-17.781	13.701	-9.248
7	7.515	-3.5585	-1.1837	5.0126	1.3205	4.8048	-0.0516	0.0446	-0.6144	0.2944	-0.0836	-0.4904	0.7822	-0.1582	0.1352	0.2315	-0.062	-0.0604	0.0227	0.0134	0.2618	17.214	-11.723	58.222
8	7.6785	-0.2921	0.7278	4.537	-0.3059	3.7104	-0.1476	-0.4274	0.596	0.2021	0.0733	-0.6284	-0.242	-0.023	0.0743	0.0642	0.0549	-0.0599	0.0845	-0.071	0.1426	20.161	9.655	65.698
9	5.427	-2.4101	-0.82	5.2748	2.3457	9.4492	-0.1561	0.1036	0.1863	-0.0932	-0.0508	0.203	-0.3413	0.0091	0.2069	0.0214	0.0025	-0.014	0.0606	0.0383	0.1122	-24.813	-0.463	64.365
10	3.7811	-1.4926	-0.2902	11.0322	-1.1242	3.6532	-0.3177	-0.3875	0.0658	1.4632	0.4227	-0.0164	-0.0426	0.1854	-0.1049	0.8166	0.3408	0.1125	0.3729	-0.052	0.1926	-21.469	-4.455	90.2
11	3.2116	1.0051	2.5122	1.6731	0.967	4.8409	0.0242	-0.5269	0.3346	0.6318	-0.1105	-0.0276	-0.0982	-0.6007	0.0863	0.4701	0.1069	-0.0968	0.4156	-0.0729	0.1484	13.524	9.902	87.819
12	11.4481	3.6916	3.8625	8.1409	-0.4823	7.7761	0.5964	-1.3027	0.0097	1.0376	-0.162	0.4766	0.5744	-0.4661	-0.4344	0.4657	-0.051	-0.0289	0.4672	0.0996	0.1005	27.684	13.281	112.157

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	46 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	182 - 297
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	298 - 447
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	448 - 487
6	X-RAY DIFFRACTION	5	C	522 - 623
7	X-RAY DIFFRACTION	6	C	488 - 521
8	X-RAY DIFFRACTION	6	C	701
9	X-RAY DIFFRACTION	7	X	1 - 112
10	X-RAY DIFFRACTION	8	Y	46 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	9	Z	182 - 297
12	X-RAY DIFFRACTION	10	Z	298 - 422
13	X-RAY DIFFRACTION	11	Z	448 - 487
14	X-RAY DIFFRACTION	11	Z	522 - 623
15	X-RAY DIFFRACTION	12	Z	488 - 521
16	X-RAY DIFFRACTION	12	Z	701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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