[日本語] English
万見
- PDB-4gmg: NADP+ bound structure of a Thiazolinyl Imine Reductase from Yersi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gmg
タイトルNADP+ bound structure of a Thiazolinyl Imine Reductase from Yersinia enterocolitica (Irp3)
要素Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent thiazoline reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Thiazolinyl imide reductase / : / Thiazolinyl imine reductase Irp3-like, C-terminal / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Thiazolinyl imide reductase / : / Thiazolinyl imine reductase Irp3-like, C-terminal / : / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Lamb, A.L. / Meneely, K.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Two Structures of a Thiazolinyl Imine Reductase from Yersinia enterocolitica Provide Insight into Catalysis and Binding to the Nonribosomal Peptide Synthetase Module of HMWP1.
著者: Meneely, K.M. / Lamb, A.L.
履歴
登録2012年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
B: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
C: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
D: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,6818
ポリマ－171,7074
非ポリマー2,9744
水1,946108
1
A: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
B: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3414
ポリマ－85,8542
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area27420 Å2
手法PISA
2
C: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
D: Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3414
ポリマ－85,8542
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area26450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.415, 93.817, 181.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Yersiniabactin biosynthetic protein YbtU


分子量: 42926.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (腸炎エルシニア)
株: 33114 / 遺伝子: Irp3, ybtU, YE2619 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A1JTG0
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 13% PEG 3350 (w/v), 0.11 M magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97944 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→39.89 Å / Num. all: 63702 / Num. obs: 63447 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.389 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.31→2.43 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.087 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→39.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.676 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.392 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2599 3214 5.1 %RANDOM
Rwork0.19698 ---
obs0.20017 60174 99.52 %-
all-60464 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10856 0 192 108 11156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.01911364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.97915528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.25351374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.52122.258496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.503151758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.76415103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.306→2.366 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 213 -
Rwork0.258 4039 -
obs--97.81 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る