PDB-4gjw: Structure of the tetramerization domain of Nipah virus phosphoprotein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gjw

タイトル

Structure of the tetramerization domain of Nipah virus phosphoprotein

要素

Phosphoprotein

キーワード

TRANSCRIPTION / 4 helix coiled-coil / Polymerase cofactor / Polymerase / Nucleoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative stranded viral RNA transcription / negative stranded viral RNA replication / virion component / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能

生物種

Nipah virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Tarbouriech, N. / Jamin, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Nipah Virus Phosphoprotein Oligomerisation domain
著者: Yabukarski, F. / Tarbouriech, N. / Jamin, M.

履歴

登録	2012年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gjw.cif.gz	324.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gjw.ent.gz	271.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gjw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4gjw_validation.pdf.gz	502.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4gjw_full_validation.pdf.gz	513.5 KB	表示
XML形式データ	4gjw_validation.xml.gz	30.9 KB	表示
CIF形式データ	4gjw_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/4gjw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kqo-1 5df7-1 5df9-d 5d6b-d 6r42-d 4ftd-d 3tv2-d 1yfe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (4) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

F: Phosphoprotein

G: Phosphoprotein

H: Phosphoprotein

ヘテロ分子

114 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

H: Phosphoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

F: Phosphoprotein

G: Phosphoprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.500, 85.600, 122.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphoprotein / Protein P 分子量: 14105.939 Da / 分子数: 8 / 断片: Oligomerisation domain (UNP residues 471-580) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 遺伝子: Nvgp2, P/V/C / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: Q9IK91
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 5 詳細: 17% PEG 3350, 1M LiCl, 0.1M sodium citrate, 0.1M Arginine, 4% Hexanediol, 0.001% NaN3, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	ESRF	ID23-1	1	0.979
シンクロトロン	SOLEIL	PROXIMA 1	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2012年5月19日	BEND CYLINDRICAL MIRROR
PSI PILATUS 6M	2	PIXEL	2012年3月22日	BI- MORPH MIRRORS

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	CRYSTAL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→48.75 Å / Num. obs: 47924 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.06 % / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 7.38

反射シェル

解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 4.15 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
HKL2Map		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
HKL2Map		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→48.75 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.18 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	2439	5.1 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.178	47866	99 %
all	-	48158	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.94 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.092 Å²	-0 Å²	-3.8477 Å²
2-	-	-7.5798 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.6718 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→48.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6293	0	60	7	6360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	6443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.591	8704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.088	2428
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1018
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0594	0.2862	143	0.2535	2512	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0594-3.1259	0.2712	156	0.2479	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1259-3.1986	0.3088	116	0.2362	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1986-3.2785	0.2799	139	0.225	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2785-3.3672	0.2444	119	0.208	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3672-3.4662	0.2675	167	0.2056	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4662-3.5781	0.2894	151	0.1985	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5781-3.7059	0.2261	159	0.1689	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7059-3.8542	0.2291	131	0.1516	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8542-4.0296	0.2081	148	0.1509	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0296-4.2419	0.2033	142	0.1397	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2419-4.5075	0.2086	149	0.133	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5075-4.8552	0.1743	138	0.1342	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8552-5.3433	0.2253	121	0.1453	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3433-6.1152	0.2789	154	0.2141	2664	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1152-7.6996	0.217	146	0.2015	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6996-48.7521	0.1981	160	0.1749	2588	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3929	1.1917	0.3214	2.4812	-0.1996	1.2814	0.2386	0.3782	-0.3091	-0.6552	-0.1043	-0.5164	0.2339	0.2743	-0.1379	0.3656	0.1287	0.0471	0.2485	-0.0138	0.2498	48.1169	73.0939	94.7215
2	0.8375	-0.4274	0.6705	6.0097	-6.226	7.4619	-0.0677	-0.2426	-0.1621	0.1607	0.6664	0.6607	-0.0875	-0.9611	-0.5326	0.22	0.1059	0.0224	0.2042	-0.018	0.1706	30.2824	51.9824	119.0196
3	3.2608	1.2404	-0.0211	3.6829	-0.6301	4.1633	0.1828	0.0043	0.668	0.0426	-0.0098	0.6718	-0.3922	-0.4026	-0.086	0.2574	0.1043	0.0205	0.2341	0.0218	0.3465	25.656	83.033	107.95
4	0.8854	0.5808	-0.1841	6.4709	-2.9388	2.3953	-0.2362	-0.0621	-0.315	-0.135	-0.0161	-0.5462	0.3969	0.0165	0.147	0.1303	0.0722	0.0582	0.1187	-0.0198	0.0823	38.1864	50.568	118.163
5	5.6717	0.5702	-0.7142	3.3738	0.8743	2.9007	0.223	-0.2882	0.238	0.3806	-0.1891	0.2799	-0.1209	-0.0838	-0.0085	0.5876	0.0104	0.0339	0.2011	0.0222	0.1367	32.9898	29.397	93.7146
6	0.8915	0.8715	-0.4532	2.8024	-1.1551	0.9741	0.0163	0.2078	0.3123	-0.4484	0.286	0.2024	-0.1517	0.0822	0.1068	0.5843	-0.003	0.0101	-0.1506	-0.0156	0.1033	40.8167	49.1858	62.7761
7	1.9492	0.0513	0.2016	3.0725	0.6065	1.7419	0.0951	0.4653	-0.242	-0.9512	-0.0839	0.6754	0.2395	-0.1977	0.0682	0.5577	0.0089	-0.2026	0.2747	-0.0662	0.3011	28.6039	72.6058	91.4081
8	0.8459	-0.5893	0.4797	5.5625	-3.799	2.7252	-0.0924	-0.1485	-0.1575	0.3617	0.083	-0.3343	-0.2192	-0.2635	0.0089	0.2431	-0.0295	-0.0957	0.1766	0.0135	0.1807	35.1371	53.436	122.1582
9	1.2474	-0.5923	0.2008	0.6564	-0.4959	1.9927	0.2167	0.2867	-0.2434	-0.8411	-0.2265	-0.0434	0.4948	0.2957	0.018	0.9195	0.2283	0.0693	0.2196	-0.0086	0.286	44.5233	15.783	72.1765
10	0.7506	-0.5007	0.1745	5.1489	-2.9357	1.8526	-0.1482	0.0509	0.2038	0.2779	-0.076	-0.3717	-0.2554	-0.0958	0.1504	0.5279	0.0597	-0.077	0.0706	0.0698	0.1022	40.5564	53.0154	68.9796
11	6.0357	1.4301	-0.2063	6.0009	-0.4349	5.9143	0.0088	-0.3924	0.0039	-0.1895	-0.4262	-0.7244	0.1548	1.0179	0.2949	0.4301	0.0699	-0.1118	0.3438	0.1449	0.4451	52.3981	24.458	87.7279
12	0.4398	0.5232	-0.4265	6.6364	-6.8396	7.6429	-0.1056	0.1281	0.0878	-0.3604	0.3807	0.2799	0.1917	-0.4158	-0.4391	0.4841	-0.0572	-0.0655	0.1579	0.0009	0.2519	36.1582	49.9367	66.3679
13	1.5093	-0.6866	-0.2417	4.1048	-0.6355	1.3825	0.1746	0.0416	-0.5399	-0.4989	0.0012	0.7843	0.3867	-0.147	-0.1063	0.589	0.0433	-0.1719	0.1896	0.0375	0.416	25.874	20.1251	77.7747
14	0.6157	1.3424	-0.5464	8.8574	-4.4086	2.762	-0.0844	-0.0839	0.0088	0.384	-0.2737	-0.8005	-0.2287	0.1521	0.2687	0.4663	0.0192	-0.0483	0.1516	0.0163	0.247	44.6491	50.9082	66.426
15	3.9398	0.1078	-0.5633	2.0454	1.05	3.6442	0.0565	-0.468	0.239	0.4212	0.0034	-0.3718	-0.4418	0.3517	-0.1207	0.3536	-0.0715	-0.1053	0.2106	-0.0417	0.1631	45.1901	83.6725	111.1234
16	2.3341	2.8248	-2.9806	4.4991	-5.1643	5.8467	-0.3366	0.0587	-0.2782	-0.2456	0.2407	-0.1964	0.2789	-0.3792	-0.0289	0.1663	-0.0066	-0.1102	0.1735	0.0037	0.1177	33.3944	49.2853	114.8973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 477:508)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 509:571)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 477:508)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 509:571)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESSEQ 477:508)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND (RESSEQ 509:573)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND (RESSEQ 477:508)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESSEQ 509:571)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN E AND (RESSEQ 477:508)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN E AND (RESSEQ 509:573)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN F AND (RESSEQ 475:508)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN F AND (RESSEQ 509:571)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN G AND (RESSEQ 477:508)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN G AND (RESSEQ 509:573)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN H AND (RESSEQ 477:508)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN H AND (RESSEQ 509:571)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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