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- PDB-4gjr: Crystal structure of the TAL effector dHax3 bound to methylated dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gjr
タイトルCrystal structure of the TAL effector dHax3 bound to methylated dsDNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*(5CM)P*TP*AP*(5CM)P*CP*TP*CP*(5CM)P*CP*T)-3')
  • Hax3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription activator / DNA / nucleus / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性: / TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Yan, N. / Deng, D. / Yan, C.Y. / Yin, P. / Pan, X.J. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a protein complex
著者: Yan, N. / Deng, D. / Yan, C.Y. / Yin, P. / Pan, X.J. / Shi, Y.G.
履歴
登録2012年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hax3
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*(5CM)P*TP*AP*(5CM)P*CP*TP*CP*(5CM)P*CP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
B: Hax3
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*(5CM)P*TP*AP*(5CM)P*CP*TP*CP*(5CM)P*CP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,4256
ポリマ－124,4256
非ポリマー00
水14,988832
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16890 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area45500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.839, 87.625, 88.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Hax3


分子量: 51754.508 Da / 分子数: 2 / 断片: TAL effector, UNP residues 231-720 / 変異: multiple mutations / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア)
遺伝子: hax3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZD72
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*(5CM)P*TP*AP*(5CM)P*CP*TP*CP*(5CM)P*CP*T)-3')


分子量: 5067.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA oligos
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5390.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA oligos
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10% PEG 3350, 14% ethanol, 0.1M MES pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 104055 / Num. obs: 103243 / % possible obs: 99.22 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 27.73 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V6T

3v6t


解像度: 1.85→32.37 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 5156 4.99 %RANDOM
Rwork0.1979 ---
all0.1995 104055 --
obs0.1995 103243 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.839 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 117.24 Å2 / Biso min: 15.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8822 Å20 Å2-2.1959 Å2
2--0.598 Å2-0 Å2
3---0.9816 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7056 1387 0 832 9275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09612261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4323265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051375
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.849-1.870.32061400.2861282586
1.87-1.8920.31281440.2793289100
1.892-1.91510.30281710.26653336100
1.9151-1.93930.28351740.26083251100
1.9393-1.96480.29631800.25453303100
1.9648-1.99170.25151570.24313267100
1.9917-2.02020.27741520.23763282100
2.0202-2.05030.26731850.23483273100
2.0503-2.08240.2661710.2283280100
2.0824-2.11650.26061450.2263322100
2.1165-2.1530.27391740.21633328100
2.153-2.19210.25041740.22053228100
2.1921-2.23430.28631620.21453288100
2.2343-2.27990.25881850.20853295100
2.2799-2.32940.20292140.19833236100
2.3294-2.38360.22971800.19693284100
2.3836-2.44320.26261880.19643276100
2.4432-2.50920.21841810.2063281100
2.5092-2.5830.27251450.20483320100
2.583-2.66640.2531720.21513304100
2.6664-2.76160.24541980.20953269100
2.7616-2.87210.26691730.2153264100
2.8721-3.00280.24791830.21323293100
3.0028-3.16090.22731730.20463314100
3.1609-3.35880.23391800.20173291100
3.3588-3.61780.19141760.18173305100
3.6178-3.98130.19941830.16473288100
3.9813-4.5560.16821720.15353335100
4.556-5.73490.19431660.17383332100
5.7349-32.3750.2351580.1919312892
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -35.0484 Å / Origin y: 14.6674 Å / Origin z: -18.744 Å
111213212223313233
T0.175 Å20.0211 Å20.0176 Å2-0.1542 Å20.0029 Å2--0.1728 Å2
L0.3622 °20.1305 °20.2007 °2-0.1629 °20.1536 °2--0.2861 °2
S0.0232 Å °0.0191 Å °-0.0017 Å °-0.0017 Å °0.0154 Å °-0.009 Å °-0.0029 Å °0.002 Å °-0.036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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