[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4gjr: Crystal structure of the TAL effector dHax3 bound to methylated dsDNA -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4gjr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the TAL effector dHax3 bound to methylated dsDNA | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/DNA / transcription activator / DNA / nucleus / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | : / TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yan, N. / Deng, D. / Yan, C.Y. / Yin, P. / Pan, X.J. / Shi, Y.G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a protein complex Authors: Yan, N. / Deng, D. / Yan, C.Y. / Yin, P. / Pan, X.J. / Shi, Y.G. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 463.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 376.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 471.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 491.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 70.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4gjpC ![]() 3v6tS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 51754.508 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: TAL effector, UNP residues 231-720 / Mutation: multiple mutations Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: hax3 / Production host: ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 5067.329 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA oligos #3: DNA chain | Mass: 5390.510 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: synthetic DNA oligos #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.51 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.2 Details: 10% PEG 3350, 14% ethanol, 0.1M MES pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→40 Å / Num. all: 104055 / Num. obs: 103243 / % possible obs: 99.22 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 27.73 Å2 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3V6T Resolution: 1.85→32.37 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.8 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.839 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 117.24 Å2 / Biso min: 15.43 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→32.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -35.0484 Å / Origin y: 14.6674 Å / Origin z: -18.744 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |