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- PDB-4gi7: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae pantothenate kinase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gi7
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae pantothenate kinase in complex with a pantothenate analogue
要素Pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / protein-substrate complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pantothenate kinase / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYL-N-{3-OXO-3-[(PYRIDIN-3-YLMETHYL)AMINO]PROPYL}BUTANAMIDE / Chem-0JR / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, B. / Tempel, W. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Hong, B.S. / Park, H.W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of Klebsiella pneumoniae pantothenate kinase in complex with N-substituted pantothenamides.
著者: Li, B. / Tempel, W. / Smil, D. / Bolshan, Y. / Schapira, M. / Park, H.W.
履歴
登録2012年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase
C: Pantothenate kinase
B: Pantothenate kinase
D: Pantothenate kinase
E: Pantothenate kinase
F: Pantothenate kinase
G: Pantothenate kinase
H: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,65166
ポリマ－307,6868
非ポリマー4,96458
水18,4291023
1
A: Pantothenate kinase
C: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,39517
ポリマ－76,9222
非ポリマー1,47315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26120 Å2
手法PISA
2
B: Pantothenate kinase
D: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,39519
ポリマ－76,9222
非ポリマー1,47317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA
3
E: Pantothenate kinase
F: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,08515
ポリマ－76,9222
非ポリマー1,16413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26380 Å2
手法PISA
4
G: Pantothenate kinase
H: Pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,77615
ポリマ－76,9222
非ポリマー85413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.928, 130.938, 193.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Pantothenate kinase / Pantothenic acid kinase


分子量: 38460.785 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 342 / 遺伝子: coaA, KPK_5321 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B5XYG3, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-0JR / (2R)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethyl-N-{3-oxo-3-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]propyl}butanamide / (2R)-N-[3-(3-ピリジルメチルアミノ)-3-オキソプロピル]-2,4-ジヒドロキシ-3,3-ジメチルブチルア(以下略)


タイプ: Non-polymer / クラス: 抗生剤, Antimicrobial / 分子量: 309.361 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N3O4
参照: (2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYL-N-{3-OXO-3-[(PYRIDIN-3-YLMETHYL)AMINO]PROPYL}BUTANAMIDE
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 45 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5 uL protein + 0.5 uL buffer (20% PEG3350, 0.2 M tri-lithium citrate, pH 7.0) + 0.2 uL 40% 2,5-hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 235112 / Num. obs: 234904 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 9.2755
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.95-2.066.360.8521466633760199.11
2.06-2.186.80.54219671323221100
2.18-2.337.020.36212676302841100
2.33-2.527.230.26204773283141100
2.52-2.767.390.18192637260651100
2.76-3.087.490.13177139236431100
3.08-3.567.50.1157182209461100
3.56-4.367.430.09132273178081100
4.36-6.177.340.0810192913885199.99
6.17-4070.08551317877199.61

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化解像度: 1.95→39.681 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Matrix type: sparse / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.465 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 11741 5.004 %RANDOM
Rwork0.186 222889 --
obs0.188 234630 99.778 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 115.61 Å2 / Biso mean: 33.063 Å2 / Biso min: 12.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.596 Å20 Å20 Å2
2---0.639 Å2-0 Å2
3---1.236 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.681 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19893 0 371 1023 21287
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01920707
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9828152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7883.00245502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80952451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.05523.72965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.616153558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.21515143
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02122980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0293.1329828
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0293.1329827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1444.68712268
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.95-2.0010.3358070.287160900.291720498.2160.284
2.001-2.0550.2828460.245159420.2471679299.9760.238
2.055-2.1150.2758030.226154760.2281628599.9630.214
2.115-2.180.2578050.215151140.2171592799.950.201
2.18-2.2510.2547890.207145380.211533899.9280.193
2.251-2.3290.2577600.198141070.2011488099.9130.182
2.329-2.4170.2557400.203136880.2061444399.8960.187
2.417-2.5150.2547240.201130870.2031382199.9280.186
2.515-2.6270.2386940.194126060.1971331299.910.182
2.627-2.7540.2456180.197120840.21270999.9450.186
2.754-2.9030.2296010.19115270.1921214099.9010.183
2.903-3.0780.2335630.194109040.1961147899.9040.191
3.078-3.2890.2225380.198103040.21084899.9450.199
3.289-3.550.2144970.18895920.191009999.9010.194
3.55-3.8860.1864580.1788570.171932499.9030.182
3.886-4.3390.1724030.14880640.149847299.9410.163
4.339-5.0010.1653650.14271310.143750399.9070.16
5.001-6.1010.1923180.16861130.169643999.8760.186
6.101-8.5270.2012600.1747930.171506399.8020.191
8.527-39.6810.1591520.14128730.142303699.6380.171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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