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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ghn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative protease (BACUNI_00178) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.50 A resolution | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Putative protease / Peptidase_S41 of PF03572 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides uniformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (BACUNI_00178) from Bacteroides uniformis ATCC 8492 at 1.50 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ghn.cif.gz | 196 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ghn.ent.gz | 157.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ghn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ghn_validation.pdf.gz | 434.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ghn_full_validation.pdf.gz | 436 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ghn_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ghn_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4ghn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/4ghn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45676.715 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-421 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア) 遺伝子: BACUNI_00178 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7UY07 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30.00% Glycerol, 5.60% polyethylene glycol 4000, 0.1M sodium acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月17日 詳細: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→17.932 Å / Num. all: 91727 / Num. obs: 91727 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 15.714 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→17.932 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.961 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.055 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. GLYCEROL (GOL) MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION ARE MODELED. 4. THE SCATTERING FACTORS FOR SULFUR AND SELENIUM ATOMS WERE ADJUSTED BY REFMAC 5.5.0110 TO ACCOUNT FOR ANOMALOUS DISPERSION BASED ON THE WAVELENGTH 0.9795 A (S f'= 0.18, Se f'= -9.64). THE CROMER MANN c VALUES LISTED IN THE CIF VERSION OF THE FILE INCLUDE THIS CORRECTION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.94 Å2 / Biso mean: 21.854 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→17.932 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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