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万見
- PDB-4gh8: Crystal structure of a 'humanized' E. coli dihydrofolate reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gh8
タイトルCrystal structure of a 'humanized' E. coli dihydrofolate reductase
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / tetrahydrofolate / enzyme catalysis / evolution / Dihydrofolate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者French, J.B. / Liu, C.T. / Hanoian, P. / Pringle, T.H. / Hammes-Schiffer, S. / Benkovic, S.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Functional significance of evolving protein sequence in dihydrofolate reductase from bacteria to humans.
著者: Liu, C.T. / Hanoian, P. / French, J.B. / Pringle, T.H. / Hammes-Schiffer, S. / Benkovic, S.J.
履歴
登録2012年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Dihydrofolate reductase
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2299
ポリマ－36,7092
非ポリマー2,5207
水3,045169
1
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5954
ポリマ－18,3551
非ポリマー1,2403
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6355
ポリマ－18,3551
非ポリマー1,2804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.245, 63.773, 62.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 18354.734 Da / 分子数: 2 / 変異: N23PP, G51PEKN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TWO INSERTIONS COMPARING TO UNP P0ABQ4 SEQUENCE, RESIDUE ASN 23 WAS REPLACED BY TWO AMINO ACIDS ...TWO INSERTIONS COMPARING TO UNP P0ABQ4 SEQUENCE, RESIDUE ASN 23 WAS REPLACED BY TWO AMINO ACIDS (PRO PRO) AND RESIDUES GLY 51 WAS REPLACED BY FOUR AMINO ACIDS (PRO GLU LYS ASN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM Calcium Acetate 38% Peg 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2.6 % / Av σ(I) over netI: 12.1 / 数: 83707 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.23 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31876 / % possible obs: 95.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.025096.410.0511.6052.6
3.995.0298.610.0531.532.6
3.483.9998.910.0561.5462.6
3.163.4899.110.0591.4862.6
2.943.1698.910.0691.6382.6
2.762.9498.610.0761.5132.7
2.632.7698.410.0841.4962.6
2.512.6398.510.0941.3042.6
2.412.5198.610.11.2542.7
2.332.4198.410.111.1622.7
2.262.339810.1281.1772.6
2.192.2698.110.1311.132.6
2.142.1997.310.151.0562.6
2.082.1496.510.1621.072.6
2.042.0894.910.1721.0792.6
1.992.0492.810.1810.9282.6
1.951.9989.610.2220.9092.6
1.921.9587.310.250.8362.6
1.881.9284.210.2960.7682.7
1.851.8880.510.3270.742.6
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 83707 / Num. obs: 31876 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.227 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.882.60.32713500.74180.5
1.88-1.922.70.29614010.768184.2
1.92-1.952.60.2514350.836187.3
1.95-1.992.60.22215150.909189.6
1.99-2.042.60.18115430.928192.8
2.04-2.082.60.17215791.079194.9
2.08-2.142.60.16215841.07196.5
2.14-2.192.60.1516331.056197.3
2.19-2.262.60.13116261.13198.1
2.26-2.332.60.12816341.177198
2.33-2.412.70.1116491.162198.4
2.41-2.512.70.116291.254198.6
2.51-2.632.60.09416691.304198.5
2.63-2.762.60.08416421.496198.4
2.76-2.942.70.07616401.513198.6
2.94-3.162.60.06916611.638198.9
3.16-3.482.60.05916761.486199.1
3.48-3.992.60.05616631.546198.9
3.99-5.022.60.05316651.53198.6
5.02-502.60.05116821.605196.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.629 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 1631 5.1 %RANDOM
Rwork0.2026 ---
obs0.2048 31872 95.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 55.44 Å2 / Biso mean: 22.2837 Å2 / Biso min: 6.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.32 Å20 Å2-0.71 Å2
2--3.67 Å20 Å2
3----1.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 165 169 2878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222792
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8162.0173832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1413.0184443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8675322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.61324.167120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10215407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3011515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9131.51638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2381.5642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66322655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58431154
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8664.51177
LS精密化 シェル解像度: 1.853→1.901 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 100 -
Rwork0.279 1879 -
all-1979 -
obs--80.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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