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- PDB-4g9p: Structure of the GcpE-MEcPP (IspG) complex from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g9p
タイトルStructure of the GcpE-MEcPP (IspG) complex from Thermus thermophilus
要素4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / isoprenoid biosynthesis / non mevalonate pathway / iron-sulphur-cluster / TIM-barrel / MEcPP
機能・相同性
機能・相同性情報


(E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase (flavodoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase activity (ferredoxin) / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl-diphosphate synthase activity (flavodoxin) / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial-type / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase, bacterial / GcpE protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Dihydropteroate synthase-like / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin)
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Rekittke, I. / Jomaa, H. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Structure of the GcpE (IspG)-MEcPP complex from Thermus thermophilus.
著者: Rekittke, I. / Jomaa, H. / Ermler, U.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4118
ポリマ－44,2811
非ポリマー1,1307
水8,197455
1
A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,82316
ポリマ－88,5622
非ポリマー2,26014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area11210 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area30320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.650, 63.650, 442.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase / 1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate synthase


分子量: 44281.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: gcpE, ispG, TT_C1677 / プラスミド: PQETTGCPE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72H18, EC: 1.17.7.1

-
非ポリマー , 6種, 462分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-CDI / 2C-METHYL-D-ERYTHRITOL 2,4-CYCLODIPHOSPHATE / (7R)-2,4,7β-トリヒドロキシ-8α-(ヒドロキシメチル)-8-メチル-1,3,5-トリオキサ-2,4-ジホス(以下略)


分子量: 278.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O9P2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 45 % pentaerythriol propoxylate 426, 0.1 M MES, 0.4 M KCl, 2.5 mM MEcPP, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 77534 / Num. obs: 79313 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 85.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→46.782 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.27 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 3870 5 %
Rwork0.1767 --
obs0.1779 77355 97.83 %
all-77355 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.87 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0573 Å20 Å20 Å2
2--1.0573 Å20 Å2
3----2.1145 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 51 455 3606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7914451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6591280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007575
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.56890.34261310.30042099X-RAY DIFFRACTION83
1.5689-1.58880.36191190.29142310X-RAY DIFFRACTION87
1.5888-1.60970.29651080.27062306X-RAY DIFFRACTION89
1.6097-1.63170.24771260.23872454X-RAY DIFFRACTION92
1.6317-1.6550.26471190.23322437X-RAY DIFFRACTION94
1.655-1.67970.25641340.21812582X-RAY DIFFRACTION97
1.6797-1.7060.26551190.19982554X-RAY DIFFRACTION98
1.706-1.7340.20591230.18982638X-RAY DIFFRACTION99
1.734-1.76390.21671270.18642630X-RAY DIFFRACTION100
1.7639-1.79590.21581390.18942602X-RAY DIFFRACTION100
1.7959-1.83050.22961200.17892688X-RAY DIFFRACTION100
1.8305-1.86780.23491390.18832667X-RAY DIFFRACTION100
1.8678-1.90850.22371370.17742615X-RAY DIFFRACTION100
1.9085-1.95290.20861380.17912626X-RAY DIFFRACTION100
1.9529-2.00170.20571630.17792667X-RAY DIFFRACTION100
2.0017-2.05580.21941410.17482663X-RAY DIFFRACTION100
2.0558-2.11630.2031480.17462655X-RAY DIFFRACTION100
2.1163-2.18460.19061490.1752652X-RAY DIFFRACTION100
2.1846-2.26270.22731380.1732668X-RAY DIFFRACTION100
2.2627-2.35330.17121670.16212667X-RAY DIFFRACTION100
2.3533-2.46040.19561530.1672668X-RAY DIFFRACTION100
2.4604-2.59010.1921400.16942693X-RAY DIFFRACTION100
2.5901-2.75240.20021480.16912738X-RAY DIFFRACTION100
2.7524-2.96480.21331520.17012697X-RAY DIFFRACTION100
2.9648-3.26310.20561420.1792764X-RAY DIFFRACTION100
3.2631-3.73510.18511340.16182815X-RAY DIFFRACTION100
3.7351-4.70520.16521560.14512827X-RAY DIFFRACTION100
4.7052-46.80340.18441600.18753103X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0889-0.4250.73771.0015-0.36910.9172-0.04310.12710.0568-0.05980.03860.0449-0.31280.0686-0.04630.2267-0.0184-0.01290.05-0.00650.1104-5.615320.63054.6609
20.7414-0.0039-0.07470.66430.23970.6856-0.0014-0.09690.34370.19110.015-0.0238-0.42850.121-0.0110.3701-0.0336-0.00980.0378-0.0540.1528-3.511425.887816.8765
31.10140.1975-0.30021.9437-0.59641.1201-0.0717-0.32850.17950.27420.17170.3269-0.2565-0.3375-0.03890.24940.06170.03770.2246-0.02460.1716-20.031214.741423.9266
40.33450.08940.08390.36980.09690.8013-0.0139-0.06810.05420.02150.01530.0802-0.1092-0.0886-0.01290.1410.0162-0.00070.0606-0.00080.1159-12.42058.15536.186
50.9396-0.16710.0943.07220.07720.7905-0.0218-0.04160.23750.01520.0359-0.1939-0.23220.13880.01130.1705-0.05060.01160.1221-0.00650.1371.27575.764-19.1707
63.7024-0.7755-0.02795.85080.14552.6373-0.01020.20090.1294-0.1309-0.048-0.2868-0.20170.23450.0420.1815-0.05420.02890.16670.02630.09941.61645.2961-28.5693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:50)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 51:119)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 120:169)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 170:304)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 305:359)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 360:406)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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