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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g9o | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of H234A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium | ||||||
![]() | 5'/3'-nucleotidase SurE | ||||||
![]() | HYDROLASE / Stationary phase survival protein / Domain swapping / Rossmann fold / Distorted dimer / Phosphatase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3'-nucleotidase / exopolyphosphatase / 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mathiharan, Y.K. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dramatic Structural Changes Resulting from the Loss of a Crucial Hydrogen Bond in the Hinge Region Involved in C-Terminal Helix Swapping in SurE: A Survival Protein from Salmonella typhimurium. 著者: Mathiharan, Y.K. / Pappachan, A. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28548.043 Da / 分子数: 2 / 変異: H234A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / 遺伝子: STM2927, surE / プラスミド: pRSETC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P66881, 5'-nucleotidase, 3'-nucleotidase, exopolyphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: under oil, microbatch method / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.02M MgCl2 hexahydrate, 22% (w/v) Polyacrylic acid 5100 sodium salt, Under Oil, Microbatch Method, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月2日 / 詳細: Bent collimating mirror and toroid |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator. / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→40.52 Å / Num. obs: 29206 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 36.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4191 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2V4N 解像度: 2.12→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 12.988 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.447 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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