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- PDB-4g92: CCAAT-binding complex from Aspergillus nidulans with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g92
タイトルCCAAT-binding complex from Aspergillus nidulans with DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • HAPB protein
  • HapE
  • Transcription factor HapC (Eurofung)
キーワードTranscription/DNA / transcription factor / nucleosome / minor groove binding / CCAAT-binding complex / histone fold motif / specific binding to the CCAAT-box / DNA / nucleus / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription ...CCAAT-binding factor complex / regulation of carbohydrate metabolic process / nucleosome / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2430 / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2430 / Nuclear transcription factor Y subunit A / CCAAT-binding transcription factor (CBF-B/NF-YA) subunit B / NF-YA/HAP2 family profile. / CCAAT-Binding transcription Factor / Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HapE / Transcriptional activator HAP2 / Histone H2A/H2B/H3 domain-containing protein / Transcription factor HapC (Eurofung)
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
Aspergillus nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Huber, E.M. / Scharf, D.H. / Hortschansky, P. / Groll, M. / Brakhage, A.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: DNA Minor Groove Sensing and Widening by the CCAAT-Binding Complex.
著者: Huber, E.M. / Scharf, D.H. / Hortschansky, P. / Groll, M. / Brakhage, A.A.
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAPB protein
B: Transcription factor HapC (Eurofung)
C: HapE
D: DNA
E: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5257
ポリマ－47,3335
非ポリマー1922
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14680 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.040, 72.890, 145.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 HAPB protein


分子量: 7669.910 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 231-293 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / 遺伝子: hapB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P87249
#2: タンパク質 Transcription factor HapC (Eurofung)


分子量: 10641.299 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-132 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans (カビ) / 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: AN4034.2, ANIA_04034 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5B5Z6
#3: タンパク質 HapE


分子量: 13666.752 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 47-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus nidulans (カビ) / 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: AN6492.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5AYY8, UniProt: C8V0B5*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#4: DNA鎖 DNA


分子量: 7574.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA


分子量: 7780.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 2種, 535分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 0.2 M (NH4)2SO4, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月28日
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 57233 / Num. obs: 54543 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0119精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4G91

4g91


解像度: 1.8→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.956 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19008 2728 5 %RANDOM
Rwork0.15674 ---
obs0.15843 49104 95.33 %-
all-51832 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20 Å2
2---1.57 Å20 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 1025 10 533 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0173389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0931.7444779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2485267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.42223.333108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14815429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8481521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212186
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.63833389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.4575124
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.75453637
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 182 -
Rwork0.22 3512 -
obs--97.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0915-0.0558-0.06740.2360.05670.0515-0.00220.0134-0.0091-0.0353-0.0016-0.01340.0011-0.01110.00380.0154-0.0045-0.00650.0104-0.00410.042838.0164-41.7644-42.7549
20.11530.0073-0.04620.2605-0.07610.07680.0074-0.0021-0.01970.0196-0.0091-0.036-0.0227-0.01470.00170.02310.0018-0.0060.01190.00250.046948.7101-39.6426-30.76
30.13760.02010.01850.2114-0.06060.1154-0.0032-0.0025-0.00790.0074-0.0068-0.0601-0.01-0.02230.010.0166-0.00060.00460.00680.00040.042654.0021-35.6625-35.4832
40.0787-0.0796-0.03360.1922-0.18660.49630.0121-0.0054-0.01090.01860.01550.0164-0.0486-0.0213-0.02760.01740.0025-0.00250.01490.00280.026233.5699-30.7684-31.1856
50.1296-0.03270.04690.1499-0.00220.01890.004-0.0161-0.0019-0.00010.00710.02080.0023-0.006-0.01110.02610.00740.00590.01680.00290.032933.5259-31.0419-36.2197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A232 - 292
2X-RAY DIFFRACTION2B41 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3C47 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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