PDB-4g8x: G1 ORF67 / Staphyloccus aureus sigmaA domain 4 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g8x

タイトル

G1 ORF67 / Staphyloccus aureus sigmaA domain 4 complex

要素

ORF067
RNA polymerase sigma factor rpoD

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / RNAP binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

Staphylococcus phage G1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.001 Å

データ登録者

Darst, S.A. / Osmundson, J.S. / Montero-Diaz, C.M. / Hochschild, A.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Promoter-specific transcription inhibition in Staphylococcus aureus by a phage protein.
著者: Osmundson, J. / Montero-Diez, C. / Westblade, L.F. / Hochschild, A. / Darst, S.A.

履歴

登録	2012年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g8x.cif.gz	165.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g8x.ent.gz	137.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g8x_validation.pdf.gz	445 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g8x_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	4g8x_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	4g8x_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/4g8x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g6dC 4g94C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hcf-3 5hcf-2 6ocv-d 4zr1-2 5hcf-6 4zni-d 5hcf-1 4znk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (15)

登録構造単位

A: RNA polymerase sigma factor rpoD

B: ORF067

C: RNA polymerase sigma factor rpoD

D: ORF067

61.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA polymerase sigma factor rpoD

B: ORF067

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: RNA polymerase sigma factor rpoD

D: ORF067

登録者が定義した集合体
30.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	219.137, 56.951, 57.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	RNA polymerase sigma factor rpoD 分子量: 7409.352 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 296-357 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 遺伝子: plaC, rpoD, SAOUHSC_01662, sigA, Sigma A domain 4 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0J0
#2: タンパク質	ORF067 分子量: 23413.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus phage G1 (ファージ) 遺伝子: ORF67 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Z9Y5

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.16M Calcium acetate, 0.08 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 15% PEG 8000, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	70	1
2	70	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	24-ID-C	1	1.0389
シンクロトロン	NSLS	X3A	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年3月14日
MAR CCD 165 mm	2	CCD	2008年1月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111 CHANNEL	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0389	1
2	0.979	1

反射

解像度: 3→40 Å / Num. obs: 13818 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.001→37.71 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3277	1380	9.99 %
R_work	0.2806	-	-
obs	0.2853	13812	99.8 %
all	-	13818	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.001→37.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3325	0	0	0	3325

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3369
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.69	4554
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.269	1121
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.001-3.1082	0.4152	133	0.3486	1203	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1082-3.2326	0.3288	142	0.3269	1229	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2326-3.3796	0.4197	138	0.3166	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3796-3.5577	0.4126	145	0.3068	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5577-3.7804	0.3343	125	0.2958	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7804-4.072	0.2926	135	0.2577	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
4.072-4.4812	0.2829	144	0.2596	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4812-5.1282	0.3637	135	0.2676	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1282-6.4558	0.3271	139	0.3142	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4558-37.7134	0.3008	144	0.2593	1297	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5905	3.8055	2.5374	6.4075	3.6516	3.4399	0.5453	0.5086	-0.8677	-0.5754	-0.3747	-0.2979	0.6924	-0.1665	0.012	1.1833	0.1242	-0.1838	0.732	-0.2282	1.1945	35.5413	20.3815	-6.2264
2	3.7704	-2.4223	-0.8501	1.7752	0.2496	4.0938	0.2484	-0.3204	-0.1071	0.096	-0.0839	-0.5624	0.25	0.0959	-0.1902	0.8202	-0.1078	-0.1228	0.3113	0.1033	0.8318	53.0461	14.5011	6.3607
3	1.2868	-0.8623	-1.4522	2.426	-1.14	5.7774	-0.6556	-0.9629	0.841	1.1891	0.6605	-0.3301	0.9204	-1.9214	-0.2072	2.067	1.0976	-0.0251	2.7494	-0.9387	-0.0194	14.8227	39.132	26.7481
4	6.6341	1.7337	-0.4408	5.6185	-0.3363	4.0662	-1.1869	-0.5489	2.0408	2.0131	1.3515	0.9783	-0.7619	-1.9309	0.6101	1.2667	1.1219	-0.315	2.5836	-0.387	1.2606	3.5199	49.3043	13.0204
5	3.8973	-0.7386	2.4573	2.3986	-1.7949	4.376	-1.3902	-1.8279	1.3495	0.7082	0.9643	0.5966	-1.0259	-1.6467	0.0045	1.0288	0.3722	-0.0009	1.6989	-0.3325	0.8673	21.8891	37.1305	14.2429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ((resseq 1:92))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and ((resseq 1:92))
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and ((resseq 93:198))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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