[日本語] English
万見
- PDB-4g8s: Crystal Structure Of a Putative Nitroreductase from Geobacter sul... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g8s
タイトルCrystal Structure Of a Putative Nitroreductase from Geobacter sulfurreducens PCA (Target PSI-013445)
要素Nitroreductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Nitroreductase-like family 3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Toro, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a nitroreductase from Geobacter sulfurreducens PCA
著者: Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, ...著者: Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Washington, E. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
履歴
登録2012年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase family protein
B: Nitroreductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8565
ポリマ－46,8512
非ポリマー1,0053
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.759, 73.759, 169.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a dimer

-
要素

#1: タンパク質 Nitroreductase family protein


分子量: 23425.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: PCA, ATCC 51573 / 遺伝子: GSU0217 / プラスミド: pSGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74GM9
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection (Ethylene glycol), Sitting Drop, Vapor Diffusion, ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection (Ethylene glycol), Sitting Drop, Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 45382 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 35.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.21 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.2412.70.79122671.3461100
2.24-2.2812.70.66222291.4491100
2.28-2.3212.70.59323191.4381100
2.32-2.3712.80.52522601.4481100
2.37-2.4212.70.44922731.4641100
2.42-2.4812.80.40522341.4821100
2.48-2.5412.80.32823201.5421100
2.54-2.6112.80.26522371.6231100
2.61-2.6912.80.24322571.7021100
2.69-2.7712.70.19222711.841100
2.77-2.8712.70.17322531.8981100
2.87-2.9912.60.1522962.0551100
2.99-3.1212.50.12322602.3581100
3.12-3.2912.30.10222702.6421100
3.29-3.4911.90.08422843.1541100
3.49-3.7611.40.07322483.51100
3.76-4.1411.10.06422843.7141100
4.14-4.7411.10.05422723.7591100
4.74-5.9711.50.05122703.4771100
5.97-5012.10.0422783.146199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→36.738 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8825 / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1971 1990 8.15 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
obs0.1651 24421 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.78 Å2 / Biso mean: 31.9928 Å2 / Biso min: 10.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2797 0 68 109 2974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0293993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066437
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4941088
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2002-2.25520.22271340.19081545167998
2.2552-2.31620.24931390.17991555169498
2.3162-2.38430.20191400.17551561170199
2.3843-2.46130.23461390.16761566170599
2.4613-2.54920.20231390.1661553169299
2.5492-2.65130.22261400.160315781718100
2.6513-2.77190.19511400.163815811721100
2.7719-2.9180.21321430.170216011744100
2.918-3.10070.24821410.174815911732100
3.1007-3.340.20781420.178516111753100
3.34-3.67580.17791440.149916231767100
3.6758-4.20710.16981450.1416301775100
4.2071-5.29790.16281490.138616701819100
5.2979-36.74350.20481550.18491766192199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.76230.43010.22.42910.39351.1024-0.0466-0.09860.05030.18480.0770.2353-0.1085-0.0895-0.02340.29760.0027-0.03310.0565-0.00290.215723.14857.363665.8817
21.58090.11460.01861.6776-0.45580.1256-0.08820.1199-0.17710.1587-0.02360.1080.3485-0.035-0.02660.3269-0.0226-0.03810.0666-0.01430.173730.95996.569859.4582
30.669-0.25680.09881.5495-0.06560.467-0.01390.12470.063-0.2626-0.02290.3155-0.0298-0.0165-0.06350.3103-0.0307-0.04910.07280.03260.231118.31695.715858.3476
42.2562-0.19840.22531.90960.36452.1119-0.04890.3140.1741-0.1250.0371-0.2756-0.31160.526-0.06770.2528-0.0974-0.03640.228-0.00040.21945.94189.750654.3674
53.29210.2434-0.15781.67040.34191.7751-0.27280.331-0.0177-0.40890.33640.0243-0.04480.22130.06150.3304-0.0286-0.05420.11960.00460.131937.65976.054858.5949
63.10220.21530.00533.6406-0.10062.8593-0.06980.1191-0.1734-0.11370.0435-0.46470.17170.62240.05350.18240.0188-0.01270.2467-0.06420.208849.03222.18257.6976
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:98)A1 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 99:133)A99 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 134:187)A134 - 187
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 1:98)B1 - 98
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 99:133)B99 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 134:186)B134 - 186

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る