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- PDB-4g8s: Crystal Structure Of a Putative Nitroreductase from Geobacter sul... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4g8s | ||||||
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Title | Crystal Structure Of a Putative Nitroreductase from Geobacter sulfurreducens PCA (Target PSI-013445) | ||||||
![]() | Nitroreductase family protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P.R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Toro, R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a nitroreductase from Geobacter sulfurreducens PCA Authors: Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / ...Authors: Kumar, P.R. / Ahmed, M. / Banu, N. / Bhosle, R. / Bonanno, J. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Glen, S. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J.D. / Seidel, R. / Stead, M. / Toro, R. / Washington, E. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 153.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a dimer |
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Components
#1: Protein | Mass: 23425.709 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.5 Details: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection (Ethylene glycol), Sitting Drop, Vapor Diffusion, ...Details: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.2M Potassium Chloride, 20% PEG 3350 - MCSG1 #89), Cryoprotection (Ethylene glycol), Sitting Drop, Vapor Diffusion, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2011 / Details: MIRRORS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 45382 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 35.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 2.21 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.78 Å2 / Biso mean: 31.9928 Å2 / Biso min: 10.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→36.738 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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