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- PDB-4g7g: Sterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Trypanosoma brucei in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g7g
タイトルSterol 14-alpha demethylase (CYP51) from Trypanosoma brucei in complex with the VNI derivative (R)-N-(1-(3,4'-difluorobiphenyl-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl)-4-(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide [VNI/VNF (VFV)]
要素sterol 14-alpha-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 fold / heme / monooxygenase / sterol biosynthesis / eukaryotic membrane biogenesis / cytochrome P450 reductase / endoplasmic reticulum membrane / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane biogenesis / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / sterol metabolic process / nuclear envelope / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-VFV / Lanosterol 14-alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hargrove, T.Y. / Wawrzak, Z. / Waterman, M.R. / Lepesheva, G.I.
引用ジャーナル: J Infect Dis / 年: 2015
タイトル: VFV as a New Effective CYP51 Structure-Derived Drug Candidate for Chagas Disease and Visceral Leishmaniasis.
著者: Lepesheva, G.I. / Hargrove, T.Y. / Rachakonda, G. / Wawrzak, Z. / Pomel, S. / Cojean, S. / Nde, P.N. / Nes, W.D. / Locuson, C.W. / Calcutt, M.W. / Waterman, M.R. / Daniels, J.S. / Loiseau, P.M. / Villalta, F.
履歴
登録2012年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sterol 14-alpha-demethylase
B: sterol 14-alpha-demethylase
C: sterol 14-alpha-demethylase
D: sterol 14-alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,69612
ポリマ－203,0404
非ポリマー4,6568
水9,080504
1
A: sterol 14-alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9243
ポリマ－50,7601
非ポリマー1,1642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: sterol 14-alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9243
ポリマ－50,7601
非ポリマー1,1642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: sterol 14-alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9243
ポリマ－50,7601
非ポリマー1,1642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: sterol 14-alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9243
ポリマ－50,7601
非ポリマー1,1642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.947, 79.706, 117.868
Angle α, β, γ (deg.)74.64, 81.20, 68.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
sterol 14-alpha-demethylase / CYP51


分子量: 50759.902 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 29-476 / 変異: P29G, T30K, D31L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: CYP51, Tb11.02.4080 / プラスミド: pCW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 / 参照: UniProt: Q385E8, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-VFV / N-[(1R)-1-(3,4'-difluorobiphenyl-4-yl)-2-(1H-imidazol-1-yl)ethyl]-4-(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)benzamide


分子量: 547.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H23F2N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: potassium phosphate, sodium chloride, glycerol, PEG3350, N-tetradecyl-beta-D-maltoside, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月3日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→29.817 Å / Num. all: 123297 / Num. obs: 120831 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 37.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 5970 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G1Q

3g1q


解像度: 2.05→29.817 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 11.406 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22618 6065 5 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
obs0.16597 114765 98.03 %-
all-117107 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å2-0.72 Å20.32 Å2
2---0.6 Å20.04 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.817 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14228 0 336 504 15068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0214940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9762.00420272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.38551788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07323.252652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.321152596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.93615120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111364
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.287314940
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.985159
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.799514911
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.102 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 452 -
Rwork0.205 8323 -
obs--95.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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