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万見
- PDB-4g6d: G1 ORF67 / Staphyloccus aureus sigmaA domain 4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g6d
タイトルG1 ORF67 / Staphyloccus aureus sigmaA domain 4 complex
要素
  • ORF067
  • RNA polymerase sigma factor rpoD
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Staphylococcus aureus RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1800 / : / : / Phage G1 gp67, N-terminal domain / Phage G1 gp67, C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal ...Helix Hairpins - #1800 / : / : / Phage G1 gp67, N-terminal domain / Phage G1 gp67, C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Helix non-globular / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigA / ORF067
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus phage G1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9971 Å
データ登録者Darst, S.A. / Osmundson, J.S.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Promoter-specific transcription inhibition in Staphylococcus aureus by a phage protein.
著者: Osmundson, J. / Montero-Diez, C. / Westblade, L.F. / Hochschild, A. / Darst, S.A.
履歴
登録2012年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor rpoD
B: ORF067


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9572
ポリマ－31,9572
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.381, 64.724, 108.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor rpoD


分子量: 8731.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 296-368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: rpoD, plaC, sigA, SAOUHSC_01662 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0J0
#2: タンパク質 ORF067


分子量: 23226.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus phage G1 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Z9Y5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 10% (w/v) PEG5000MME, 12% (v/v) Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1701
2701
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.97949
シンクロトロンAPS 24-ID-C20.97918
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2009年10月19日
ADSC QUANTUM 3152CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
20.979181
反射解像度: 1.997→30 Å / Num. all: 19002 / Num. obs: 18679 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.997→2.12 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9971→26.35 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2426 935 5.01 %
Rwork0.2046 --
obs0.2065 18678 97.95 %
all-19002 -
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9971→26.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2076 0 0 54 2130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112130
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4312881
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.906812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.106329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007373
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9971-2.10230.38461300.33222481X-RAY DIFFRACTION98
2.1023-2.2340.30761330.27462524X-RAY DIFFRACTION99
2.234-2.40630.25861350.23852551X-RAY DIFFRACTION99
2.4063-2.64830.29961330.22412531X-RAY DIFFRACTION100
2.6483-3.0310.24261360.21122572X-RAY DIFFRACTION100
3.031-3.81690.24311370.19282609X-RAY DIFFRACTION100
3.8169-26.35240.20511310.18042475X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8767-0.0810.53925.44230.61093.29630.10040.0011-0.4375-0.09590.2118-0.90050.70160.1125-0.29070.42040.0136-0.07240.3242-0.00990.54438.1898-11.141614.7924
22.9488-1.4534-0.5177.3491.38445.879-0.1021-0.40620.54741.23230.030.4663-0.2377-0.39290.02240.4814-0.03470.03180.4426-0.13650.471927.30516.749527.1013
30.9814-0.6070.02032.1533-2.24654.442-0.03960.4738-0.0594-0.7918-0.07070.35170.0909-0.36950.02030.4998-0.0314-0.09290.5013-0.04150.416927.1447-1.40466.9925
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and resseq 92:198
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and resseq 1:91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and resseq 538:599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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