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- PDB-4g4f: Crystal structure of GITRL from Bushbaby -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g4f
タイトルCrystal structure of GITRL from Bushbaby
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
キーワードIMMUNE SYSTEM / GLUCOCORTICOID-INDUCED TNF RECEPTOR LIGAND / TNFRSF18 / Structural genomics / PSI-biology / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network / IFN
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / T cell proliferation involved in immune response / regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cell surface
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Otolemur garnettii (ガーネットガラゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.847 Å
データ登録者Kumar, P.R. / Bhosle, R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of GITRL from Otolemur garnettii
著者: Kumar, P.R. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) / Atoms-to-Animals: The Immune Function Network (IFN)
履歴
登録2012年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0341
ポリマ－14,0341
非ポリマー00
水1,31573
1
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18

A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1023
ポリマ－42,1023
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
2
A: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2056
ポリマ－84,2056
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area9180 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area29340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.194, 52.194, 144.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-231-

HOH

21A-264-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by crystallographic symmetry operations

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18


分子量: 14034.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Otolemur garnettii (ガーネットガラゴ)
遺伝子: GITRL / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J3QW36*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.1M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 0.2M Sodium Chloride, 25%(w/v) PEG3350), Cryoprotection (Reservoir + 20% MPD), temperature 298K, ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (0.1M Bis-Tris-HCl pH 5.5, 0.2M Sodium Chloride, 25%(w/v) PEG3350), Cryoprotection (Reservoir + 20% MPD), temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 10736 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.85-1.884.50.731198.3
1.88-1.925.30.618198.8
1.92-1.956.30.4811100
1.95-1.997.60.4251100
1.99-2.047.70.341100
2.04-2.087.70.311199.8
2.08-2.147.80.2621100
2.14-2.197.60.2511100
2.19-2.267.80.2041100
2.26-2.337.80.1951100
2.33-2.417.70.168199.8
2.41-2.517.70.1521100
2.51-2.637.70.1291100
2.63-2.767.70.115199.8
2.76-2.947.60.097199.6
2.94-3.167.60.0791100
3.16-3.487.30.074199.8
3.48-3.997.40.0641100
3.99-5.027.30.052199.5
5.02-506.80.049197.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q1M

2q1m


解像度: 1.847→43.146 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 514 4.8 %
Rwork0.2074 --
obs0.209 10699 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.6143 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.847→43.146 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数905 0 0 73 978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1211269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.453343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8471-2.0330.30951200.24292449X-RAY DIFFRACTION99
2.033-2.32710.2981400.21642469X-RAY DIFFRACTION100
2.3271-2.93180.24681380.222528X-RAY DIFFRACTION100
2.9318-43.15750.2091160.19382739X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91840.77350.32059.0945-5.26276.5613-0.1171-0.16810.39250.480.01880.303-0.3072-0.17090.01430.31810.04180.00220.2466-0.0380.3685-13.54-3.1185-9.8091
24.14990.52840.6942.2601-0.29592.34270.0145-0.02560.15210.1613-0.0215-0.2406-0.0820.26810.06670.2213-0.00460.02370.2301-0.02170.2849-12.0328-9.8625-13.741
34.3694-4.05624.68824.8396-4.54546.64560.34680.4115-0.177-0.4514-0.2160.13090.42890.2318-0.17970.275-0.01330.01040.2769-0.05280.323-16.0452-11.5652-24.9679
44.6343-0.74530.88354.23390.16853.5491-0.08540.51840.3879-0.5044-0.0926-0.3061-0.28580.21020.08680.2336-0.0539-0.01020.26780.04320.2735-13.0415-5.4672-20.5477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 121 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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