PDB-4g1g: Crystal structure of Newcastle disease virus matrix protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g1g

タイトル

Crystal structure of Newcastle disease virus matrix protein

要素

Matrix protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Beta strand / Virus assembly / Membrane / Virus

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / structural constituent of virion / viral envelope / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Newcastle disease virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Meng, G. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure and assembly of a paramyxovirus matrix protein.
著者: Anthony J Battisti / Geng Meng / Dennis C Winkler / Lori W McGinnes / Pavel Plevka / Alasdair C Steven / Trudy G Morrison / Michael G Rossmann /

要旨: Many pleomorphic, lipid-enveloped viruses encode matrix proteins that direct their assembly and budding, but the mechanism of this process is unclear. We have combined X-ray crystallography and ...

履歴

登録	2012年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月22日	Group: Database references
改定 1.2	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g1g.cif.gz	269.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g1g.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4g1g_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4g1g_full_validation.pdf.gz	462.2 KB	表示
XML形式データ	4g1g_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	4g1g_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g1/4g1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5448C 4g1lC 4g1oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3src-d 4k2g-d 3gp8-d 1or0-1 1or0-2 4bq3-4 2ae4-d 4e57-2 1jw0-d 6c90-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Matrix protein

B: Matrix protein

79.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.845, 112.047, 141.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Matrix protein 分子量: 39799.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Newcastle disease virus (ウイルス) 株: Chicken/Australia-Victoria/32 / 遺伝子: M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11206
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350, Tris-Cl, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 38782 / Num. obs: 38781 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 13.541 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27	1920	5 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.22	36499	98.92 %	-
all	-	3700	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.31 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5213	0	0	208	5421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	5305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.994	1.979	7186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.805	5	677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.604	23.459	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.827	15	955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.418	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3803

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	131	-
R_work	0.233	2393	-
obs	-	-	96.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7134	-0.0094	1.9235	2.607	2.0221	9.9338	0.2405	-0.1778	-0.3514	0.0327	0.1769	0.6853	0.003	-0.4588	-0.4174	0.1743	-0.0302	-0.0884	0.0883	0.1193	0.3526	29.299	24.1651	108.5629
2	7.7092	-3.0242	0.8241	7.6729	-1.0363	6.1835	0.0891	-0.3025	0.1369	0.1326	0.1156	0.3102	-0.4128	-0.3695	-0.2047	0.2646	-0.0612	0.0536	0.2114	0.0038	0.1159	37.9038	19.9852	118.3839
3	0.7657	0.0295	0.4775	1.2284	-0.8631	1.986	0.0673	-0.1257	0.1096	0.104	-0.0184	0.0246	-0.0843	-0.0716	-0.0489	0.1104	0.0067	0.0157	0.0715	-0.0209	0.0882	43.8464	30.7874	112.4461
4	4.8481	-1.2284	3.5339	6.5355	-4.2241	11.8808	0.3581	-0.1605	-0.0976	0.5502	-0.1794	-0.2645	0.141	0.4553	-0.1787	0.1637	-0.0421	-0.1133	0.1039	-0.0083	0.1111	53.2307	33.4164	118.2453
5	0.3962	0.1449	0.1598	2.0838	-1.0124	2.0645	-0.0063	0.0067	0.0388	0.1267	-0.0495	-0.1127	-0.0356	0.1173	0.0558	0.0843	0.0054	0.0329	0.098	-0.0102	0.0967	43.9308	28.7429	107.962
6	3.1088	-0.3652	-0.647	1.1205	0.1909	2.5659	-0.0475	-0.0545	-0.0476	0.0583	-0.0058	0.0197	0.1158	-0.0935	0.0533	0.1641	-0.0313	-0.0028	0.0907	0.0303	0.1301	44.1771	9.1116	95.6062
7	8.1704	-2.0321	-16.0559	1.3368	3.2638	35.0391	-0.5715	0.4036	-0.6052	-0.4964	-0.2826	-0.0988	1.2051	-0.0585	0.8541	0.5938	0.0088	0.3168	0.175	-0.0907	0.2221	56.8494	-7.6193	90.1841
8	0.6501	-0.2528	-0.3753	1.0563	0.0947	1.1932	-0.0357	-0.0291	-0.0751	0.088	0.0095	0.0266	0.1514	0.0382	0.0262	0.0917	-0.0178	0.0056	0.0703	0.0099	0.0949	47.1409	8.1535	101.2517
9	2.5726	0.5446	-0.4536	1.9078	-0.4335	2.9334	0.0704	0.1234	0.097	-0.0288	0.0183	0.1725	-0.1653	-0.1368	-0.0887	0.1435	0.0407	-0.002	0.1307	-0.007	0.1484	26.6134	27.7913	78.1834
10	3.2617	0.1576	-0.815	2.6073	-0.8501	3.8905	0.1955	0.0885	-0.0178	0.2586	-0.0648	0.2541	-0.1897	-0.1273	-0.1307	0.17	0.0428	-0.0226	0.1966	-0.0354	0.1909	34.9465	20.3606	77.0097
11	2.749	0.553	-1.0532	1.161	-1.221	2.3821	-0.0486	0.1942	-0.289	-0.1509	0.0573	0.0152	0.1988	-0.3099	-0.0087	0.1096	-0.0238	-0.0017	0.0879	-0.0403	0.0993	31.899	19.6863	73.943
12	0.5646	-0.5563	0.3978	1.125	-0.7493	1.2725	0.0569	0.0872	-0.0545	-0.1909	-0.06	-0.0375	0.1411	0.0794	0.0031	0.0978	-0.0106	0.0042	0.1047	-0.009	0.0708	40.6967	17.0392	77.7138
13	1.5722	0.5026	0.6559	1.5388	0.5688	1.3802	-0.0246	-0.0414	0.0043	-0.1271	0.0131	0.0148	-0.0165	0.0192	0.0115	0.1632	0.0284	0.015	0.0858	0.0189	0.1351	42.1259	39.4435	90.5105
14	5.3865	3.9876	3.124	6.9277	4.4047	5.064	-0.3069	-0.1629	0.4512	-0.3559	0.2686	-0.3179	-0.6786	0.2576	0.0382	0.1437	-0.0057	0.0129	0.0742	-0.0367	0.2006	53.3486	55.3882	89.972
15	2.6907	1.651	-0.3742	2.7644	-0.3238	1.8579	-0.0789	0.1122	0.1128	-0.1707	0.0454	-0.1352	-0.1515	0.1744	0.0335	0.1294	0.0041	0.0313	0.0825	-0.011	0.0746	45.086	38.5626	83.0512
16	0.7553	0.6664	0.3624	2.0872	0.5689	0.9041	-0.1537	0.0912	0.1128	-0.2686	0.0608	0.1425	-0.2648	-0.0305	0.093	0.1165	0.0098	0.0214	0.0842	0.014	0.1195	40.1863	43.1393	87.4485

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	131 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	148 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	186 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	248 - 264
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	265 - 363
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	8 - 53
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	54 - 75
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	76 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	109 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	183 - 245
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	246 - 271
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	272 - 321
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	322 - 364

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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