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- PDB-4g10: LigG from Sphingobium sp. SYK-6 is related to the glutathione tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g10
タイトルLigG from Sphingobium sp. SYK-6 is related to the glutathione transferase omega class
要素Glutathione S-transferase homolog
キーワードTRANSFERASE / Thioredoxin Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Meux, E. / Prosper, P. / Masai, E. / Mulliert Carlin, G. / Dumarcay, S. / Morel, M. / Didierjean, C. / Gelhaye, E. / Favier, F.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Sphingobium sp. SYK-6 LigG involved in lignin degradation is structurally and biochemically related to the glutathione transferase omega class.
著者: Meux, E. / Prosper, P. / Masai, E. / Mulliert, G. / Dumarcay, S. / Morel, M. / Didierjean, C. / Gelhaye, E. / Favier, F.
履歴
登録2012年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2034
ポリマ－30,7411
非ポリマー4623
水6,774376
1
A: Glutathione S-transferase homolog
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4068
ポリマ－61,4812
非ポリマー9256
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.801, 56.801, 183.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase homolog


分子量: 30740.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
株: SYK-6 / 遺伝子: ligG / プラスミド: pET-21 (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXJ9
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 4.6
詳細: 1.5 microliters protein (19 mg/mL) + 1.5 microliters (0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% polyethylene glycol 4000), Microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.98007, 0.98020, 0.97856
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.980071
20.98021
30.978561
反射解像度: 1.2→54.267 Å / Num. all: 95039 / Num. obs: 93417 / % possible obs: 98.29 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-NEMOデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1065)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→40.164 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1547 4678 5.01 %RANDOM
Rwork0.1396 ---
obs0.1404 93399 98.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→40.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 29 376 2520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112318
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4433155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.284886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.21410.19531480.18262725X-RAY DIFFRACTION93
1.2141-1.22840.19451520.16462865X-RAY DIFFRACTION97
1.2284-1.24340.18241640.15792848X-RAY DIFFRACTION97
1.2434-1.25910.20391360.15642920X-RAY DIFFRACTION98
1.2591-1.27570.18321490.14822865X-RAY DIFFRACTION97
1.2757-1.29320.18091310.14792941X-RAY DIFFRACTION97
1.2932-1.31160.18621580.14092876X-RAY DIFFRACTION98
1.3116-1.33120.16561620.13542863X-RAY DIFFRACTION98
1.3312-1.3520.17631310.13332955X-RAY DIFFRACTION98
1.352-1.37420.15291180.12952921X-RAY DIFFRACTION98
1.3742-1.39790.14851580.11982904X-RAY DIFFRACTION98
1.3979-1.42330.14691750.11872913X-RAY DIFFRACTION98
1.4233-1.45070.13071570.11422931X-RAY DIFFRACTION98
1.4507-1.48030.14111620.11282903X-RAY DIFFRACTION99
1.4803-1.51250.13081560.10862959X-RAY DIFFRACTION99
1.5125-1.54770.14371450.11012944X-RAY DIFFRACTION99
1.5477-1.58640.14481330.1092980X-RAY DIFFRACTION99
1.5864-1.62930.14551500.112969X-RAY DIFFRACTION99
1.6293-1.67720.12671710.11562950X-RAY DIFFRACTION99
1.6772-1.73130.14541540.11822971X-RAY DIFFRACTION99
1.7313-1.79320.1471710.12342958X-RAY DIFFRACTION99
1.7932-1.8650.14711700.12622974X-RAY DIFFRACTION99
1.865-1.94990.15971710.12863000X-RAY DIFFRACTION99
1.9499-2.05270.1451610.13273005X-RAY DIFFRACTION100
2.0527-2.18130.16041570.12823039X-RAY DIFFRACTION100
2.1813-2.34970.13691620.12733049X-RAY DIFFRACTION100
2.3497-2.58610.14041510.1393072X-RAY DIFFRACTION100
2.5861-2.96020.15821570.15393092X-RAY DIFFRACTION100
2.9602-3.72920.16041990.15113093X-RAY DIFFRACTION100
3.7292-40.1640.16481690.17853236X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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