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- PDB-4g0q: Crystal structure of Arabidopsis thaliana AGO1 MID domain in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g0q
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana AGO1 MID domain in complex with CMP
要素Protein argonaute 1
キーワードGENE REGULATION / MID domain / small RNA 5' nucleotide recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / post-transcriptional gene silencing / response to auxin ...adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / post-transcriptional gene silencing / response to auxin / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA binding / miRNA binding / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / single-stranded RNA binding / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / innate immune response / mRNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Argonaut, glycine-rich domain / Glycine-rich region of argonaut / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 ...Argonaut, glycine-rich domain / Glycine-rich region of argonaut / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Protein argonaute 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Frank, F. / Hauver, J. / Sonenberg, N. / Nagar, B.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2012
タイトル: Arabidopsis Argonaute MID domains use their nucleotide specificity loop to sort small RNAs.
著者: Frank, F. / Hauver, J. / Sonenberg, N. / Nagar, B.
履歴
登録2012年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22012年9月12日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7622
ポリマ－16,4391
非ポリマー3231
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.103, 60.861, 69.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute 1


分子量: 16439.156 Da / 分子数: 1 / 断片: MID domain, UNP residues 593-738 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AGO1, At1g48410, F11A17.3, T1N15.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O04379
#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M citric acid, 2 M ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月4日
放射モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30.431 Å / Num. all: 25330 / Num. obs: 25305 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.5_2位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→30.431 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 647 4.42 %random
Rwork0.1842 ---
obs0.1855 14651 96.48 %-
all-15186 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.735 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2187 Å2-0 Å2-0 Å2
2---8.9119 Å20 Å2
3----0.3068 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.431 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1146 0 21 131 1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061197
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.961623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.208488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.93490.2671250.2182599X-RAY DIFFRACTION91
1.9349-2.12950.25311190.18412751X-RAY DIFFRACTION97
2.1295-2.43760.22481280.172796X-RAY DIFFRACTION97
2.4376-3.07060.22241360.1762833X-RAY DIFFRACTION98
3.0706-30.4310.18781390.18463025X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4553 Å / Origin y: 35.1399 Å / Origin z: 44.4934 Å
111213212223313233
T0.1429 Å20.0062 Å20.017 Å2-0.1564 Å20.0007 Å2--0.1328 Å2
L0.2982 °2-0.0858 °2-0.2428 °2-1.7972 °2-0.3909 °2--0.4852 °2
S0.0297 Å °0.0345 Å °-0.0002 Å °0.0294 Å °-0.0224 Å °0.0861 Å °0.0276 Å °0.0526 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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