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- PDB-4fz0: Crystal structure of acid-sensing ion channel in complex with psa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fz0
タイトルCrystal structure of acid-sensing ion channel in complex with psalmotoxin 1 at low pH
要素
  • Acid-sensing ion channel 1
  • Pi-theraphotoxin-Pc1a
キーワードTRANSPORT PROTEIN / inhibitor cystine knot
機能・相同性
機能・相同性情報


pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / toxin activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel ...Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Psalmotoxin-1 / Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Psalmopoeus cambridgei (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Baconguis, I. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural plasticity and dynamic selectivity of acid-sensing ion channel-spider toxin complexes.
著者: Baconguis, I. / Gouaux, E.
履歴
登録2012年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-sensing ion channel 1
B: Acid-sensing ion channel 1
C: Acid-sensing ion channel 1
M: Pi-theraphotoxin-Pc1a
N: Pi-theraphotoxin-Pc1a
O: Pi-theraphotoxin-Pc1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,49516
ポリマ－168,0996
非ポリマー1,39710
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)232.290, 108.710, 126.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 72:135 or resseq 138:153 or resseq...
211chain B and (resseq 72:135 or resseq 138:153 or resseq...
311chain C and (resseq 72:135 or resseq 138:153 or resseq...
112chain M and (resseq 2:38 )
212chain N and (resseq 2:38 )
312chain O and (resseq 2:38 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 11分子 ABCMNO

#1: タンパク質 Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal


分子量: 51327.352 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 13-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q1XA76
#2: タンパク質・ペプチド Pi-theraphotoxin-Pc1a / Pi-TRTX-Pc1a / PcTx1 / Psalmotoxin-1


分子量: 4705.513 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-40 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct / 由来: (合成) Psalmopoeus cambridgei (クモ) / 参照: UniProt: P60514
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 149分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Sodium Acetate, 9-12% PEG 2000 MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 67877 / Num. obs: 63727 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→38.373 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 3195 5.01 %
Rwork0.202 --
obs0.2035 63727 93.2 %
all-67877 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.269 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.6589 Å2-0 Å2-15.3081 Å2
2---12.4711 Å2-0 Å2
3----4.7488 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10328 0 85 144 10557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1214471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4023879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051898
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2721X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.082
13C2713X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
21M284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22N284X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.107
23O293X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.026
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7849-2.82640.3256710.30021869X-RAY DIFFRACTION67
2.8264-2.87060.29881040.28492280X-RAY DIFFRACTION80
2.8706-2.91760.3611300.28932309X-RAY DIFFRACTION82
2.9176-2.96790.35341130.27382392X-RAY DIFFRACTION84
2.9679-3.02190.27631460.26042406X-RAY DIFFRACTION87
3.0219-3.080.27631390.25662492X-RAY DIFFRACTION89
3.08-3.14280.28661390.24282604X-RAY DIFFRACTION92
3.1428-3.21110.26411330.23342568X-RAY DIFFRACTION92
3.2111-3.28580.28331550.22412632X-RAY DIFFRACTION94
3.2858-3.36790.24611220.20792688X-RAY DIFFRACTION95
3.3679-3.45890.26151510.20532710X-RAY DIFFRACTION96
3.4589-3.56060.23761520.20472726X-RAY DIFFRACTION97
3.5606-3.67540.21681580.18522730X-RAY DIFFRACTION98
3.6754-3.80670.21581530.19242768X-RAY DIFFRACTION98
3.8067-3.9590.20121390.17992771X-RAY DIFFRACTION98
3.959-4.13890.17131270.16352813X-RAY DIFFRACTION99
4.1389-4.35690.17011560.15822801X-RAY DIFFRACTION99
4.3569-4.62940.1591470.15072806X-RAY DIFFRACTION99
4.6294-4.98610.17791550.1582806X-RAY DIFFRACTION99
4.9861-5.48660.23871600.18942806X-RAY DIFFRACTION99
5.4866-6.27760.25031420.2062827X-RAY DIFFRACTION99
6.2776-7.89770.25261670.22312837X-RAY DIFFRACTION100
7.8977-38.37680.26981360.23322891X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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