PDB-4fw1: Crystal structure of two-domain RSV INTEGRASE covalently linked w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fw1

タイトル

Crystal structure of two-domain RSV INTEGRASE covalently linked with DNA

要素

Integrase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの ...
類似検索 - 分子機能

Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
著者: Shi, K. / Pandey, K.K. / Bera, S. / Vora, A.C. / Grandgenett, D.P. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fw1.cif.gz	189.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fw1.ent.gz	153.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fw1_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fw1_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	4fw1_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	4fw1_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/4fw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fw2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tbk-7 3qc0-1 6tbi-2 6tbj-8 3mjo-d 4d1j-2 1b73-1 3ojc-3 2pwz-1 2x0j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.800, 67.480, 126.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Integrase / RSV integrase / IN / pp32 分子量: 24750.496 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1329-1580 / 変異: S124D, C125A, E157C, R166K, F199K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rous sarcoma virus (ラウス肉腫ウイルス) 株: Prague C / 遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03354
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 5% Ethanol, 10% PEG4,000, 100mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→46 Å / Num. obs: 39849 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.86→35.77 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	1994	5 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.175	39848	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.12 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6325 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.9779 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.3455 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→35.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3361	0	0	240	3601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	4722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.379	1283
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	594

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.86-1.9076	0.3746	114	0.3135	2564	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9076-1.9591	0.2907	139	0.2559	2671	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9591-2.0168	0.2821	156	0.2146	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0168-2.0819	0.2555	139	0.1964	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0819-2.1563	0.232	129	0.1739	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1563-2.2426	0.2424	163	0.1656	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2426-2.3447	0.2319	128	0.1695	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3447-2.4682	0.2192	137	0.1751	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4682-2.6228	0.2212	138	0.1662	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6228-2.8253	0.2164	147	0.168	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8253-3.1094	0.2432	138	0.1714	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1094-3.559	0.2385	143	0.1731	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.559-4.4826	0.1796	150	0.1456	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4826-35.771	0.2039	173	0.1791	2837	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0294	-1.1159	1.7873	4.4662	-4.4118	4.4158	0.1561	-0.4939	-0.141	0.8893	-0.2613	-0.4306	-0.3409	-0.1394	-0.0447	0.3445	-0.0796	-0.0165	0.2295	0.0255	0.2608	-5.3132	6.6599	0.6537
2	4.1994	2.2069	-0.1364	2.7702	-0.6526	1.6826	0.1209	-0.1501	-0.2302	0.1655	-0.1395	-0.2696	-0.0427	0.1515	0.0163	0.1492	0.0088	-0.015	0.1711	0.0081	0.1788	8.421	15.114	-6.8124
3	3.0525	0.4826	-0.6339	2.3789	0.5743	2.2287	0.1522	-0.0312	0.2376	0.1103	0.0428	-0.0725	-0.2531	-0.0155	-0.2329	0.1927	-0.015	0.0182	0.1611	-0.0018	0.1533	6.2277	23.2565	-7.826
4	0.3718	0.9963	-0.2	4.8965	-2.7374	2.2619	0.1786	-0.1659	0.1599	0.1074	-0.2164	0.5171	-0.0941	-0.407	0.0068	0.1311	-0.0269	0.0378	0.1967	-0.0249	0.1346	-5.6525	17.1028	-7.3652
5	2.8969	2.4488	1.6418	8.4709	5.4518	5.1779	0.1859	-1.0919	-0.1432	1.3233	0.1151	-0.9949	-0.3964	0.3925	-0.0284	0.3166	-0.094	-0.0088	0.3068	0.018	0.2085	4.4594	17.9551	4.6688
6	4.8635	-3.1452	-0.2202	6.7193	-1.1096	3.1515	0.1774	-0.8584	0.857	1.2844	-0.1208	-0.2807	-0.3167	0.0419	-0.0402	0.3721	-0.0933	0.0465	0.3146	-0.064	0.2599	6.2732	26.0251	3.5097
7	3.5315	3.2685	0.5841	4.4479	3.7279	7.3541	0.4929	-0.3673	1.2225	0.3235	-0.3673	0.7097	-0.7508	-0.1739	-0.1646	0.2701	-0.0371	0.0957	0.2502	-0.08	0.3716	-3.7902	28.0281	0.3758
8	2.2465	-0.6565	2.1157	7.3138	-1.6728	2.1722	0.3981	-0.1576	-0.1455	0.7177	-0.4158	-0.1524	0.4168	0.1166	-0.1535	0.3132	-0.0512	0.0792	0.2893	-0.015	0.2419	-0.7607	19.0281	5.6617
9	5.0751	-2.0695	-5.1074	3.8739	2.2683	5.1572	-0.0692	-0.2245	-0.6517	0.3339	0.1712	-0.2761	0.6555	0.0785	-0.1636	0.26	-0.012	-0.0448	0.2386	0.0406	0.3349	10.1877	7.3859	-4.2296
10	2.8846	1.7811	0.4178	1.1818	0.9817	6.7444	0.2318	-0.2098	-1.0296	0.103	0.2585	-1.2468	0.7631	1.2035	-0.0334	0.1135	0.1004	-0.0352	0.1882	-0.0124	0.4868	16.1959	7.7005	-13.1504
11	4.345	4.6034	0.4096	6.4977	-2.955	8.8742	-0.0048	0.6578	-0.698	-1.1588	0.1612	-1.3142	-0.5482	1.2426	-0.2307	0.3965	0.0344	0.2061	0.4743	-0.1238	0.4202	19.096	7.9236	-21.5465
12	4.3712	2.7417	-1.2507	3.9283	-1.241	2.0255	-0.2323	0.4323	-0.1433	-0.4659	0.3674	-0.4355	-0.0417	0.2834	-0.0892	0.1834	-0.0365	0.0609	0.2911	-0.0555	0.195	12.9169	13.2574	-19.687
13	2.8556	3.7788	-0.5091	5.0216	-1.0482	7.8799	0.5448	-0.2421	-1.407	0.2858	-0.1408	-0.6929	1.9298	0.9998	-0.3224	0.7862	0.0106	-0.0913	0.6081	-0.335	1.3456	3.57	-2.9274	-12.2344
14	6.663	-2.4584	-2.2819	1.3428	0.2794	2.4728	-0.6824	0.9404	-2.0978	-1.0893	-0.0587	0.7722	1.0384	-0.5002	0.6226	0.3254	-0.0988	0.0242	0.2416	-0.1067	0.4518	-3.0071	1.476	-13.1965
15	3.6668	2.634	-2.8418	5.867	-5.1426	8.0225	-0.4495	0.6007	-0.0637	-0.472	0.3832	0.0235	0.5385	-0.4887	0.0301	0.152	-0.0445	0.0372	0.1913	0.0078	0.2194	-9.9553	1.9447	-7.0196
16	5.2123	2.131	4.8067	4.6572	1.0176	4.6742	-0.1661	-0.5158	0.1525	0.8032	0.1851	0.0777	0.0894	-0.3933	0.0629	0.2865	0.0452	0.0265	0.2511	-0.0209	0.2392	-10.144	-8.4818	10.9149
17	2.0767	2.1052	2.4083	4.187	3.0632	7.3515	0.3009	-0.5339	0.1881	0.4047	0.3162	-0.2508	-0.0026	0.1662	-0.4223	1.0271	0.1342	-0.4713	1.124	0.0327	0.8875	0.2343	-6.8323	23.1049
18	4.3374	-1.9985	-0.7283	4.797	0.7617	5.8554	-0.1113	-0.5392	-0.0672	0.5349	0.0997	-0.5784	0.4084	0.7386	0.1196	0.2501	0.0405	-0.0422	0.3132	-0.0008	0.2497	-4.3987	-5.8539	10.1533
19	7.684	1.1066	-3.1163	6.9009	-0.9465	6.469	0.1309	-0.2895	0.5253	0.6789	0.2168	0.2547	-0.1454	-0.2601	-0.3953	0.2603	-0.0059	0.0159	0.3272	-0.0201	0.2254	-9.239	0.0272	12.8699
20	3.5983	3.7947	2.0202	4.3976	2.6668	2.4131	0.5837	-0.1136	-0.6002	1.5942	-0.0043	-1.1289	0.3706	0.5974	-0.4374	0.3583	0.0355	-0.0999	0.3359	0.0571	0.5312	-2.6065	-11.161	12.5889
21	4.6122	3.0303	-4.8229	6.9733	-3.196	5.0476	-0.3437	0.9411	-0.3848	-0.6867	0.7353	1.0028	0.6931	-0.9198	-0.1832	0.3248	-0.1032	-0.0695	0.2736	0.016	0.3045	-9.1865	8.0023	-29.5773
22	0.774	0.5574	0.2734	3.327	3.9973	5.1316	0.0898	0.1818	0.0681	-0.6743	0.2559	-0.0508	-0.6082	0.1162	-0.3376	0.3332	-0.0319	0.0408	0.2068	0.0057	0.2325	-1.4434	29.8235	-26.9942
23	2.2792	0.5106	-0.3518	2.9767	-0.2572	2.7235	0.1082	-0.0358	0.0645	-0.3123	0.1543	-0.0019	-0.2454	-0.0942	-0.2366	0.2049	-0.0145	0.0219	0.1969	-0.0271	0.1715	-4.0848	21.4905	-25.9316
24	6.1579	-2.5602	0.6636	3.8616	-2.9623	2.7727	0.4841	0.0762	0.4849	-0.1872	-0.4371	-0.7335	-0.9414	0.2352	-0.2243	0.3622	-0.0589	0.1089	0.2311	-0.0754	0.2336	8.1411	22.6432	-30.2486
25	2.052	0.7452	-0.2226	3.4743	-0.5595	4.8003	-0.0639	-0.109	-0.1074	-0.2678	0.1715	-0.1185	-0.0545	-0.2059	-0.1135	0.1708	-0.022	0.0093	0.2049	-0.0247	0.1525	-0.8225	12.1983	-27.763
26	2.1566	-1.0737	1.6268	2.4519	1.5958	6.3021	0.0668	0.7365	0.4094	-1.1188	0.2086	-0.1903	-0.5409	0.1052	-0.3304	0.5258	-0.068	0.055	0.3831	0.042	0.2207	3.0124	21.2258	-39.8915
27	5.5138	2.7684	-0.8636	2.9288	-2.5856	3.3402	-0.1782	0.3622	-0.2803	-0.1337	0.3733	-0.8802	0.051	0.1934	-0.1932	0.3788	-0.025	0.0683	0.2231	-0.0653	0.2229	8.9894	11.1985	-34.7756
28	6.0685	-0.7459	-1.8742	3.4954	0.3507	1.7333	-0.1144	0.2533	1.1575	-1.1562	0.017	0.6289	-0.2745	-1.1082	0.0773	0.5923	0.078	-0.2055	0.4192	-0.0723	0.4899	-5.9027	17.257	-39.7619
29	4.2013	-0.3753	-0.7387	4.3902	3.9467	4.0941	-0.1607	0.2327	0.2302	-0.8888	-0.2314	1.2993	-0.5597	-0.7716	0.3676	0.3491	0.0434	-0.1025	0.2671	0.0664	0.3578	-11.551	27.7172	-25.1736
30	1.7208	-1.8119	-2.6896	3.9324	2.8792	4.2073	0.0198	-0.399	0.3197	-0.0241	0.0168	0.2159	-0.1787	0.0969	-0.1321	0.2052	0.1894	0.3404	0.2739	-0.2993	0.5345	-7.9377	37.6785	-13.0766
31	2.1009	-2.5657	0.6289	3.1634	-1.1123	6.9091	0.0957	0.0588	1.5325	-0.1954	-0.0706	-0.39	-0.9113	-0.1671	-0.0095	0.4159	-0.0191	0.0709	0.1699	-0.0082	0.5089	-1.3081	39.2851	-17.3433
32	9.8604	6.9192	1.1582	9.53	1.0409	2.9793	0.1216	-0.3208	0.5119	0.3786	-0.156	0.2943	-0.1342	-0.2401	0.1144	0.1687	0.0324	0.0173	0.1768	0.0106	0.2064	-6.1436	24.9267	-14.6839
33	4.4784	3.3098	-2.8815	4.3471	0.1807	4.6569	0.0987	-0.406	-0.6773	0.0925	-0.2753	1.4309	0.0683	-1.7616	0.2747	0.2382	0.0064	-0.0106	0.7501	0.1442	0.7712	-21.5126	17.5381	-19.8723
34	3.5882	-3.3101	-1.3326	3.7411	0.6557	2.3212	-0.3018	0.1055	0.0122	0.3664	-0.0942	1.2861	0.2862	-0.8878	0.3747	0.2031	-0.06	0.0085	0.3649	0.0151	0.3615	-16.0692	11.9542	-18.2942
35	3.3015	2.0431	-1.7425	3.4565	0.4442	1.9737	-0.1525	0.5072	0.0926	-0.3247	0.6552	0.7228	0.4742	-0.6232	-0.4031	0.1314	-0.0614	-0.0047	0.261	0.013	0.2229	-13.0397	3.6859	-13.6495
36	1.6945	1.247	0.4498	2.1212	-1.6809	3.6039	-0.143	-0.0403	0.1911	-0.4841	-0.2131	0.1701	0.7794	-0.5557	0.2041	0.4987	-0.0965	0.1294	0.27	-0.1115	0.3769	-11.3658	-17.6923	-5.9142
37	0.4236	-0.6738	0.5266	3.0506	-2.3325	1.7849	0.1889	-0.1074	-0.6774	0.2396	0.0063	0.4057	0.5648	-0.2343	-0.027	1.3534	-0.4458	0.4458	0.2656	-0.111	0.8863	-12.7349	-29.8207	-2.6442
38	6.5095	0.6175	0.3674	6.1711	0.7538	2.5005	-0.3359	0.0871	-0.0614	-0.4663	0.0432	-0.0579	0.6685	-0.4194	0.3831	0.2718	-0.0719	0.0806	0.2639	-0.0951	0.294	-10.2541	-15.6676	-1.4412
39	2.0309	1.6494	1.2094	3.4941	0.9525	5.8014	-0.3951	0.178	-0.7867	-0.056	0.0017	0.4901	0.2995	-1.0308	0.3484	0.219	-0.0277	0.0764	0.4	-0.0735	0.4473	-15.1273	-15.7409	1.5823
40	5.0233	-0.9468	3.4981	2.909	-1.2548	6.5046	0.1334	0.4378	-0.155	0.1482	-0.1158	0.1232	-0.0332	0.4313	-0.0273	0.4129	-0.034	0.1286	0.3029	-0.0732	0.3657	-6.5777	-21.3488	-4.236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 52:58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 59:87)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 88:105)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 106:117)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 118:122)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 123:128)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 129:139)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 140:145)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 154:163)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 164:168)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 169:175)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 176:198)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 199:205)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 206:210)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 211:219)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 220:226)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 227:232)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 233:249)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 250:261)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 262:269)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 54:61)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 62:74)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 75:94)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 95:103)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 104:120)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 121:127)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 128:139)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 140:154)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 155:170)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 171:176)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 177:182)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 183:199)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 200:205)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 206:211)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 212:219)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 220:227)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 228:233)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 234:244)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 245:259)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 260:269)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)