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- PDB-4fvu: Structural basis for the dsRNA specificity of the Lassa virus NP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fvu
タイトルStructural basis for the dsRNA specificity of the Lassa virus NP exonuclease
要素
  • Nucleoprotein
  • RNA (5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
キーワードHYDROLASE/RNA / arenavirus / nucleoprotein / dsRNA / exonuclease / HYDROLASE / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arenaviral nucleoprotein, C-terminal domain / Nucleocapsid protein, arenaviridae / Nucleocapsid, N-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal, Arenaviridae / Nucleocapsid, C-terminal superfamily / Arenavirus nucleocapsid N-terminal domain / Arenavirus nucleocapsid C-terminal domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / WD40 repeat / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus Josiah (ウイルス)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Hastie, K.M. / King, L.B. / Zandonatti, M.A. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the dsRNA Specificity of the Lassa Virus NP Exonuclease.
著者: Hastie, K.M. / King, L.B. / Zandonatti, M.A. / Saphire, E.O.
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3855
ポリマ－32,2953
非ポリマー902
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.772, 84.311, 79.809
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 27212.068 Da / 分子数: 1 / 変異: E391A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus Josiah (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: N / プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: P13699

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RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2684.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA synthesized by IDT DNA / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*CP*CP*CP*UP*CP*C)-3')


分子量: 2398.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA synthesized by IDT DNA / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2 hexahydrate and 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月25日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→39.904 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→39.904 Å / SU ML: 0.92 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 334 4.75 %
Rwork0.197 --
obs0.1996 7030 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.611 Å2 / ksol: 0.293 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--26.3252 Å20 Å2-0 Å2
2--47.7901 Å20 Å2
3----21.4649 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→39.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1560 336 2 4 1902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.332742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.837752
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005296
LS精密化 シェル解像度: 2.9102→3.6661 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3626 170 -
Rwork0.2371 3263 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.542 Å / Origin y: -19.5742 Å / Origin z: -21.2741 Å
111213212223313233
T0.4536 Å20.0633 Å20.017 Å2-0.5337 Å2-0.0342 Å2--0.4738 Å2
L2.8511 °2-0.2197 °20.8938 °2-1.7933 °20.1077 °2--2.2557 °2
S-0.0602 Å °-0.1345 Å °-0.0828 Å °0.1929 Å °0.0076 Å °0.1411 Å °-0.0884 Å °-0.2129 Å °0.0624 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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