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- PDB-4fvs: Crystal structure of a putative lipoprotein (BDI_3050) from Parab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fvs
タイトルCrystal structure of a putative lipoprotein (BDI_3050) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.70 A resolution
要素putative lipoprotein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Putative exported protein with YMCC-like fold / DUF 3108 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性YmcC-like fold - #20 / : / DUF3108-like / YmcC-like fold / Beta Barrel / Mainly Beta / DUF3108 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative lipoprotein (BDI_3050) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative lipoprotein
B: putative lipoprotein
C: putative lipoprotein
D: putative lipoprotein
E: putative lipoprotein
F: putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,33510
ポリマ－148,1936
非ポリマー1424
水4,306239
1
A: putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6991
ポリマ－24,6991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6991
ポリマ－24,6991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7703
ポリマ－24,6991
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7342
ポリマ－24,6991
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: putative lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6991
ポリマ－24,6991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7342
ポリマ－24,6991
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)140.860, 154.510, 72.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
putative lipoprotein


分子量: 24698.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア)
株: ATCC 8503 / 遺伝子: BDI_3050 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6LGE3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (21-234) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (21-234) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 20.0% polyethylene glycol 8000, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9785,0.9792,0.91162
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月3日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.97921
30.911621
反射解像度: 2.7→29.83 Å / Num. all: 44235 / Num. obs: 44235 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.773.70.6641.11187132140.66499.9
2.77-2.853.70.5071.51167431400.50799.7
2.85-2.933.70.3971.91136630590.39799.7
2.93-3.023.70.3262.31103529740.32699.9
3.02-3.123.70.2423.11072628830.24299.8
3.12-3.233.70.1884.11040527930.18899.8
3.23-3.353.70.1335.71008127100.13399.8
3.35-3.493.70.1017.4960126000.10199.9
3.49-3.643.70.0838.9933125170.08399.9
3.64-3.823.70.0739.9888724090.073100
3.82-4.023.70.06511840922740.06599.9
4.02-4.273.70.05811.7800621770.058100
4.27-4.563.70.05112.8753020490.051100
4.56-4.933.70.04514.3700019110.045100
4.93-5.43.60.05212.5640417650.052100
5.4-6.043.60.06310.2582516140.06399.9
6.04-6.973.60.06310.3514014240.06399.9
6.97-8.543.60.05411.8437312240.05499.7
8.54-12.073.40.03816.933699790.03899.6
12.07-29.833.30.03617.916975190.03691.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9362 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9155 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5. CL IONS MODELED ARE PRESENT IN PROTEIN BUFFER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 2228 5.04 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1891 44186 99.74 %-
原子変位パラメータBiso max: 155.56 Å2 / Biso mean: 65.8897 Å2 / Biso min: 27.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.971 Å20 Å20 Å2
2---4.839 Å20 Å2
3----8.1319 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.402 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10264 0 4 239 10507
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4814SINUSOIDAL4
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes346HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1490HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10527HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1383SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11346SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10527HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14312HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.45
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2867 166 5.18 %
Rwork0.2298 3040 -
all0.2327 3206 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2741-1.12140.37193.217-1.71163.69080.04670.24470.1781-0.3611-0.1638-0.17940.26470.14920.1171-0.156-0.0057-0.0549-0.17060.0263-0.0583-13.756361.162524.4106
20.87080.5832-0.20453.7817-1.1252.3659-0.1798-0.1216-0.27320.0139-0.1846-0.5442-0.0160.32030.3644-0.20030.01270.0743-0.06880.11660.020915.011334.1643-0.2532
33.6862-1.5943-0.36872.362-0.67532.91620.0368-0.1445-0.39780.18270.0315-0.0553-0.22560.0411-0.0683-0.1265-0.04740.0384-0.1424-0.0237-0.0566-51.038314.5710.6342
42.13490.2442-0.82162.75210.02942.5792-0.1519-0.3040.14990.5163-0.05250.23340.0572-0.12640.2044-0.14560.05270.0136-0.10030.0534-0.0007-6.737527.157534.544
52.4530.397-0.52630.5832-0.56491.8477-0.00890.4484-0.1062-0.0422-0.03890.2015-0.0102-0.1180.0478-0.13940.02320.0796-0.03990.01480.0643-15.77099.727511.4483
63.5707-1.7711.35411.6196-1.22613.4727-0.08350.0203-0.5442-0.020.17510.5442-0.0909-0.1099-0.0916-0.25740.02290.0356-0.17940.1360.152226.642712.905845.8821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|21 - 234}A21 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2{B|21 - 234}B21 - 234
3X-RAY DIFFRACTION3{C|21 - 234}C21 - 234
4X-RAY DIFFRACTION4{D|21 - 234}D21 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5{E|22 - 234}E22 - 234
6X-RAY DIFFRACTION6{F|21 - 234}F21 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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