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- PDB-4fuo: Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fuo
タイトルStructural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in staphylococcal biofilms
要素Accumulation associated protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / hydrophilic protein / non-globular / freestanding beta sheet / intercellular adhesion / zinc dependent dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Resuscitation-promoting factor rpfb. / Resuscitation-promoting factor rpfb fold / E domain / E domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / : / YSIRK type signal peptide ...Resuscitation-promoting factor rpfb. / Resuscitation-promoting factor rpfb fold / E domain / E domain / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / : / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Accumulation associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Conrady, D.G. / Wilson, J.J. / Herr, A.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2013
タイトル: Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in staphylococcal biofilms.
著者: Conrady, D.G. / Wilson, J.J. / Herr, A.B.
履歴
登録2012年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Accumulation associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4363
ポリマ-22,3131
非ポリマー1232
2,378132
1
A: Accumulation associated protein
ヘテロ分子

A: Accumulation associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8726
ポリマ-44,6252
非ポリマー2474
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2970 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.105, 34.619, 49.369
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Accumulation associated protein


分子量: 22312.584 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2017-2223 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
: RP62A / 遺伝子: aap, SERP2398 / プラスミド: pH596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q5HKE8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.9
詳細: 0.06 M Postassium Thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.9, 28% PEG MME 2000, 2% PEG 3350, batch, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 13864 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.941 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.96-2.034.10.53710921.961175.9
2.03-2.114.70.42212831.782191.3
2.11-2.2150.35413971.729196.8
2.21-2.325.30.26614321.809198.6
2.32-2.475.50.20714281.683199.9
2.47-2.665.60.14914391.939199.8
2.66-2.935.60.09714442.114199.7
2.93-3.355.50.07614461.904199.9
3.35-4.225.40.07414692.132199.6
4.22-505.10.06314342.322194.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→25.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9291 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8999 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2574 602 5.17 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2095 11647 --
原子変位パラメータBiso max: 186.98 Å2 / Biso mean: 46.0061 Å2 / Biso min: 12.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3734 Å20 Å2-1.4179 Å2
2--4.866 Å20 Å2
3----4.4926 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→25.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1437 0 4 132 1573
拘束条件
Refine-IDタイプRestraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d637SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes216HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1473HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion208SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1638SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1473HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2020HARMONIC21.2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.16 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3382 77 5.54 %
Rwork0.2403 1312 -
all0.2454 1389 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4498-3.7555-1.53466.72618.09984.78510.18390.2356-0.80830.0375-0.2402-0.58820.0157-0.27010.0563-0.25530.0121-0.10460.92680.1507-0.33330.7687-4.0571107.3212
22.9754-0.2889-3.65951.40582.842211.1199-0.0338-0.4890.14090.02630.0254-0.0298-0.05650.94340.0084-0.3321-0.01050.0108-0.09250.0116-0.362224.6497-0.294976.5362
311.1793-6.7823-4.24423.1631.755-0.78890.0635-0.00550.11740.5022-0.143-0.0082-0.02120.01710.07950.05470.2508-0.12690.7363-0.0603-0.319538.0882-5.1839118.8304
42.4286-3.64312.15438.5201-0.97870.87170.01020.12460.42880.03640.0371-0.005-0.1711-0.0635-0.0473-0.06190.17270.01030.32250.0465-0.117438.4931-2.6855109.3138
52.1838-0.98373.18271.83754.94948.5217-0.1169-0.4495-0.10120.55930.1971-0.26210.55040.2123-0.0801-0.18590.05460.0012-0.08950.0332-0.280925.7122-2.945378.873
65.86850.71628.12640.78350.861913.5179-0.0671-0.2468-0.14770.17640.0450.2867-0.3853-0.38290.0221-0.0547-0.01990.01610.07970.0129-0.184414.2072-1.111138.3084
77.23890.14181.66872.28612.98817.4997-0.0343-0.44260.21140.18630.4446-0.31670.11970.6989-0.4103-0.165-0.0111-0.0455-0.0498-0.0706-0.133-22.9464-7.7578-15.4178
84.687-0.69445.12220.00451.29569.25960.03980.6224-0.77680.2899-0.27040.31970.5631-1.21740.23060.0104-0.1493-0.05250.4533-0.20920.17370.4103-5.115115.1609
93.3931-2.3969-2.79460.363-0.58283.0607-0.0878-0.65130.31680.14080.2513-0.09460.01870.4026-0.1635-0.21050.0217-0.0466-0.063-0.0579-0.2081-24.923-8.0798-14.7333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 11}A1 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2{A|12 - 43}A12 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3{A|44 - 51}A44 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4{A|52 - 63}A52 - 63
5X-RAY DIFFRACTION5{A|64 - 78}A64 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6{A|79 - 137}A79 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7{A|138 - 168}A138 - 168
8X-RAY DIFFRACTION8{A|169 - 194}A169 - 194
9X-RAY DIFFRACTION9{A|195 - 207}A195 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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