PDB-4fun: Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fun

タイトル

Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in staphylococcal biofilms

要素

Accumulation associated protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / hydrophilic protein / non-globular / freestanding beta sheet / intercellular adhesion / zinc dependent dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Conrady, D.G. / Wilson, J.J. / Herr, A.B.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for Zn2+-dependent intercellular adhesion in staphylococcal biofilms.
著者: Conrady, D.G. / Wilson, J.J. / Herr, A.B.

履歴

登録	2012年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fun.cif.gz	89.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fun.ent.gz	68.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fun_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fun_full_validation.pdf.gz	426.9 KB	表示
XML形式データ	4fun_validation.xml.gz	9.9 KB	表示
CIF形式データ	4fun_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/4fun	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fumC 4fuoC 4fupC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fum-1 4fup-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.034, 33.564, 83.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 122.470, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Accumulation associated protein 分子量: 22302.549 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2017-2223 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 株: RP62A / 遺伝子: aap, SERP2398 / プラスミド: pH596 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR / 参照: UniProt: Q5HKE8
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: バッチ法 / pH: 7.9 詳細: 0.06 M Postassium Thiocyanate, 0.1 M Tris pH 7.9, 28% PEG MME 2000, 2% PEG 3350, batch, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2822 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2822 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.31→50 Å / Num. obs: 9395 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 7.161 / Net I/σ(I): 20

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.31-2.39	6.9	0.275	915	2.128	1	96
2.39-2.49	7.3	0.244	917	2.388	1	96.9
2.49-2.6	7.5	0.217	927	2.699	1	97.1
2.6-2.74	7.5	0.185	928	3.491	1	97.4
2.74-2.91	7.5	0.152	922	5.126	1	97.7
2.91-3.13	7.5	0.142	936	8.169	1	97.8
3.13-3.45	7.5	0.116	950	9.818	1	98.2
3.45-3.95	7.4	0.098	939	11.694	1	98.2
3.95-4.98	7.2	0.081	969	11.688	1	99
4.98-50	7	0.078	992	13.798	1	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→46.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9169 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2578	453	4.82 %	RANDOM
R_work	0.2029	-	-	-
obs	0.2055	9395	96.95 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.29 Å² / B_iso mean: 48.2024 Å² / B_iso min: 21.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.4649 Å²	0 Å²	4.039 Å²
2-	-	-0.2456 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.7105 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.348 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→46.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1484	0	4	78	1566

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	673	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	41	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	217	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1520	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	221	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1594	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1520	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	2081	HARMONIC	2	1.24
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				2.52

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.58 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3336	120	4.64 %
R_work	0.2233	2468	-
all	0.2282	2588	-
obs	-	-	96.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.2285	0.5368	-0.4514	1.1753	-0.1914	4.7282	-0.082	0.1781	-0.0426	-0.1849	0.0634	0.0108	0.1142	0.0992	0.0187	0.0129	-0.0241	-0.0102	-0.1006	-0.0161	-0.0537	12.4603	-0.4423	38.1116
2	1.8365	-0.0695	2.2528	0	-0.4125	6.466	-0.0828	0.3346	-0.0053	-0.1085	0.0971	-0.0216	-0.0594	0.1559	-0.0143	0.0195	-0.0924	-0.1035	-0.0882	-0.0051	-0.0987	5.5906	1.4651	27.2117
3	1.0955	-0.1994	0.9198	0.3863	0.5646	8.3778	-0.0221	0.1749	-0.0919	0.0617	-0.0122	0.1977	0.3465	0.0531	0.0342	-0.0272	-0.0317	-0.0127	-0.1024	0.0046	-0.0596	30.6403	0.3275	81.9966
4	-0.3384	0.1269	0.9278	0	1.1645	18.0419	0.033	0.101	-0.0164	-0.0438	-0.0056	-0.0696	-0.3697	0.2901	-0.0273	0.059	0.0088	-0.0135	0.0093	-0.0001	-0.0764	39.0465	3.0041	134.3028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|1 - 29}	A	1 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|30 - 77}	A	30 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|78 - 136}	A	78 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|137 - 206}	A	137 - 206

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