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- PDB-4fse: crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fse
タイトルcrystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with N-(N-(4-amino-3,5- dichlorobenzyl)carbamimidoyl)-3-(4-methoxyphenyl)-5- methyl-4-isothiazolecarboxamide
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / ALZHEIMER'S DISEASE / BETA-SECRETASE / MEMAPSIN 2 / BASE / ASPARTIC PROTEASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to manganese ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / lysosome / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0VA / IODIDE ION / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Muckelbauer, J.K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Acyl guanidine inhibitors of beta-secretase (BACE-1): optimization of a micromolar hit to a nanomolar lead via iterative solid- and solution-phase library synthesis
著者: Gerritz, S.W. / Zhai, W. / Shi, S. / Zhu, S. / Toyn, J.H. / Meredith, J.E. / Iben, L.G. / Burton, C.R. / Albright, C.F. / Good, A.C. / Tebben, A.J. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D.M. / ...著者: Gerritz, S.W. / Zhai, W. / Shi, S. / Zhu, S. / Toyn, J.H. / Meredith, J.E. / Iben, L.G. / Burton, C.R. / Albright, C.F. / Good, A.C. / Tebben, A.J. / Muckelbauer, J.K. / Camac, D.M. / Metzler, W. / Cook, L.S. / Padmanabha, R. / Lentz, K.A. / Sofia, M.J. / Poss, M.A. / Macor, J.E. / Thompson, L.A.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
D: Beta-secretase 1
E: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,88217
ポリマ－200,8824
非ポリマー3,00013
水7,837435
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9394
ポリマ－50,2201
非ポリマー7183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9394
ポリマ－50,2201
非ポリマー7183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9394
ポリマ－50,2201
非ポリマー7183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0665
ポリマ－50,2201
非ポリマー8454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.334, 131.219, 88.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.600, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
41E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A-5 - 385
2112B-5 - 385
3112D-5 - 385
4112E-5 - 385

-
要素

#1: タンパク質
Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 50220.492 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 14-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物
ChemComp-0VA / N-[N-(4-amino-3,5-dichlorobenzyl)carbamimidoyl]-3-(4-methoxyphenyl)-5-methyl-1,2-thiazole-4-carboxamide


分子量: 464.368 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19Cl2N5O2S
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 35% PEG8K, 0.2 M ammonium sulfate, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月29日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
21.541
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 56952 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.65-2.743.50.4956191.042199
2.74-2.853.60.42756851.072199.6
2.85-2.983.60.3356561.053199.9
2.98-3.143.70.25856651.0491100
3.14-3.343.70.18557021.0231100
3.34-3.63.70.12756961.041100
3.6-3.963.80.09357031.0681100
3.96-4.533.70.07557101.0661100
4.53-5.713.70.07157181.0871100
5.71-503.60.06657981.195199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→44.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.965 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.167 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2669 2884 5.1 %RANDOM
Rwork0.2171 ---
obs0.2196 56926 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 20.8044 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.67 Å20 Å20.16 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---3.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12146 0 129 435 12710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02212598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.95717146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92751544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.29723.927573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56151973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0991568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.25725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.28509
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4311.57722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8212415
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93535560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5624.54731
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1544TIGHT POSITIONAL0.030.05
B1544TIGHT POSITIONAL0.030.05
D1544TIGHT POSITIONAL0.030.05
E1544TIGHT POSITIONAL0.030.05
A1477MEDIUM POSITIONAL0.370.5
B1477MEDIUM POSITIONAL0.40.5
D1477MEDIUM POSITIONAL0.370.5
E1477MEDIUM POSITIONAL0.350.5
A1544TIGHT THERMAL0.040.5
B1544TIGHT THERMAL0.050.5
D1544TIGHT THERMAL0.050.5
E1544TIGHT THERMAL0.040.5
A1477MEDIUM THERMAL0.312
B1477MEDIUM THERMAL0.372
D1477MEDIUM THERMAL0.362
E1477MEDIUM THERMAL0.332
LS精密化 シェル最高解像度: 2.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 206 -
Rwork0.288 3910 -
all-4116 -
obs--98.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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