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- PDB-4fqa: Crystal structure of toxic effector Tse1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqa
タイトルCrystal structure of toxic effector Tse1
要素toxic effector Tse1
キーワードTOXIN / helix and strand / toxic effector / Tsi1
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-D-glutamyl-meso-diaminopimelate peptidase / amidase activity / host cell membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan amidase Tse1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Li, L. / Zhang, W. / Wang, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural insight on toxic effector Tse1
著者: Li, L. / Zhang, W. / Wang, T.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toxic effector Tse1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5301
ポリマ－17,5301
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.640, 61.460, 64.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細monomer binds with Tsi1

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要素

#1: タンパク質 toxic effector Tse1


分子量: 17529.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 6His-tagged
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA1844 / プラスミド: pET29b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2Q1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.3
詳細: 100mM Tris, 25%PEG3350, mM DTT, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-002+11.5418
回転陽極RIGAKU MICROMAX-002+21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU SATURN 944+1CCD2011年9月15日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2011年10月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 12272 / Num. obs: 11866 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 15.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル解像度: 2.14→2.25 Å / 冗長度: 6.24 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1206 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
CrystalClearデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.077 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22833 394 4.7 %RANDOM
Rwork0.18084 ---
obs0.18308 7974 91.27 %-
all-8366 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.881 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1159 0 0 120 1279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0191194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.9421619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2855155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9324.250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63115190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.647157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021913
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 24 -
Rwork0.18 559 -
obs--99.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.5179 Å / Origin y: -0.0255 Å / Origin z: -1.0266 Å
111213212223313233
T0.0313 Å20.0097 Å2-0.0084 Å2-0.0068 Å2-0.007 Å2--0.0338 Å2
L1.6544 °20.0941 °2-0.1564 °2-2.822 °2-0.2802 °2--4.5849 °2
S-0.0195 Å °-0.0151 Å °-0.1309 Å °-0.0185 Å °0.0504 Å °-0.0815 Å °0.3669 Å °0.0947 Å °-0.0309 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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