PDB-4fq9: Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fq9

タイトル

Crystal Structure of 3-hydroxydecanoyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabA) from Pseudomonas aeruginosa

要素

3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

キーワード

LYASE / hot dog fold / fatty acid biosynthesis / bacterial virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-decenoyl-[acyl-carrier protein] isomerase / trans-2-decenoyl-acyl-carrier-protein isomerase activity / unsaturated fatty acid biosynthetic process / : / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Moynie, L. / Mcmahon, S.A. / Duthie, F.G. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the mechanism and inhibition of the beta-hydroxydecanoyl-acyl carrier protein dehydratase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Moynie, L. / Leckie, S.M. / McMahon, S.A. / Duthie, F.G. / Koehnke, A. / Taylor, J.W. / Alphey, M.S. / Brenk, R. / Smith, A.D. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2012年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4fq9.ent.gz	553.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4fq9_validation.pdf.gz	514.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fq9_full_validation.pdf.gz	526.1 KB	表示
XML形式データ	4fq9_validation.xml.gz	67.5 KB	表示
CIF形式データ	4fq9_validation.cif.gz	92 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fq/4fq9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4b0bC 4b0cC 4b0iC 4b0jC 4b8uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cl6-3 4b0i-3 4b0c-3 1mka-d 5hd6-1 3fmu-d 4b0c-1 4zyl-d 4b0b-d 6kv9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

F: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

G: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

H: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

I: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

J: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

190 kDa, 10 ポリマー
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1

A: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

B: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

D: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

F: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

H: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
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5

I: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

J: 3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.790, 135.780, 111.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	1	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
1	2	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	2	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
1	3	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	3	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
1	4	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	4	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
1	5	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	5	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
1	6	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	6	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
1	7	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	7	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	8	SER	SER	A	A	2 - 170	3 - 171
2	8	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	9	PHE	PHE	A	A	2 - 171	3 - 172
2	9	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	10	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	10	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
1	11	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	11	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
1	12	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	12	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
1	13	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	13	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
1	14	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	14	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
1	15	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	15	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	16	SER	SER	B	B	2 - 170	3 - 171
2	16	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	17	PHE	PHE	B	B	2 - 171	3 - 172
2	17	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	18	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
2	18	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
1	19	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
2	19	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
1	20	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
2	20	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
1	21	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
2	21	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
1	22	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
2	22	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	23	SER	SER	C	C	2 - 170	3 - 171
2	23	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	24	PHE	PHE	C	C	2 - 171	3 - 172
2	24	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	25	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
2	25	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
1	26	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
2	26	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
1	27	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
2	27	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
1	28	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
2	28	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	29	SER	SER	D	D	2 - 170	3 - 171
2	29	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	30	PHE	PHE	D	D	2 - 171	3 - 172
2	30	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	31	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
2	31	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
1	32	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
2	32	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
1	33	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
2	33	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	34	SER	SER	E	E	2 - 170	3 - 171
2	34	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	35	PHE	PHE	E	E	2 - 171	3 - 172
2	35	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	36	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
2	36	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
1	37	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
2	37	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	38	SER	SER	F	F	2 - 170	3 - 171
2	38	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	39	PHE	PHE	F	F	2 - 171	3 - 172
2	39	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	40	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
2	40	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
1	41	SER	SER	G	G	2 - 170	3 - 171
2	41	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	42	PHE	PHE	G	G	2 - 171	3 - 172
2	42	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	43	SER	SER	H	H	2 - 170	3 - 171
2	43	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
1	44	PHE	PHE	H	H	2 - 171	3 - 172
2	44	PHE	PHE	J	J	2 - 171	3 - 172
1	45	SER	SER	I	I	2 - 170	3 - 171
2	45	SER	SER	J	J	2 - 170	3 - 171

NCSアンサンブル:

詳細

biological unit is a dimer. There are 5 biological units in the asymmetric unit (chains A & B, chains C & D chains E & F, chains G & H and chains I & J

#1: タンパク質	3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / Beta-hydroxydecanoyl thioester dehydrase 分子量: 18825.586 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: fabA, PA1610 / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner(DE3) / 参照: UniProt: O33877, EC: 4.2.1.60
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 18% PEG 3350, 0.12M Sodium Potassium Phosphate, 6.4% Hexanediol,100mM Sodium citrate pH 4.5, vapour diffusion, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.9919 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月18日

放射

モノクロメーター: Sl(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.016→105.075 Å / Num. all: 133404 / Num. obs: 133404 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.02-2.07	2.9	0.477	1.5	28543	9819	0.477	98.3
2.07-2.12	3	0.435	1.6	28372	9605	0.435	98.7
2.12-2.19	3	0.379	1.8	27712	9329	0.379	98.4
2.19-2.25	2.9	0.336	2.1	25737	9029	0.336	98.6
2.25-2.33	3.3	0.282	2.5	28784	8850	0.282	99
2.33-2.41	3.3	0.244	2.9	28181	8529	0.244	99.3
2.41-2.5	3.3	0.207	3.4	27434	8259	0.207	99.1
2.5-2.6	3.3	0.182	3.8	26114	7909	0.182	99.2
2.6-2.72	3.1	0.156	4.4	23827	7623	0.156	98.6
2.72-2.85	3.3	0.122	5.6	24228	7235	0.122	98.8
2.85-3.01	3.4	0.1	6.9	23407	6899	0.1	98.6
3.01-3.19	3.3	0.086	7.9	21896	6540	0.086	98.4
3.19-3.41	3.3	0.072	8.7	19727	6069	0.072	98.1
3.41-3.68	3.1	0.067	9.1	17297	5610	0.067	96.7
3.68-4.03	3.4	0.06	10	17686	5228	0.06	98.2
4.03-4.51	3.3	0.055	10.4	15978	4789	0.055	98.6
4.51-5.2	3.1	0.054	10.7	12874	4164	0.054	97.8
5.2-6.37	3.3	0.05	11.6	11851	3585	0.05	99
6.37-9.02	3.3	0.045	11.5	9103	2783	0.045	99.3
9.02-105.075	3.2	0.041	11.9	4959	1550	0.041	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0119	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→105.075 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.751 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2108	6719	5 %	RANDOM
R_work	0.1866	-	-	-
obs	0.1878	133404	98.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.03 Å² / B_iso mean: 38.1013 Å² / B_iso min: 20.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0.06 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→105.075 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13128	0	122	721	13971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	13547
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	9322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.49	1.965	18314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.403	3	22554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.212	5	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.204	23.178	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.602	15	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.637	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2933

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.016→2.068 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	489	-
R_work	0.269	9187	-
all	-	9676	-
obs	-	-	98.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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2	2.0462	2.4139	0.5225	7.3609	3.321	3.3147	-0.3439	0.1671	-0.194	-0.5667	0.3752	0.1779	-0.122	-0.0431	-0.0313	0.1023	0.0142	-0.0106	0.1317	-0.0022	0.1294	-74.081	-2.554	33.42
3	1.7401	-0.1828	0.5607	1.9127	0.4943	1.1714	-0.1236	-0.3187	-0.1354	0.3484	0.0709	0.0183	0.0522	-0.1545	0.0527	0.1296	0.0105	0.059	0.1431	0.0383	0.0786	-64.483	-14.824	51.217
4	2.6445	1.8349	2.02	8.2198	3.4104	4.3382	-0.2568	-0.0742	0.1944	0.1382	0.2188	-0.3506	-0.4575	0.1121	0.038	0.1198	0.0161	-0.0009	0.0977	0.0137	0.1349	-57.619	-6.895	46.7
5	1.1344	0.0255	-0.0978	0.698	-0.084	0.9166	-0.0242	0.0337	-0.0182	-0.0155	0.0213	0.0699	0.1703	-0.0398	0.0029	0.1013	-0.0454	-0.0049	0.0872	0.0115	0.1152	-58.687	-32.385	27.511
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8	1.7642	0.1559	0.0689	2.2815	-0.2065	7.1333	0.0187	-0.4419	0.0067	0.3403	-0.0143	-0.0037	-0.4047	0.1075	-0.0044	0.0906	-0.0237	-0.0112	0.2043	0.0075	0.1763	-37.162	-23.436	32.387
9	2.519	4.244	-1.0775	7.2771	-1.8097	2.383	-0.3034	0.1262	0.1589	-0.6938	0.246	0.2944	-0.118	-0.113	0.0574	0.2485	-0.0245	-0.0613	0.1031	-0.046	0.1333	-33.649	-22.552	-7.308
10	0.9549	0.3228	0.0663	1.3865	0.0095	1.1704	-0.0107	0.0745	0.0255	-0.1241	-0.0006	0.0797	-0.0364	-0.0055	0.0113	0.083	-0.0021	0.0021	0.1016	-0.0165	0.1562	-29.519	-15.082	4.53
11	0.7165	0.2088	0.2007	2.1855	0.1243	0.8412	-0.004	0.076	-0.0539	0.0207	0.0636	-0.4151	-0.0297	0.2087	-0.0596	0.0059	-0.0171	0.0142	0.1261	-0.0111	0.1858	-11.755	-2.51	10.012
12	2.6366	-1.8609	0.8548	6.3398	-2.8719	3.8168	-0.1646	-0.2859	-0.3576	0.6568	0.363	-0.1086	-0.0985	-0.1618	-0.1984	0.1299	-0.0192	-0.045	0.1137	0.0071	0.1778	-17.413	-5.009	19.443
13	0.9137	-0.1154	0.2825	1.1125	0.3162	0.7635	0.026	0.0242	-0.0253	-0.1748	-0.0021	0.1669	-0.1242	0.0115	-0.0239	0.1065	-0.0526	0.0025	0.0859	0.0367	0.1078	-25.921	25.538	7.701
14	1.5014	-0.3735	0.6427	2.537	0.1245	1.4725	-0.1293	-0.1257	-0.1031	0.0108	0.0786	0.3723	-0.0811	-0.162	0.0507	0.1022	-0.0419	0.013	0.1333	0.0449	0.167	-28.633	19.864	15.463
15	0.8682	-0.0182	-0.084	1.412	0.3772	0.5177	-0.0169	-0.201	0.0617	0.1661	0.0036	0.0702	-0.0955	-0.0082	0.0134	0.1168	-0.0361	0.0314	0.1592	0.0146	0.0682	-19.742	32.98	30.957
16	5.6074	-0.4283	-0.2308	4.1143	0.2381	2.1267	0.0166	-0.2956	-0.8367	0.2786	-0.0127	-0.0264	0.1653	0.084	-0.0039	0.1753	-0.0589	0.0252	0.2298	0.0455	0.138	-19.313	21.712	32.8
17	1.1498	0.342	0.046	1.5709	-0.3089	1.7263	0.029	-0.0867	0.081	0.1045	0.0123	0.0391	-0.069	0.1308	-0.0413	0.0777	0.053	-0.0029	0.1096	-0.0562	0.0913	-64.352	26.465	42.339
18	6.2414	2.2423	-0.4782	3.1074	0.2264	1.7655	-0.0721	-0.032	-0.2919	-0.1609	0.0792	-0.4371	0.0176	0.4326	-0.0071	0.0902	0.0851	0.0029	0.2217	-0.0458	0.1325	-55.983	21.32	36.77
19	1.6472	0.0592	0.2262	1.6802	-0.6543	1.8718	-0.0173	0.1949	0.1753	-0.3457	0.0184	0.1171	-0.0759	0.1679	-0.0011	0.1142	0.0063	-0.027	0.0973	0.0139	0.0841	-67.363	34.647	20.188
20	5.8474	0.7729	-0.1245	4.2515	-0.902	3.5272	0.033	0.2614	-0.5909	-0.5822	0.0478	0.2271	0.373	-0.0264	-0.0808	0.2286	0.0438	-0.0616	0.1587	-0.0027	0.1166	-68.707	23.418	18.843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	132 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	132 - 171
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	132 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 15
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	16 - 171
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	2 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	132 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	2 - 101
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	102 - 171
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	2 - 131
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	132 - 171
17	X-RAY DIFFRACTION	17	I	2 - 131
18	X-RAY DIFFRACTION	18	I	132 - 171
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	2 - 131
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	132 - 171

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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