PDB-4fp9: Human MTERF4-NSUN4 protein complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fp9

タイトル

Human MTERF4-NSUN4 protein complex

要素

mTERF domain-containing protein 2
methyltransferase NSUN4

キーワード

TRANSFERASE / Modification enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA (cytidine-5-)-methyltransferase activity / rRNA modification in the mitochondrion / mitochondrial RNA modification / mitochondrial RNA catabolic process / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA methyltransferase activity / RNA methyltransferase activity / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / camera-type eye development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Spahr, H. / Hallberg, B.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the human MTERF4-NSUN4 protein complex that regulates mitochondrial ribosome biogenesis.
著者: Spahr, H. / Habermann, B. / Gustafsson, C.M. / Larsson, N.G. / Hallberg, B.M.

履歴

登録	2012年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4fp9.ent.gz	790.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4fp9_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	4frw-d 7nd6-d 20107 9142 6red-d 8898 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: methyltransferase NSUN4

B: mTERF domain-containing protein 2

C: methyltransferase NSUN4

D: methyltransferase NSUN4

E: mTERF domain-containing protein 2

F: methyltransferase NSUN4

G: mTERF domain-containing protein 2

H: mTERF domain-containing protein 2

ヘテロ分子

319 kDa, 8 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: methyltransferase NSUN4

B: mTERF domain-containing protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: methyltransferase NSUN4

E: mTERF domain-containing protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: methyltransferase NSUN4

G: mTERF domain-containing protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.8 kDa, 2 ポリマー
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5

F: methyltransferase NSUN4

H: mTERF domain-containing protein 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.760, 82.270, 507.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	methyltransferase NSUN4 / NOL1/NOP2/Sun domain family member 4 分子量: 40410.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSUN4 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: Q96CB9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	mTERF domain-containing protein 2 分子量: 38717.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPC096, MTERFD2 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q7Z6M4
#3: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.65 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris [pH 5.5], 400 mM ammonium sulfate, 20-22 % (w/v) polyethylene glycol 3350, and 2 mM dithiothreitol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD

放射

散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 74674 / Num. obs: 74514 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 64.931 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 11.58

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.9-3		0.977	1.76	32259	7096	99.9
3-3.1		0.734	2.31	28685	6185	100
3.1-3.2		0.581	2.87	25268	5481	99.9
3.2-3.3		0.417	3.85	22044	4857	99.9
3.3-3.4		0.291	5.15	18920	4254	99.8
3.4-3.6		0.219	6.62	31211	7230	99.8
3.6-3.8		0.161	8.92	26395	5795	99.8
3.8-4		0.128	10.85	21430	4651	99.8
4-6		0.074	17.51	90135	20128	99.8
6-10		0.039	26.98	29225	6828	99.8
10-20		0.022	45.9	6867	1754	99.5
20-30		0.022	47.7	675	190	100
30-40		0.018	52.18	178	54	96.4
	40	0.02	45.94	31	11	27.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
BUSTER-TNT	BUSTER 2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SHARP		位相決定
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.9→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8659 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8408 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.69 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2461	3754	5.04 %	RANDOM
R_work	0.2286	-	-	-
obs	0.2295	74501	99.82 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 292.32 Å² / B_iso mean: 73.4798 Å² / B_iso min: 3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-18.2896 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2444 Å²	0 Å²
3-	-	-	20.534 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18569	0	148	0	18717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	10654	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	470	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	5505	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	38036	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	2419	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	40322	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	38036	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	68885	HARMONIC	2	0.9
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				3.09

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2692	243	4.5 %
R_work	0.2688	5152	-
all	0.2688	5395	-
obs	-	-	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1269	0.1326	-0.4369	0	-0.2267	0.1814	-0.0072	0.0482	-0.0269	-0.0494	-0.0038	-0.0294	-0.015	0.023	0.011	0.0466	0.0413	0.1637	0.0439	0.1133	-0.058	128.76	82.3333	25.7641
2	0.0423	-0.305	-0.3626	0.0552	0.0429	0.0189	-0.0883	-0.1812	0.0669	-0.1525	0.1207	-0.0114	0.0642	-0.0307	-0.0324	0.1425	0.1467	0.0007	-0.0722	-0.1149	-0.0383	116.533	74.7914	33.0938
3	0.8501	-0.3043	-0.6911	0.0982	2.3766	2.0289	0.0019	0.0933	-0.0534	0.0253	0.0778	0.0981	-0.1015	-0.0741	-0.0797	-0.0279	0.1465	-0.0053	0.0954	-0.051	-0.0578	91.3218	86.685	40.4094
4	0	-0.6923	-0.4058	0.0969	-0.1882	0.0547	-0.1701	0.0534	-0.023	0.0174	-0.2118	0.1623	-0.0337	0.1078	0.3819	0.0731	-0.0142	-0.0505	-0.0437	-0.0827	-0.0057	98.2799	74.0951	44.229
5	0.0642	-3.4975	3.0979	0	-0.4141	0	-0.092	0.1659	0.2668	0.0007	0.0851	0.0994	-0.0154	0.0294	0.007	0.117	0.216	0.0542	-0.082	0.0672	-0.0444	97.9649	96.076	40.6313
6	0	0.0375	0.1266	0	0.2177	0	0.1333	-0.0246	0.0776	-0.0471	0.0392	0.0557	0.0909	0.0859	-0.1724	0.112	0.0789	0.0225	-0.0748	-0.0342	-0.0112	110.313	85.7653	51.2313
7	3.3688	0.0415	2.4625	0	-0.6383	0	0.0833	-0.0994	0.2596	-0.0494	-0.0899	0.003	-0.2089	0.062	0.0066	0.1457	0.2018	-0.0252	-0.2285	-0.0662	0.0629	106.242	96.6984	52.8501
8	0	-0.0761	0.1004	0	0.1095	0.3313	0.0513	-0.1132	0.1471	-0.1259	0.131	0.0615	0.1466	0.0843	-0.1823	-0.0464	0.1529	0.013	0.0413	-0.0903	0.0255	120.192	84.0007	54.9261
9	2.6655	0.2516	-0.2845	0	-4.4089	2.1313	0.0234	-0.1567	0.0504	-0.1303	0.0514	-0.0859	-0.0779	0.2312	-0.0747	0.0823	0.0032	-0.0103	0.0541	-0.0163	-0.1309	131.068	83.5135	35.41
10	0	-0.0789	0.0559	0	0.3399	0.0084	-0.2548	-0.124	0.2027	-0.1145	0.0342	0.0237	0.1989	0.0361	0.2206	0.1505	0.1318	0.0617	-0.0811	-0.0427	-0.0492	118.115	70.3634	50.2773
11	0.7307	-0.4168	3.8065	2.2124	1.1617	1.4911	0.0264	0.2543	0.1551	0.3111	0.0716	0.0047	0.1324	-0.0491	-0.098	0.2702	-0.2556	0.0373	-0.0336	-0.0793	-0.2335	97.5184	58.5459	-36.5241
12	0	3.9547	3.9677	0.8458	0.4652	0.6545	0.0104	-0.2362	0.0388	0.131	0.0485	0.1495	0.1567	-0.3236	-0.0589	-0.0855	-0.304	-0.0835	-0.053	-0.0602	-0.2708	93.9417	60.3161	-25.1741
13	0	0.3663	0.1572	0.0023	-0.8752	0.2734	0.19	-0.06	0.5936	-0.0295	-0.1948	-0.046	0.6335	-0.0204	0.0047	0.1732	-0.2594	-0.0269	0.0752	-0.0144	-0.2271	105.278	69.2371	-24.2928
14	0	-1.0243	1.4726	1.1676	-0.259	0	0.0231	-0.186	-0.1865	-0.2232	-0.0813	-0.0357	-0.25	-0.1195	0.0582	0.122	-0.1833	-0.074	0.0407	-0.0228	-0.1714	111.861	76.3439	-14.4225
15	0	-0.1736	0.2382	0	-0.7056	2.0627	-0.0822	-0.0016	0.0907	0.0053	-0.0184	0.2952	0.0592	0.2978	0.1006	0.0614	-0.1293	-0.0619	0.1224	-0.1292	-0.1981	117.8	77.9943	-6.1684
16	0.1537	-1.4568	3.1253	0.0586	0.0279	1.217	-0.0152	-0.0118	0.0385	-0.0347	-0.0698	0.0976	-0.0526	0.0933	0.085	0.1146	0.0709	-0.2526	0.1448	-0.1292	-0.2477	122.926	79.3557	7.1026
17	0	-1.3484	0.2638	0.0201	0.0997	0.5557	0.0547	0.186	0.2148	0.1854	0.0666	-0.0048	0.1478	0.0117	-0.1213	0.2047	0.0483	-0.0718	0.0853	-0.1155	-0.2674	118.253	72.4058	8.5288
18	0	0.5749	0.1232	0	0.2301	0	-0.0015	-0.001	0.0221	0.0084	-0.0027	-0.0176	-0.0158	-0.004	0.0042	0.007	0.1564	-0.0476	0.0834	0.0438	-0.0305	136.339	75.9645	10.9389
19	0	2.286	0.6891	0.5249	1.515	0.248	-0.0285	0.1151	0.053	0.009	-0.1514	0.0486	0.2983	0.1426	0.1799	0.3169	0.1714	-0.0415	-0.0372	-0.2012	-0.2682	117.89	64.2824	10.8618
20	0	0.1483	-0.7013	1.484	0.0638	0.0141	-0.0513	0.3789	0.3354	0.2423	-0.0931	0.0092	0.3445	-0.159	0.1445	0.2985	0.051	-0.0262	0.0254	-0.0932	-0.2785	107.764	74.8314	19.7094
21	0.6893	1.047	1.7671	0.7377	0.4314	0	0.0051	-0.1159	0.0661	0.024	-0.0313	-0.0333	-0.0183	0.042	0.0262	0.1013	0.0272	-0.2732	0.1634	-0.2808	-0.2265	133.087	121.092	97.875
22	0	-0.4018	-0.2826	0.0726	-0.0243	0.1513	0.0772	-0.1488	-0.0237	-0.1752	-0.0222	-0.0451	0.0008	-0.0415	-0.0551	0.0229	0.1042	-0.0925	0.0672	-0.0688	-0.0605	124.434	108.683	92.3353
23	0.6005	-3.8859	0.4113	1.2807	-1.4786	1.5967	-0.0269	0.0159	-0.2425	-0.0709	0.0773	-0.2197	0.0768	0.0292	-0.0504	0.2504	0.2868	-0.0872	-0.3101	0.0246	0.0741	135.068	83.4109	83.1155
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79	0	-0.4109	-5.5008	0	2.1562	0.6729	-0.0679	0.0804	0.064	0.1449	-0.0202	0.1372	0.0165	-0.1563	0.0881	0.278	0.3034	0.304	0.1257	-0.304	-0.3872	70.7189	87.2754	113.327
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|39 - A\|42 }	A	39 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|43 - A\|81 }	A	43 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|82 - A\|94 }	A	82 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|95 - A\|142 }	A	95 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|143 - A\|150 }	A	143 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|151 - A\|214 }	A	151 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|215 - A\|229 }	A	215 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|230 - A\|264 }	A	230 - 264
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|265 - A\|282 }	A	265 - 282
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|283 - A\|384 }	A	283 - 384
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|86 - B\|104 }	B	86 - 104
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ B\|105 - B\|119 }	B	105 - 119
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ B\|120 - B\|172 }	B	120 - 172
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15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ B\|203 - B\|234 }	B	203 - 234
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ B\|235 - B\|242 }	B	235 - 242
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18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ B\|278 - B\|281 }	B	278 - 281
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ B\|282 - B\|304 }	B	282 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ B\|305 - B\|327 }	B	305 - 327
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	{ E\|305 - E\|327 }	E	305 - 327
51	X-RAY DIFFRACTION	51	{ F\|39 - F\|42 }	F	39 - 42
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54	X-RAY DIFFRACTION	54	{ F\|95 - F\|142 }	F	95 - 142
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	{ F\|265 - F\|282 }	F	265 - 282
60	X-RAY DIFFRACTION	60	{ F\|283 - F\|384 }	F	283 - 384
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