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- PDB-4fjw: Crystal Structure of the apo form of the E131Q Mtb crotonase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fjw
タイトルCrystal Structure of the apo form of the E131Q Mtb crotonase
要素Probable enoyl-CoA hydratase echA8
キーワードLYASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / crotonase / enoyl CoA hydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid metabolic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable enoyl-CoA hydratase echA8 / Probable enoyl-CoA hydratase EchA8
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Delgado, E. / Ghosh, S. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Mechanism of the Prokaryotic Crotonase
著者: Bruning, J.B. / Delgado, E. / Ghosh, S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2012年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Probable enoyl-CoA hydratase echA8
E: Probable enoyl-CoA hydratase echA8
F: Probable enoyl-CoA hydratase echA8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,8973
ポリマ－81,8973
非ポリマー00
水8,107450
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area27460 Å2
手法PISA
2
D: Probable enoyl-CoA hydratase echA8
E: Probable enoyl-CoA hydratase echA8
F: Probable enoyl-CoA hydratase echA8

D: Probable enoyl-CoA hydratase echA8
E: Probable enoyl-CoA hydratase echA8
F: Probable enoyl-CoA hydratase echA8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7956
ポリマ－163,7956
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area31480 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area48760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.701, 134.044, 101.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-442-

HOH

21D-452-

HOH

31E-318-

HOH

41E-375-

HOH

51F-363-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable enoyl-CoA hydratase echA8


分子量: 27299.096 Da / 分子数: 3 / 変異: E131Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: echA8, MT1100, MTV017.23c, Rv1070c / プラスミド: PVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P64016, UniProt: P9WNN9*PLUS, enoyl-CoA hydratase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M LiCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.85 Å / Num. all: 46083 / Num. obs: 46083 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.38 % / Biso Wilson estimate: 37.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.1 / Scaling rejects: 1179
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.283.250.46321500945871.0698.7
2.28-2.373.290.4831.81503445491.0498.5
2.37-2.483.270.3992.21502745801.0498.4
2.48-2.613.30.3562.51507845571.0598.4
2.61-2.773.330.3112.81525745661.0398.2
2.77-2.993.340.2423.41546846011.0298.5
2.99-3.293.40.1651595946520.9899.3
3.29-3.763.490.1067.81650446780.9499.4
3.76-4.733.530.06512.81656746350.8498
4.73-28.853.60.04318.41712446780.7495.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.9Lデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PZK

3pzk


解像度: 2.2→28.063 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / FOM work R set: 0.7685 / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 29.37 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2619 2325 5.05 %random
Rwork0.2091 ---
all0.2117 46051 --
obs0.2117 46051 98.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.274 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.64 Å2 / Biso mean: 44.4546 Å2 / Biso min: 17.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.6804 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.4704 Å2-0 Å2
3----10.2099 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5620 0 0 450 6070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0287761
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051022
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2692079
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.24490.41021330.35432563269698
2.2449-2.29370.35731240.30432552267699
2.2937-2.3470.37251510.31412532268398
2.347-2.40570.33191150.28962582269798
2.4057-2.47070.35021240.2692545266998
2.4707-2.54340.33531550.26242543269898
2.5434-2.62540.32561400.24572556269698
2.6254-2.71920.28281510.24242520267198
2.7192-2.82790.28221350.22442567270299
2.8279-2.95650.32961350.24482581271699
2.9565-3.11220.29261290.22792572270199
3.1122-3.30690.28041580.22052590274899
3.3069-3.56180.26241480.20932595274399
3.5618-3.91930.28151200.20092632275299
3.9193-4.48450.22281340.16722580271497
4.4845-5.64240.17991380.14532593273197
5.6424-28.06570.19021350.16992623275895
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0460.0505-0.26590.16910.30470.27620.04220.4135-0.3618-0.05480.0143-0.77670.04790.2472-0.00030.30820.06030.02360.4329-0.05280.370120.4519-52.9446-0.742
20.2606-0.0904-0.15850.5043-0.70050.28770.08690.12510.0484-0.0472-0.0847-0.1530.18370.2747-00.29580.01580.03550.24390.00160.260115.0868-52.44518.9085
30.01930.2282-0.09240.85380.10680.9750.01270.0420.1235-0.1535-0.05030.0785-0.029-0.0202-0.00010.18040.0220.00750.1961-0.00330.16725.6056-41.0235.1385
40.2167-0.02090.2450.0104-0.02690.3293-0.1006-0.40040.4196-0.24740.2911-0.6317-0.76160.2522-0.00990.4194-0.11870.18820.55180.06110.534724.5854-18.6262.3031
50.79720.0839-0.30770.4988-0.31710.3708-0.09060.1726-0.5436-0.4013-0.22231.01160.5252-0.7866-1.49330.2764-0.0778-0.1720.6035-0.11290.5396-32.2017-49.978613.2502
60.0920.0859-0.83550.8153-0.01290.4728-0.16630.2109-0.0050.22580.06160.25920.1862-0.333-0.01150.3024-0.0209-0.03490.4588-0.03780.3752-28.1884-42.157320.5278
70.0904-0.0457-0.09480.06540.17450.067-0.28240.24120.0661-0.07780.399-0.09110.1735-0.33410.00020.3428-0.0133-0.04420.3775-0.00560.3595-19.8945-47.800218.1599
80.2465-0.0782-0.01610.5959-0.4390.24580.03610.1620.1048-0.2935-0.0117-0.0366-0.0427-0.193500.33730.0367-0.06550.38170.01320.3044-18.5419-34.75658.0803
90.0528-0.0197-0.22330.9117-0.64891.4294-0.59140.44880.0295-0.139-0.4309-0.41930.6810.335-0.35510.3918-0.1648-0.13010.4447-0.17260.2436-21.1598-55.27152.4306
100.3433-0.5551-0.36350.13830.25750.0272-0.08260.1690.0527-0.03550.05030.11550.03650.1196-00.24440.0075-0.00480.240.00630.2522-2.2173-52.289618.9669
110.0809-0.0051-0.050.1312-0.05020.0176-0.4009-0.0206-0.490.1821-0.25070.5787-0.0455-0.0227-00.5621-0.0759-0.00130.4173-0.06650.4844-4.4989-70.42289.1368
120.672-0.2239-0.79940.18910.06431.32830.06280.0680.7325-0.11070.13590.0952-0.45910.02160.18470.61570.06620.04880.27650.11080.5197-3.5619-4.46145.8333
130.0461-0.04580.07670.0209-0.04120.05330.20.12130.28670.2092-0.143-0.0062-0.44880.0300.49510.02310.02050.29140.06830.4997-1.2423-6.542514.6639
141.04280.196-0.34930.11050.17290.250.44060.08180.8826-0.3854-0.0769-0.0029-0.4108-0.14780.04750.49240.09880.0310.24980.0690.4027-1.6931-10.18016.9423
150.1548-0.0330.1333-0.03070.4375-0.057-0.0326-0.0973-0.1183-0.20470.13830.0227-0.5487-0.0364-0.00530.4036-0.02190.03490.2880.02560.36565.7221-14.404515.8928
160.2198-0.1058-0.06340.02040.010.03410.0230.1741-0.087-0.1339-0.0186-0.0259-0.1074-0.004100.37110.01170.02440.25190.03050.24333.9311-24.11974.2462
170.1770.1979-0.00090.3775-0.07550.0224-0.18370.75270.0369-0.81080.13110.0599-0.1885-0.347-0.0240.4370.0425-0.07670.5408-0.03180.2754-4.2092-26.7979-2.6864
180.2715-0.0241-0.2780.07180.07130.5667-0.32530.40120.0752-0.4704-0.16940.2273-0.1004-0.7189-0.02350.35420.0658-0.02460.53160.16110.5061-16.4809-13.66231.0872
190.15720.5494-0.01250.44060.1949-0.07240.1888-0.0603-0.0623-0.2575-0.08220.19690.0048-0.100900.23660.03210.03030.30280.00760.3024-15.3757-27.196722.6013
200.020.04230.09320.02340.02550.0285-0.0495-0.64240.40760.3625-0.05240.2381-0.1251-0.16550.00020.37230.1184-0.05590.4963-0.01750.5739-33.3249-18.819817.9416
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resseq 1:29)D1 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resseq 30:101)D30 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resseq 102:235)D102 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resseq 236:256)D236 - 256
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resseq 2:29)E2 - 29
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resseq 30:84)E30 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resseq 85:101)E85 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resseq 102:181)E102 - 181
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resseq 182:198)E182 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resseq 199:235)E199 - 235
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resseq 236:254)E236 - 254
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resseq 1:29)F1 - 29
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resseq 30:44)F30 - 44
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resseq 45:70)F45 - 70
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resseq 71:101)F71 - 101
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resseq 102:161)F102 - 161
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resseq 162:181)F162 - 181
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resseq 182:198)F182 - 198
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resseq 199:235)F199 - 235
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resseq 236:255)F236 - 255

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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