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- PDB-4fik: Human carbonic anhydrase II H64A complexed with thioxolone hydrol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fik
タイトルHuman carbonic anhydrase II H64A complexed with thioxolone hydrolysis products
要素Carbonic anhydrase 2
キーワードLYASE / CARBONIC ANHYDRASE II / HUMAN CARBONIC ANHYDRASE II / HCA II / HCA2 / CA II / CA2 / CARBONATE DEHYDRATASE II / CARBONIC ANHYDRASE C / THIOXOLONE / 4-MERCAPTOBENZENE-1 / 3-DIOL / 4-(2 / 4-DIHYDROXYPHENYL) DISULFANYLBENZENE-1 / DISEASE MUTATION / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / angiotensin-activated signaling pathway / regulation of intracellular pH / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / apical part of cell / myelin sheath / extracellular exosome / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4,4'-disulfanediyldibenzene-1,3-diol / 4-MERCAPTOBENZENE-1,3-DIOL / 2,4-dihydroxybenzenesulfenic acid / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Sippel, K.H. / Genis, C. / Govindasamy, L. / Agbandje-McKenna, M. / Tripp, B.C. / McKenna, R.
引用
ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Synchrotron Radiation Provides a Plausible Explanation for the Generation of a Free Radical Adduct of Thioxolone in Mutant Carbonic Anhydrase II.
著者: Sippel, K.H. / Genis, C. / Govindasamy, L. / Agbandje-McKenna, M. / Kiddle, J.J. / Tripp, B.C. / McKenna, R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Inhibition of Carbonic Anhydrase II by Thioxolone: A Mechanistic and Structural Study
著者: Barrese, A.A. / Genis, C. / Fisher, S.Z. / Orwenyo, J.N. / Kumara, M.T. / Dutta, S.K. / Phillips, E. / Kiddle, J.J. / Tu, C. / Silverman, D.N. / Govindasamy, L. / Agbandje-McKenna, M. / McKenna, R. / Tripp, B.C.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年6月27日ID: 3IQK
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2008
ポリマ－29,2221
非ポリマー9787
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.370, 41.380, 72.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II


分子量: 29221.992 Da / 分子数: 1 / 変異: H64A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

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非ポリマー , 7種, 306分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-TH7 / 2,4-dihydroxybenzenesulfenic acid / 4-HYDROXYSULFANYLBENZENE-1,3-DIOL


分子量: 158.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O3S
#4: 化合物 ChemComp-TH0 / 4-MERCAPTOBENZENE-1,3-DIOL / 4-メルカプト-1,3-ベンゼンジオ-ル


分子量: 142.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O2S
#5: 化合物 ChemComp-D2S / 4,4'-disulfanediyldibenzene-1,3-diol / 4-(2,4-dihydroxyphenyl)disulfanylbenzene-1,3-diol


分子量: 282.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O4S2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50MM TRIS-HCL, 2.6M AMMONIUM SULFATE, 2UL OF 100UM THIOXOLONE ADDED TO DROP 24HRS PRIOR TO FREEZING, PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.938 / 波長: 0.938 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: HORIZONTAL BENT SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→19.96 Å / Num. all: 75775 / Num. obs: 70016 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 8.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: PDB ENTRY 1G0F

1g0f


解像度: 1.2→15.643 Å / SU ML: 0.08
Isotropic thermal model: Anisotropic for all full occupancy atoms
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / σ(I): 0 / 位相誤差: 11.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1374 3369 5.02 %Random
Rwork0.1158 ---
obs0.1168 67156 88.46 %-
all-67156 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 11.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→15.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2044 0 58 299 2401
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.513162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.356869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1998-1.24260.18212720.17664845X-RAY DIFFRACTION68
1.2426-1.29240.19372620.15285456X-RAY DIFFRACTION75
1.2924-1.35110.17123190.13646071X-RAY DIFFRACTION85
1.3511-1.42230.16213520.1166430X-RAY DIFFRACTION90
1.4223-1.51140.13593380.09946656X-RAY DIFFRACTION92
1.5114-1.6280.11833500.08996742X-RAY DIFFRACTION94
1.628-1.79160.12023920.0886831X-RAY DIFFRACTION95
1.7916-2.05030.11363660.08937005X-RAY DIFFRACTION97
2.0503-2.58130.12053810.09767004X-RAY DIFFRACTION97
2.5813-15.64460.14473370.13836747X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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