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- PDB-4fib: Crystal structure of the ydhK protein from Bacillus subtilis. Nor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fib
タイトルCrystal structure of the ydhK protein from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR518A.
要素Uncharacterized protein ydhK
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / SR518A / ydhK / DUF1541 / PF07563
機能・相同性
機能・相同性情報


SH3 type barrels. - #1130 / Thrombin, subunit H - #520 / Domain of unknown function DUF1541 / Protein of unknown function (DUF1541) / SH3 type barrels. / Thrombin, subunit H / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YdhK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Owens, L.A. / Cunningham, K. / Zhao, L. / Everett, J.K. ...Vorobiev, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Owens, L.A. / Cunningham, K. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ydhK protein from Bacillus subtilis.
著者: Vorobiev, S. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Maglaqui, M. / Owens, L.A. / Cunningham, K. / Zhao, L. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2012年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein ydhK
B: Uncharacterized protein ydhK
C: Uncharacterized protein ydhK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8163
ポリマ－43,8163
非ポリマー00
水2,720151
1
A: Uncharacterized protein ydhK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6051
ポリマ－14,6051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein ydhK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6051
ポリマ－14,6051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Uncharacterized protein ydhK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6051
ポリマ－14,6051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.861, 69.493, 61.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer,15.56 kD,103%

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein ydhK


分子量: 14605.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU05790, ydhK / プラスミド: pET21_NESG, SR518A-45-164-21.3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: O05503
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG 3350, 0.1 M monoammonium phosphate, 0.1 M MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→50 Å / Num. obs: 52101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 29.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique all: 2650 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.997→46.486 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Trp 132 and 196 are in cis configuration in all chains.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2629 5.05 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 52101 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.282 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 138.79 Å2 / Biso mean: 35.378 Å2 / Biso min: 15.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å24.329 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→46.486 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2842 0 0 151 2993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1943913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7411051
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.997-2.0330.2721470.2392553270099
2.033-2.0720.2931510.2426102761100
2.072-2.1150.3281160.23126732789100
2.115-2.1610.31250.23725762701100
2.161-2.2110.2611370.22226822819100
2.211-2.2660.2481160.21225912707100
2.266-2.3270.2861510.21525782729100
2.327-2.3960.2911040.21526512755100
2.396-2.4730.3141250.23426062731100
2.473-2.5620.3261390.24326402779100
2.562-2.6640.3081690.2526052774100
2.664-2.7850.3191350.23425942729100
2.785-2.9320.2831190.23626202739100
2.932-3.1160.2351520.22125632715100
3.116-3.3560.2781480.21125962744100
3.356-3.6940.2141340.1912612274699
3.694-4.2280.2191600.1582585274599
4.228-5.3260.1571430.1432568271199
5.326-46.4980.3021580.2192569272799
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0151-0.0015-0.00520.0097-0.00780.033-0.0034-0.026-0.012-0.0735-0.0236-0.0070.0348-0.01250.1884-0.01020.00140.1818-0.01520.178224.586126.93523.5337
2-0.00270.0027-0.0220.0148-0.00660.0399-0.02320.0010.10240.0882-0.03040.0586-0.0678-0.0119-0.0386-0.01820.051-0.13010.1838-0.245231.8739.81594.7842
30.0158-0.0028-0.01340.0086-0.01320.036-0.0756-0.039-0.0429-0.01520.053-0.0511-0.0086-0.02720.16290.0081-0.00590.17050.0130.174325.91935.733546.5863
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA82 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB82 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC82 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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