PDB-4fht: Crystal Structure of the PcaV transcriptional regulator from Stre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fht

タイトル

Crystal Structure of the PcaV transcriptional regulator from Streptomyces coelicolor in complex with its natural ligand

要素

PcaV transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / MarR family / winged helix-turn-helix / transcription factor / protocatechuate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Brown, B.L. / Davis, J.R. / Sello, J.K. / Page, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Study of PcaV from Streptomyces coelicolor yields new insights into ligand-responsive MarR family transcription factors.
著者: Davis, J.R. / Brown, B.L. / Page, R. / Sello, J.K.

履歴

登録	2012年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fht.cif.gz	128.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fht.ent.gz	100.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4fht_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4fht_full_validation.pdf.gz	458.8 KB	表示
XML形式データ	4fht_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	4fht_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4g9yC 2nnnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5on7-d 3bdd-1 1v7o-d 4ldv-d 2nnn-5 3bdd-2 3bro-2 3bro-1 4p8j-d 4chx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PcaV transcriptional regulator

B: PcaV transcriptional regulator

ヘテロ分子

35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.357, 63.965, 73.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PcaV transcriptional regulator 分子量: 17311.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6704 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: Q9XAM6
#2: 化合物	ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸分子量: 154.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2 M lithium acetate, 20% w/v PEG 3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月2日
放射	モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 16473 / Num. obs: 16472 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 30.26 Å² / Net I/σ(I): 49.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 14.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 795 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2NNN

2nnn

解像度: 2.15→44.651 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2438	1621	10.03 %	random
R_work	0.1971	-	-	-
all	0.2018	16435	-	-
obs	0.2018	16161	98.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.588 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3197 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.2978 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9781 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.651 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2228	0	26	168	2422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.692	3090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.454	867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	353
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	411

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1502-2.2135	0.2697	127	0.196	1138	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2135-2.2849	0.2994	126	0.19	1166	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2849-2.3666	0.2837	128	0.2028	1172	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3666-2.4613	0.2791	128	0.2089	1197	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4613-2.5733	0.3039	139	0.2143	1177	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5733-2.709	0.2831	133	0.218	1219	X-RAY DIFFRACTION	99
2.709-2.8787	0.2569	131	0.2154	1197	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8787-3.1009	0.2779	140	0.2232	1217	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1009-3.4129	0.2567	138	0.2002	1225	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4129-3.9065	0.2166	138	0.1916	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9065-4.9207	0.2079	144	0.1696	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9207-44.6603	0.2155	149	0.1941	1327	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4438	0.0413	-0.365	0.4109	0.4743	0.7352	0.0914	0.077	0.0019	-0.1673	-0.0396	-0.0342	-0.1868	0.0374	0.0002	0.23	0.02	-0.0131	0.1546	0.0291	0.1742	28.616	37.6183	22.4237
2	0.6926	-0.153	0.3648	0.1224	-0.1708	0.3349	-0.0779	-0.0312	-0.3956	-0.3971	-0.0444	0.0935	0.1956	-0.0643	-0.0179	0.2239	0.018	0.0075	0.1537	-0.052	0.1927	40.2421	29.0196	20.6742
3	0.0316	-0.0084	-0.0063	0.0097	-0.0093	0.0139	0.0347	-0.2695	-0.4049	0.0311	0.0778	0.0058	0.2733	-0.0399	-0.0001	0.2512	0.0287	-0.0455	0.35	0.065	0.3947	52.2174	22.6749	27.7504
4	0.6152	-0.1245	-0.3284	0.3719	0.7672	1.634	0.1586	0.4164	0.4052	-0.3623	-0.0094	-0.2098	-0.6877	0.1564	-0.032	0.2917	-0.0948	0.156	0.1865	0.0011	0.3074	42.9761	43.836	16.5289
5	0.1748	-0.1117	-0.1563	0.0892	0.1182	0.1636	0.2063	-0.173	-0.106	-0.0341	-0.0625	-0.2391	0.0682	0.3746	0.0407	0.3139	0.0288	-0.037	0.2234	0.0158	0.2719	25.6934	46.795	32.1206
6	0.1168	-0.0982	0.172	0.1096	-0.2233	0.5988	-0.1712	0.0416	-0.2431	-0.0631	0.208	-0.1344	-0.1015	-0.141	0.097	0.1249	-0.0069	0.0229	0.1171	-0.058	0.1962	32.3503	39.5207	27.0291
7	0.8277	0.0047	0.1916	0.5312	-0.2479	0.5466	0.0406	0.471	-0.1879	-0.0096	-0.2275	0.1391	-0.2294	-0.5392	-0.6167	0.1764	0.1465	-0.0271	0.4052	-0.039	0.1668	8.9242	31.9166	19.4468
8	1.0789	0.876	-0.0291	1.0026	-0.031	0.2219	-0.0821	0.5908	0.1228	-0.4172	0.1655	0.2194	0.196	-0.0484	0.4281	0.3108	0.1067	-0.1813	0.9172	-0.3235	0.3036	-0.9225	29.5477	9.8659
9	0.3264	0.2178	0.2354	0.4347	0.0891	0.1745	0.0444	0.0683	-0.3844	0.0114	-0.2552	0.3657	0.1823	-0.4531	-0.1044	0.1713	0.0034	-0.0141	0.3947	-0.118	0.3513	4.2892	25.539	29.2898
10	0.1647	0.1651	0.0447	0.23	0.0091	0.047	0.0394	-0.1131	0.0826	0.2572	0.0465	0.343	-0.2134	-0.2723	-0.0101	0.2165	0.0349	0.0028	0.1728	0.039	0.1925	17.2908	44.3664	32.9521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:55)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 56:80)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 81:93)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 94:114)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 115:141)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 0:22)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 23:70)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 71:94)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 95:114)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 115:141)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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