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- PDB-4fhl: Nucleoporin Nup37 from Schizosaccharomyces pombe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fhl
タイトルNucleoporin Nup37 from Schizosaccharomyces pombe
要素NUCLEOPORIN NUP37
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / NUCLEAR PORE COMPLEX / MRNA TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT / WD REPEAT / TRANSLOCATION / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / nuclear pore outer ring ...Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / nuclear pore outer ring / nucleocytoplasmic transport / nuclear pore / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup37 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Uncharacterized WD repeat-containing protein C4F10.18
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bilokapic, S. / Schwartz, T.U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular basis for Nup37 and ELY5/ELYS recruitment to the nuclear pore complex.
著者: Bilokapic, S. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2012年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Structure summary
改定 1.22013年1月9日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPORIN NUP37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,82311
ポリマ－43,0481
非ポリマー77510
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NUCLEOPORIN NUP37
ヘテロ分子

A: NUCLEOPORIN NUP37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,64622
ポリマ－86,0972
非ポリマー1,55020
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area7320 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area28100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.726, 131.726, 117.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The asymmetric unit is the same as the biological assembly.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NUCLEOPORIN NUP37 / Uncharacterized WD repeat-containing protein C4F10.18 / NUP37


分子量: 43048.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: Nup37, SPAC4F10.18 / プラスミド: modified pETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O36030

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非ポリマー , 5種, 139分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.31 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 7.75-8.25, 4% (v/v) 1,4-butanediol, 400-500 mM Li2SO4 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.553 Å / Num. all: 32471 / Num. obs: 32471 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.699.60.73016831301.056100
2.69-2.799.80.92972230230.79100
2.79-2.919.81.32852329110.544100
2.91-3.049.82.12759728080.345100
3.04-3.189.832614926650.246100
3.18-3.369.84.82509525690.155100
3.36-3.569.772376824410.106100
3.56-3.819.79.12209322870.081100
3.81-4.119.6102062721480.071100
4.11-4.59.410.61849919620.062100
4.5-5.049.210.51664618140.06100
5.04-5.81910.51431915960.06299.9
5.81-7.128.711.21195513790.0699.9
7.12-10.078.712.7950910910.04999.9
10.07-46.5537.515.448636470.04198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8_1063精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→46.553 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 1921 6.18 %
Rwork0.1761 --
obs0.1769 31092 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.48 Å2 / Biso mean: 54.3598 Å2 / Biso min: 22.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2665 0 47 129 2841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8343764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.336982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5998-2.66480.30141170.26961792190984
2.6648-2.73690.25191290.24671900202988
2.7369-2.81740.28651270.23421899202690
2.8174-2.90830.24941300.2251994212493
2.9083-3.01230.24221320.21122037216995
3.0123-3.13280.20741380.2062047218595
3.1328-3.27540.23631360.2012106224297
3.2754-3.4480.19771410.17532121226299
3.448-3.6640.17181390.16142149228899
3.664-3.94670.15591420.157521602302100
3.9467-4.34360.14851440.14221862330100
4.3436-4.97160.14161440.125821862330100
4.9716-6.26120.16921470.172322442391100
6.2612-46.57960.21961550.197423502505100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1869-0.29412.50482.31821.68645.97010.0585-0.3080.03630.1888-0.06480.2988-0.0439-0.8283-0.00250.31530.01220.03710.36620.03610.37410.566550.9163128.208
23.9582-1.7513-0.57144.15442.63424.4334-0.0179-0.1937-0.30010.35640.0672-0.28150.32670.3093-0.02850.24980.0131-0.02460.24550.0570.306720.636339.9914128.5413
35.074-2.78030.12995.43570.66353.99210.13050.3845-0.6186-0.2651-0.11760.18420.45610.0028-0.0260.2808-0.0189-0.02140.3607-0.02810.32234.808338.7497111.8899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 106 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 272 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 273 through 389 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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