[日本語] English
万見
- PDB-4fgw: Structure of Glycerol-3-Phosphate Dehydrogenase, GPD1, from Sacha... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgw
タイトルStructure of Glycerol-3-Phosphate Dehydrogenase, GPD1, from Sacharomyces Cerevisiae
要素Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase / NAD+
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular accumulation of glycerol / Synthesis of PA / glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol-3-phosphate metabolic process / protein import into peroxisome matrix / NAD binding / peroxisome ...intracellular accumulation of glycerol / Synthesis of PA / glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) / glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) activity / glycerol-3-phosphate catabolic process / glycerol-3-phosphate metabolic process / protein import into peroxisome matrix / NAD binding / peroxisome / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryotic / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryotic / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase signature. / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, C-terminal / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent / Glycerol-3-phosphate dehydrogenase, NAD-dependent, N-terminal / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase N-terminus / NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase C-terminus / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / Phaser / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Aparicio, D. / Munmun, N. / Carpena, X. / Fita, I. / Loewen, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of glycerol-3-phosphate dehydrogenase (GPD1) from Saccharomyces cerevisiae at 2.45A resolution
著者: Alarcon, D.A. / Nandi, M. / Carpena, X. / Fita, I. / Loewen, P.C.
履歴
登録2012年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1
B: Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8312
ポリマ－85,8312
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area27940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.420, 64.420, 198.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase [NAD(+)] 1


分子量: 42915.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GPD1, DAR1, HOR1, OSG1, YDL022W, D2830 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q00055, glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12% Polyethylene Glycol 8000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 and 0.3 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.45→29.4 Å / Num. all: 29348 / Num. obs: 29348 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 67.4 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 14.24
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 2152 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Phaser
開始モデル: PDB entry 1X0V

1x0v


解像度: 2.45→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9407 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9382 / SU R Cruickshank DPI: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1492 5.08 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
all0.21 29348 --
obs0.2 29348 99.27 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2029 Å20 Å20 Å2
2--4.2029 Å20 Å2
3----8.4057 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.479 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5462 0 0 54 5516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085582HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.197576HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1906SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes806HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5582HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion728SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6439SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 143 5.27 %
Rwork0.1982 2572 -
all0.1992 2715 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.21310.58630.65463.86971.49493.04480.06450.5871-0.5442-0.6884-0.36920.30920.0189-0.61250.30470.08980.0444-0.1044-0.0073-0.2278-0.119614.2953-15.6651-19.2026
22.8610.31010.76644.96610.44523.2142-0.2751-0.19890.818-0.13-0.1102-1.0101-0.48080.36340.3852-0.0376-0.0083-0.2026-0.1216-0.03070.326135.457910.3296-2.2032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A33 - 385
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B33 - 385

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る