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- PDB-4fgm: Crystal structure of the aminopeptidase N family protein Q5QTY1 f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fgm
タイトルCrystal structure of the aminopeptidase N family protein Q5QTY1 from Idiomarina loihiensis. Northeast Structural Genomics Consortium Target IlR60.
要素Aminopeptidase N family protein
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / peptidase_M61 / PDZ / PDZ_2
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3650 / Peptidase M61, catalytic domain / Peptidase M61 / Peptidase M61, N-terminal domain / M61 glycyl aminopeptidase / Peptidase M61 N-terminal domain / PDZ domain / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / PDZ domain ...Immunoglobulin-like - #3650 / Peptidase M61, catalytic domain / Peptidase M61 / Peptidase M61, N-terminal domain / M61 glycyl aminopeptidase / Peptidase M61 N-terminal domain / PDZ domain / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALEIC ACID / Aminopeptidase N family protein, contains PDZ domain
類似検索 - 構成要素
生物種Idiomarina loihiensis L2TR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.394 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Tong, T. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the aminopeptidase N family protein Q5QTY1 from Idiomarina loihiensis.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Tong, T. / Kohan, E. / Wang, D. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7073
ポリマ－68,5261
非ポリマー1812
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aminopeptidase N family protein
ヘテロ分子

A: Aminopeptidase N family protein
ヘテロ分子

A: Aminopeptidase N family protein
ヘテロ分子

A: Aminopeptidase N family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,82912
ポリマ－274,1034
非ポリマー7268
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area16320 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area81470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.657, 119.657, 220.134
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細monomer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質 Aminopeptidase N family protein


分子量: 68525.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Idiomarina loihiensis L2TR (バクテリア)
株: ATCC BAA-735 / DSM 15497 / L2-TR / 遺伝子: IL1258 / プラスミド: pET21_NESG, ILR60-21.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q5QTY1, membrane alanyl aminopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-MAE / MALEIC ACID / マレイン酸


分子量: 116.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch crystallization under oil / pH: 6.8
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 45% PEG/Tacsimate pH 6.8 (Hampton research HR2-092), 45% Silver Bullet (Hampton research HR2- ...詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution: 45% PEG/Tacsimate pH 6.8 (Hampton research HR2-092), 45% Silver Bullet (Hampton research HR2-096, G11), 0.1 M sodium citrate., Microbatch crystallization under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.394→50 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 49.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique all: 27765 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.394→42.325 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 3489 5.02 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 69442 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.973 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 144.29 Å2 / Biso mean: 51.705 Å2 / Biso min: 24.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.12 Å2-0 Å2
3----4.239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.394→42.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4709 0 9 222 4940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3876580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104717
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5041742
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.394-2.4270.3561390.33326282767
2.427-2.4610.2691520.29626332785
2.461-2.4980.3361220.28626492771
2.498-2.5370.2711630.26726492812
2.537-2.5790.271260.24826172743
2.579-2.6230.2231250.24926632788
2.623-2.6710.3051220.25126412763
2.671-2.7220.2891560.25426452801
2.722-2.7780.271600.22926042764
2.778-2.8380.3111520.21926082760
2.838-2.9040.2291300.21126712801
2.904-2.9770.2741330.21826322765
2.977-3.0570.2081240.19826562780
3.057-3.1470.2311580.19826252783
3.147-3.2490.2281150.2126702785
3.249-3.3650.2221580.19126002758
3.365-3.50.221440.19726342778
3.5-3.6590.1951390.1826282767
3.659-3.8520.1951690.17726412810
3.852-4.0930.1491320.16426102742
4.093-4.4090.1891300.1526792809
4.409-4.8520.1441110.13326432754
4.852-5.5520.1881380.14926422780
5.552-6.990.1991610.19226282789
6.99-42.3320.1771300.19726572787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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