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- PDB-4ff3: N4 mini-vRNAP transcription initiation complex, 3 min after soaki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ff3
タイトルN4 mini-vRNAP transcription initiation complex, 3 min after soaking GTP, ATP and Mn
要素
  • Bacteriophage N4 P2 promoter
  • Virion RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE/DNA / RNA polymerase / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / virion component / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #110 / Alpha-Beta Plaits - #2440 / Transcription Regulator spoIIAA - #220 / Helix Hairpins - #1360 / Helix Hairpins - #1370 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1860 / : / : / Virion DNA-directed RNA polymerase, plug insertion / Virion DNA-directed RNA polymerase domain ...Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #110 / Alpha-Beta Plaits - #2440 / Transcription Regulator spoIIAA - #220 / Helix Hairpins - #1360 / Helix Hairpins - #1370 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1860 / : / : / Virion DNA-directed RNA polymerase, plug insertion / Virion DNA-directed RNA polymerase domain / Transcription Regulator spoIIAA / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Helix Hairpins / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Virion DNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage N4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Murakami, K.S. / Basu, R.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Watching the Bacteriophage N4 RNA Polymerase Transcription by Time-dependent Soak-trigger-freeze X-ray Crystallography.
著者: Basu, R.S. / Murakami, K.S.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22013年2月20日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Virion RNA polymerase
C: Bacteriophage N4 P2 promoter
B: Virion RNA polymerase
D: Bacteriophage N4 P2 promoter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,60110
ポリマ－268,4314
非ポリマー1,1706
水22,4291245
1
A: Virion RNA polymerase
C: Bacteriophage N4 P2 promoter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,2917
ポリマ－134,2162
非ポリマー1,0755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
2
B: Virion RNA polymerase
D: Bacteriophage N4 P2 promoter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3113
ポリマ－134,2162
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area46870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.019, 111.652, 276.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Virion RNA polymerase


分子量: 123193.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage N4 (ファージ)
プラスミド: PKMK56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q859P9
#2: DNA鎖 Bacteriophage N4 P2 promoter


分子量: 11022.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bacteriophage N4 P2 promoter DNA

-
非ポリマー , 5種, 1251分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 0.21 M DIBASIC AMMONIUM CITRATE, 0.09 M AMMONIUM DIHYDROGEN MONOPHOSPHATE, 25 % (DROP) 15% (RESERVOIR) PEG 3350 , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→42.382 Å / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.997→42.382 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 1999 1.3 %
Rwork0.1821 --
obs0.1825 153225 88.89 %
all-582255 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.574 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0207 Å2-0 Å20 Å2
2---3.6623 Å20 Å2
3---1.6416 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→42.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16908 826 67 1245 19046
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418163
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86324754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2156900
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572834
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9968-2.04680.30111230.2339330X-RAY DIFFRACTION78
2.0468-2.10210.25831260.20979489X-RAY DIFFRACTION79
2.1021-2.1640.24031250.19979512X-RAY DIFFRACTION79
2.164-2.23380.22421290.19369661X-RAY DIFFRACTION80
2.2338-2.31360.26951310.19899929X-RAY DIFFRACTION83
2.3136-2.40630.26731370.203410339X-RAY DIFFRACTION86
2.4063-2.51580.26841410.200710650X-RAY DIFFRACTION88
2.5158-2.64840.251450.206511015X-RAY DIFFRACTION91
2.6484-2.81430.23881490.204711251X-RAY DIFFRACTION93
2.8143-3.03150.21831530.211311551X-RAY DIFFRACTION95
3.0315-3.33650.23121550.198711764X-RAY DIFFRACTION97
3.3365-3.8190.2081600.172312117X-RAY DIFFRACTION99
3.819-4.81050.1641610.139812219X-RAY DIFFRACTION99
4.8105-42.39180.15311640.161512399X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6289-0.25770.21681.38190.31171.4981-0.0276-0.0245-0.0055-0.0105-0.02090.0447-0.0794-0.08460.02060.11390.0018-0.01870.14810.02250.119420.9804-45.5484399.1152
20.6728-0.20030.12610.54340.05980.5819-0.00270.0703-0.0138-0.0428-0.0024-0.10510.03270.0840.00750.1089-0.0284-0.00090.1214-0.00840.129214.3992-39.0258361.7475
31.55320.5130.19491.1105-0.60520.7275-0.06220.1798-0.1934-0.23270.0079-0.27490.01460.08660.00540.2454-0.08710.01880.1895-0.00190.320532.9416-11.2481361.9638
40.4396-0.38140.23490.8798-0.30910.234-0.1633-0.09190.04880.21070.1399-0.0614-0.2142-0.0627-0.00650.22730.0041-0.01590.1758-0.03790.134714.0137-19.1897389.5472
50.526-0.2155-0.14850.4335-0.03141.5693-0.008-0.00430.0840.03050.02510.0749-0.3041-0.1160.01460.12650.0048-0.01050.1271-0.00530.1398-3.9913-17.5366371.4972
61.49460.17180.5790.6413-0.50271.98080.039-0.51380.19280.0502-0.0585-0.3161-0.37390.33150.01960.4346-0.1194-0.08770.36390.04870.327315.7846-23.7378383.5883
70.7522-0.2702-0.36811.49060.10472.654-0.0068-0.18810.30160.06580.047-0.3041-0.64460.3014-0.01630.3698-0.0695-0.060.2398-0.02670.244230.9892-24.5251408.2893
80.96880.041-0.46411.2795-0.33481.31590.0065-0.01420.0323-0.15460.0184-0.0959-0.04960.0501-0.03780.0928-0.01310.02830.0902-0.0130.090348.0161-59.4135401.9714
90.4193-0.0252-0.12510.8185-0.12760.51070.01240.00790.0325-0.03780.02720.1488-0.0204-0.0233-0.0250.1306-0.05090.00730.1384-0.0010.160463.771-63.9877367.1251
101.9374-0.1685-0.15141.52930.65630.7812-0.12550.15070.237-0.3983-0.00930.3382-0.11790.03010.0770.2903-0.0772-0.07460.22090.01220.313643.4916-89.8799360.5826
110.3362-0.1152-0.15240.40080.16550.2439-0.1132-0.0747-0.05670.05690.06790.07540.1370.07370.02680.1730.0104-0.00020.17490.03220.162256.4727-85.142391.4302
120.4667-0.0316-0.13450.5468-0.47771.412-0.0234-0.0792-0.1076-0.1095-0.0221-0.13510.23240.21110.0350.12960.01940.00740.1736-0.01050.161877.7116-88.455379.3982
132.1773-0.4684-1.2970.17850.65842.7425-0.0008-0.0047-0.1475-0.23440.34040.42070.227-0.1191-0.28410.4929-0.01270.0070.4695-0.01370.412855.4452-80.3807386.5725
140.568-0.50260.33240.5719-0.0582.2988-0.0034-0.0676-0.2312-0.18140.02330.11910.6176-0.3319-0.02370.3122-0.1034-0.0040.2096-0.00480.221434.4809-80.0396406.4836
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 6:297)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 298:619)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 620:762)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 763:921)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 922:1100)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 3:9)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 10:22)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 6:298)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 299:619)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 620:761)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 762:934)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 935:1100)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 3:9)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 10:22)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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