PDB-4ff1: N4 mini-vRNAP transcription initiation complex, 1 min after soaki...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ff1

タイトル

N4 mini-vRNAP transcription initiation complex, 1 min after soaking GTP, ATP and Mn

要素

Bacteriophag N4 P2 promoter
Virion RNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE/DNA / RNA polymerase / DNA / TRANSFERASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-directed RNA polymerase complex / virion component / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage N4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.47 Å

データ登録者

Murakami, K.S. / Basu, R.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Watching the Bacteriophage N4 RNA Polymerase Transcription by Time-dependent Soak-trigger-freeze X-ray Crystallography.
著者: Basu, R.S. / Murakami, K.S.

履歴

登録	2012年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2013年2月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ff1.cif.gz	910.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ff1.ent.gz	739.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ff1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ff1_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ff1_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	4ff1_validation.xml.gz	77.5 KB	表示
CIF形式データ	4ff1_validation.cif.gz	110.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4ff1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/4ff1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ff2C 4ff3C 4ff4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c2p-1 3c3l-1 4ff3-2 4ff4-2 4ff4-1 3c3l-2 2po4-d 3c46-2 3c2p-2 3c46-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (2) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (2) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (2)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (2)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Virion RNA polymerase

C: Bacteriophag N4 P2 promoter

B: Virion RNA polymerase

D: Bacteriophag N4 P2 promoter

ヘテロ分子

269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Virion RNA polymerase

C: Bacteriophag N4 P2 promoter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Virion RNA polymerase

D: Bacteriophag N4 P2 promoter

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.163, 111.500, 277.103
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Virion RNA polymerase 分子量: 123193.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage N4 (ファージ) プラスミド: PKMK56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q859P9
#2: DNA鎖	Bacteriophag N4 P2 promoter 分子量: 11022.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bacteriophage N4 P2 promoter DNA
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M TRIS-HCL, 0.21 M DIBASIC AMMONIUM CITRATE, 0.09 M AMMONIUM DIHYDROGEN MONOPHOSPHATE, 25 % (DROP) 15% (RESERVOIR) PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月7日
放射	モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→50 Å / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1042)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.47→47.84 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2111	4416	4.98 %	RANDOM
R_work	0.1534	-	-	-
obs	0.1563	88717	95.18 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.47→47.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16908	826	10	656	18400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.075	24662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.42	6878
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2826
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3086

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4609-2.4889	0.2698	129	0.2057	2544	X-RAY DIFFRACTION	87
2.4889-2.5182	0.3112	142	0.2112	2726	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5182-2.5489	0.3175	143	0.2077	2760	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5489-2.5811	0.2748	149	0.2005	2764	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5811-2.6151	0.276	144	0.1983	2788	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6151-2.6509	0.2861	146	0.1935	2759	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6509-2.6888	0.3119	146	0.1897	2764	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6888-2.7289	0.2787	152	0.1832	2823	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7289-2.7716	0.259	145	0.1834	2758	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7716-2.817	0.2671	146	0.1773	2777	X-RAY DIFFRACTION	95
2.817-2.8656	0.2471	147	0.1759	2779	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8656-2.9177	0.2644	150	0.1813	2781	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9177-2.9738	0.2589	143	0.1795	2752	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9738-3.0345	0.2563	145	0.1827	2775	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0345-3.1004	0.2452	143	0.1778	2803	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1004-3.1725	0.2332	143	0.1698	2765	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1725-3.2519	0.2557	148	0.1793	2798	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2519-3.3398	0.2045	147	0.1682	2773	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3398-3.438	0.2156	147	0.1598	2810	X-RAY DIFFRACTION	95
3.438-3.549	0.2429	146	0.1609	2815	X-RAY DIFFRACTION	95
3.549-3.6758	0.2376	149	0.1529	2787	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6758-3.8229	0.18	148	0.1414	2842	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8229-3.9968	0.1804	151	0.1328	2846	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9968-4.2074	0.1819	148	0.1222	2863	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2074-4.4708	0.1464	145	0.1145	2894	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4708-4.8157	0.1485	154	0.1121	2902	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8157-5.2998	0.1723	150	0.1197	2919	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2998-6.0653	0.1834	155	0.1389	2932	X-RAY DIFFRACTION	97
6.0653-7.6367	0.1787	157	0.136	2949	X-RAY DIFFRACTION	96
7.6367-47.8489	0.1447	158	0.1324	3053	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6721	-0.1063	0.2864	1.2487	0.2905	1.2015	-0.0302	-0.0437	0.0519	-0.0204	-0.0196	0.048	-0.0097	-0.0895	0.027	0.16	0.0182	-0.0164	0.2004	0.0078	0.1597	21.132	-45.4271	400.4084
2	0.5931	0.0494	0.0466	0.5986	0.0876	0.6162	-0.0216	0.0602	-0.0428	-0.0545	0.0144	-0.0996	0.0274	0.0658	0.0093	0.1445	-0.0215	0.0008	0.1716	-0.0063	0.1651	14.5187	-38.9864	362.9466
3	1.1989	0.1417	0.2288	1.2241	-0.4827	0.7739	-0.0219	0.1739	-0.0929	-0.2269	0.016	-0.3115	0.083	-0.0506	0.0007	0.2842	-0.0861	0.045	0.2543	0.0174	0.4264	33.0855	-11.1849	363.147
4	0.3084	-0.3482	0.2258	0.7297	-0.2711	0.2808	-0.1511	-0.1059	0.029	0.1581	0.1158	-0.0559	-0.1912	-0.0434	0.0154	0.2486	-0.0077	-0.0053	0.2615	-0.0348	0.1991	14.1576	-19.1359	390.8343
5	0.4752	-0.2393	-0.2265	0.5496	-0.0941	1.5	0.0039	0.0169	0.0787	0.0189	0.0387	0.0772	-0.3363	-0.0934	-0.0132	0.1953	0.0075	-0.0041	0.1869	-0.0019	0.1988	-3.8917	-17.4756	372.7881
6	1.2415	0.1292	0.4904	0.118	0.3563	1.0744	0.095	-0.0269	0.2904	-0.0369	-0.0178	-0.0797	-0.1551	0.1663	-0.0006	0.6068	-0.1565	-0.0566	0.5493	0.0629	0.5972	15.9975	-23.8275	384.8095
7	0.5655	-0.5227	-0.5548	0.9166	0.3947	2.0374	0.0072	-0.1142	0.3392	0.1001	0.1412	-0.3708	-0.44	0.1796	-0.1448	0.3529	-0.0358	-0.0569	0.25	-0.0221	0.3235	31.1611	-24.398	409.5769
8	0.9987	0.0194	-0.4772	1.1363	-0.3994	1.2881	0.0311	-0.0162	0.0154	-0.1218	-0.0105	-0.1166	-0.0727	0.0352	-0.0099	0.1648	-0.0039	0.0235	0.1692	-0.0093	0.1765	48.2282	-59.3195	403.3554
9	0.4794	-0.0591	-0.0716	0.9207	-0.1395	0.616	-0.0004	0.0129	0.022	-0.0432	0.0233	0.1559	-0.0164	-0.0128	-0.0257	0.1605	-0.0462	0.0166	0.1662	0.0075	0.189	63.9417	-63.9265	368.4826
10	1.5272	-0.1569	-0.2507	1.246	0.4131	0.8644	-0.1279	0.0722	0.0953	-0.3653	-0.0526	0.4405	-0.1165	0.0281	0.1249	0.3462	-0.0694	-0.09	0.269	-0.0057	0.394	43.5233	-89.7634	362.0052
11	0.333	-0.2437	-0.2357	0.4258	0.1638	0.404	-0.0664	-0.0597	-0.0471	0.0316	0.043	0.0802	0.1062	0.0083	0.0073	0.1934	-0.0166	0.0042	0.1957	0.0249	0.2115	56.6114	-85.0814	392.8584
12	0.1957	0.071	-0.143	0.6114	-0.3881	1.3552	0.0079	-0.0389	-0.1143	-0.0882	-0.0581	-0.1703	0.1708	0.244	0.0797	0.1347	0.0157	0.0089	0.2119	-0.0136	0.2292	77.8669	-88.4954	380.7942
13	2.1805	-0.6624	-1.5088	0.2519	0.7344	2.9174	0.0492	-0.0197	-0.0898	0.0479	0.2755	0.1727	-0.003	0.0541	-0.1816	0.5955	0.0442	0.0299	0.7194	0.0117	0.7222	55.555	-80.1523	387.9101
14	0.5058	-0.3003	0.3114	0.8026	-0.2971	2.0024	0.0307	0.0033	-0.3256	-0.0189	0.0981	0.0511	0.4414	-0.2362	-0.1425	0.2845	-0.0715	-0.0347	0.2267	-0.0018	0.3315	34.5426	-79.8533	407.8175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:297)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 298:619)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 620:762)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 763:921)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 922:1100)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 3:9)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid 10:22)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 6:298)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 299:619)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 620:761)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 762:934)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 935:1100)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 3:9)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 10:22)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)