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- PDB-4fek: Crystal Structure of putative diflavin flavoprotein A 5 (fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fek
タイトルCrystal Structure of putative diflavin flavoprotein A 5 (fragment 1-254) from Nostoc sp. PCC 7120, Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR435A , Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target NsR435A
要素Putative diflavin flavoprotein A 5
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / dfa5 / all0177
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / 酸化還元酵素 / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
: / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / FMN-binding split barrel / Metallo-beta-lactamase superfamily ...: / ODP domain / ODP family beta lactamase / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / FMN-binding split barrel / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Flavoprotein-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Putative diflavin flavoprotein A 5
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR435A
著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Janjua, J. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年7月11日ID: 3HNN
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative diflavin flavoprotein A 5
B: Putative diflavin flavoprotein A 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3657
ポリマ－59,9272
非ポリマー4385
水3,315184
1
A: Putative diflavin flavoprotein A 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2004
ポリマ－29,9641
非ポリマー2373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative diflavin flavoprotein A 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1653
ポリマ－29,9641
非ポリマー2012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.651, 57.993, 106.606
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer,31.78 kD,93.8%

-
要素

#1: タンパク質 Putative diflavin flavoprotein A 5


分子量: 29963.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
遺伝子: dfa5, all0177 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) + Magic / 参照: UniProt: Q8Z0C1, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl, pH 7.5. Reservoir solution:0.1 M KH2PO4, 0.1 M Tris HCL, 18% PEG3350,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 79297 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 28.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HNN

3hnn
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→28.373 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 2038 5.01 %
Rwork0.2091 --
obs0.2107 40681 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.612 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.3453 Å20 Å2-5.2653 Å2
2--6.6434 Å2-0 Å2
3----2.298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3987 0 25 184 4196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1665590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3271527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005710
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0004-2.04690.26321280.20852552X-RAY DIFFRACTION99
2.0469-2.0980.23271280.22712574X-RAY DIFFRACTION99
2.098-2.15480.33491300.21342585X-RAY DIFFRACTION100
2.1548-2.21810.23981230.22012587X-RAY DIFFRACTION100
2.2181-2.28970.30391340.26412476X-RAY DIFFRACTION95
2.2897-2.37150.24921370.22192557X-RAY DIFFRACTION100
2.3715-2.46640.25141240.20942601X-RAY DIFFRACTION100
2.4664-2.57860.28151390.22242586X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.71440.33051400.23042592X-RAY DIFFRACTION100
2.7144-2.88430.25251350.23212593X-RAY DIFFRACTION100
2.8843-3.10680.27941260.2272611X-RAY DIFFRACTION100
3.1068-3.4190.25991760.20562576X-RAY DIFFRACTION100
3.419-3.91260.22361440.20042605X-RAY DIFFRACTION100
3.9126-4.92530.16971400.16782606X-RAY DIFFRACTION99
4.9253-28.37630.20641340.20632542X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.3467 Å / Origin y: 23.9466 Å / Origin z: 75.895 Å
111213212223313233
T0.1708 Å2-0.0696 Å20.0632 Å2-0.0631 Å20.0437 Å2--0.1664 Å2
L4.3336 °2-0.2409 °22.8653 °2-0.5188 °2-0.3999 °2--3.2446 °2
S0.1839 Å °-0.6062 Å °-0.2237 Å °0.2201 Å °0.0422 Å °-0.0472 Å °0.118 Å °-0.096 Å °0.0264 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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