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- PDB-4fe4: Crystal structure of apo E. coli XylR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fe4
タイトルCrystal structure of apo E. coli XylR
要素Xylose operon regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / dauixie / d-xylose / XylR / DNA looping
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / XylR N-terminal domain / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein ...: / XylR N-terminal domain / Bacterial regulatory helix-turn-helix proteins, AraC family / Transcription regulator HTH, AraC- type / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / Homeodomain-like / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylose operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Ni, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structures of the Escherichia coli transcription activator and regulator of diauxie, XylR: an AraC DNA-binding family member with a LacI/GalR ligand-binding domain.
著者: Ni, L. / Tonthat, N.K. / Chinnam, N. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2012年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose operon regulatory protein
B: Xylose operon regulatory protein
C: Xylose operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,7903
ポリマ－134,7903
非ポリマー00
水00
1
A: Xylose operon regulatory protein
C: Xylose operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8602
ポリマ－89,8602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area34670 Å2
手法PISA
2
B: Xylose operon regulatory protein

B: Xylose operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8602
ポリマ－89,8602
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area4710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area33940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.500, 124.500, 189.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Xylose operon regulatory protein


分子量: 44930.102 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: xylR, b3569, JW3541 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACI3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→107.8 Å / Num. all: 22874 / Num. obs: 22188 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.45→107.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 4722025.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1222 5.5 %RANDOM
Rwork0.289 ---
obs0.289 22149 96.3 %-
all-22874 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.5505 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 117 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.51 Å20 Å20 Å2
2--22.51 Å20 Å2
3----45.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.74 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.43 Å1.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→107.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9189 0 0 0 9189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.982.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 134 6.7 %
Rwork0.466 1869 -
obs--48.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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