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- PDB-4fdz: EutL from Clostridium perfringens, Crystallized Under Reducing Co... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fdz | ||||||
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Title | EutL from Clostridium perfringens, Crystallized Under Reducing Conditions | ||||||
![]() | Ethanolamine utilization protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / bacterial microcompartment / Eut / BMC shell protein | ||||||
Function / homology | ![]() bacterial microcompartment / cobalamin binding / structural molecule activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thompson, M.C. / Cascio, D. / Crowley, C.S. / Kopstein, J.S. / Yeates, T.O. | ||||||
![]() | ![]() Title: An allosteric model for control of pore opening by substrate binding in the EutL microcompartment shell protein. Authors: Thompson, M.C. / Cascio, D. / Leibly, D.J. / Yeates, T.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 315 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 430.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ediSC ![]() 4tm6C ![]() 4tmeC ![]() 4fe0 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23716.703 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1M HEPES buffer, 5% PEG 8000, 8% ethylene glycol, 5mM tris(2-carboxyethyl)phosphine, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 23, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→19.824 Å / Num. obs: 91132 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.67 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.42 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4EDI Resolution: 1.802→19.824 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 15.03 / Stereochemistry target values: ML Details: REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH EXPLICIT HYDROGENS AS DEFINED BY THE RIDING MODEL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.198 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.72 Å2 / Biso mean: 22.8876 Å2 / Biso min: 8.27 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.802→19.824 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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