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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fdv | ||||||
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タイトル | CobH from Rhodobacter capsulatus (SB1003) in complex with HBA | ||||||
![]() | Precorrin-8X methylmutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / doubly wound sheet / sigmatrophic rearrangement / Hydrogenobyrinic acid | ||||||
機能・相同性 | ![]() precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pickersgill, R.W. / Schroeder, S. / Deery, E. / Warren, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An enzyme-trap approach allows isolation of intermediates in cobalamin biosynthesis. 著者: Deery, E. / Schroeder, S. / Lawrence, A.D. / Taylor, S.L. / Seyedarabi, A. / Waterman, J. / Wilson, K.S. / Brown, D. / Geeves, M.A. / Howard, M.J. / Pickersgill, R.W. / Warren, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1021 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1023.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22016.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003 / 遺伝子: cobH, RCAP_rcc02046 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-0UK / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月17日 / 詳細: Silicon 111 |
放射 | モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→34.7 Å / Num. all: 24994 / Num. obs: 24344 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1I1H 解像度: 1.68→33.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.671 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.423 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→33.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.68→1.722 Å / Total num. of bins used: 20
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