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- PDB-4fdb: Three-dimensional structure of the protein prib from ralstonia so... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fdb
タイトルThree-dimensional structure of the protein prib from ralstonia solanacearum at the resolution 1.8a. northeast structural genomics consortium target rsr213c
要素Probable primosomal replication protein n
キーワードREPLICATION / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / single-stranded DNA binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal replication protein PriB / Another single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Primosomal replication protein N
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Sahdev, S. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Liu, J. / Everett, J.K. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Sahdev, S. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Liu, J. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Three-dimensional structure of the protein prib from ralstonia solanacearum at the resolution 1.8a. northeast structural genomics consortium target rsr213c
著者: Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Wang, H. / Sahdev, S. / Foote, E.L. / Xiao, R. / Liu, J. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable primosomal replication protein n
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2852
ポリマ－11,2251
非ポリマー601
水1,60389
1
A: Probable primosomal replication protein n
ヘテロ分子

A: Probable primosomal replication protein n
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5694
ポリマ－22,4492
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.661, 70.661, 141.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細dimer,24.97 kD,87.5%

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要素

#1: タンパク質 Probable primosomal replication protein n


分子量: 11224.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
株: GMI1000 / 遺伝子: priB, RSc1308 / 参照: UniProt: Q8XZT7
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl, pH 7.5. Reservoir solution: 5.76M K-ACETATE 0.1M NA3-CITRATE, UNDER OIL BATCH, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 31660 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 26.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 9.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_1269精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EN2

3en2


解像度: 1.8→40.776 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 845 5.06 %
Rwork0.1957 --
obs0.1968 16694 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.242 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.661 Å20 Å2-0 Å2
2--3.661 Å2-0 Å2
3----7.323 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数723 0 4 89 816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1671041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.567283
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8002-1.9130.22731300.22062429X-RAY DIFFRACTION92
1.913-2.06070.19931550.18282604X-RAY DIFFRACTION99
2.0607-2.2680.22951430.17882625X-RAY DIFFRACTION99
2.268-2.59620.22851360.2012644X-RAY DIFFRACTION99
2.5962-3.27070.23021320.20032713X-RAY DIFFRACTION100
3.2707-40.78680.2061490.1962834X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.9529 Å / Origin y: -12.2143 Å / Origin z: 7.1392 Å
111213212223313233
T0.1535 Å2-0.0049 Å20.0031 Å2-0.0806 Å2-0.0174 Å2--0.0818 Å2
L3.7479 °20.9706 °20.5843 °2-3.0304 °2-0.1191 °2--3.0588 °2
S0.0689 Å °-0.0611 Å °0.0251 Å °0.044 Å °-0.0135 Å °-0.06 Å °-0.1432 Å °0.0042 Å °-0.0262 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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